Как определить SNP формат гаплогруппы

[Sungur]

N1a1a1a1a2a1c2a1a~

[Farroukh]

Посмотрите по древу ISOGG, расшифровка могла меняться в зависимости от года:

https://isogg.org/tree/index.html

Если результат недавний, то проверьте года 2016-2020.

[AleksG]

N1a1a1a1a2a1c2a1a~

Это где такой выдают?

[DELTA]

N1a1a1a1a2a1c2a1a~

Укажите какая лаборатория выдала такой результат, а то не все используют текущее обозначение по ISOGG.
В текущем обозначении это B194, Z35274, Z35276, в древе YFull эти мутации не значатся и есть лишь предковая ветвь https://www.yfull.com/tree/N-Y19453/ последовательность N-L1026 - Z1936 - CTS1223 - Z1934 - Y18421 - Y18585 - Y19110 - Y19108 - FT166596 - Y19453.

[Sungur]

Благодарю за информацию
Мне сделали генетический паспорт в проекте "100000 я", для меня это было бесплатно, поэтому жаловаться не буду)

N1a1a1a1a2a1c2a1a~

в древе YFull эти мутации не значатся и есть лишь предковая ветвь

Что это означает?
И нужно ли переделать исследование? Где сейчас это сделать лучше (проще, дешевле)?

[AleksG]

100000 я - это же полногеномный тест.
Вам выдали какие-нибудь файлы ? Очень большие )
Если нет, то попросите.

[Sungur]

В личном кабинете был только PDF с интерпретацией.
Запросил VCF-файл.
Спасибо)

[Древ]

Заливайтесь на YFULL
Там интерпретация будет ещё точнее. И с годами эта точность будет только расти по мере добавления новых образцов от других людей.
И, я думаю, лаборатория вам может выдать не только VCF, но и BAM.

[DELTA]

Благодарю за информацию
Мне сделали генетический паспорт в проекте "100000 я", для меня это было бесплатно, поэтому жаловаться не буду)

в древе YFull эти мутации не значатся и есть лишь предковая ветвь
Что это означает?
И нужно ли переделать исследование? Где сейчас это сделать лучше (проще, дешевле)?

Жаловаться и не надо. просто через поддержку задавать вопросы и получать нужную информацию.
"Что это означает?" Означает что в 2019 году группа мутаций B194, Z35274, Z35276, были определяющими для ветви N1a1a1a1a2a1c2a1a, но сейчас в древе YFul эти мутации отсутствуют по каким то причинам; может быть они были заменены другими определяющими мутациями, но так как с 2019 года древо ISOGG не обновляется, то узнать о новых мутациях из ISOGG не получится.
Общайтесь с поддержкой, попросите их указать определяющие мутации Вашей ветви. Также спросите как получить результаты в электронном виде. Вот тут есть информация по файлам https://forum.molgen.org/index.php/topic,14733.msg585896.html#msg585896

[Farroukh]

Sungur, по-видимому, Вы попадаете в прибалтийский кластер N-FT166596:
https://discover.familytreedna.com/y-dna/N-FT166596/classic

[Sungur]

Это точно или с какой-то вероятностью?)

Здесь на форуме я нашел интересную информацию:
"Majority of Uyelgi males belonged to Y chromosome haplogroup N, and according to combined STR, SNP and Network analyses they belong to the same subclade within N-M46 (also known as N-tat and N1a1-M46 in ISOGG 14.255). N-M46 nowadays is a geographically widely distributed paternal lineage from East of Siberia to Scandinavia 33 . One of its subclades is N-Z1936 (also known as N3a4 and N1a1a1a1a2 in ISOGG 14.255), which is prominent among Uralic speaking populations, probably originated from the Ural region as well and mainly distributed from the West of Ural Mountains to Scandinavia (Finland). Seven samples of Uyelgi site most probably belong to N-Y24365 (also known as N-B545 and N1a1a1a1a2a1c2 under N-Z1936, a specific subclade that can be found almost exclusively in todays’ Tatarstan, Bashkortostan and Hungary 17 (ISOGG, Yfull)."

Совпадение до последних трех символов. Хотя на татарина или башкира никто из семьи (до деда включительно) не похожи.

[Farroukh]

Это точно или с какой-то вероятностью?)

Точным оно станет появившись на древе Yfull. А пока приходится писать "по-видимому", "вероятно" и т. д.