АвторТема: Поиск родственников по ДНК с учетом географии на Familio  (Прочитано 375 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн darsАвтор темы

  • Сообщений: 617
  • Страна: ru
  • Рейтинг +117/-0
  • Familio
  • Y-ДНК: N-Y9022
  • мтДНК: U7
На Familio заработал поиск родственников по ДНК с учетом географии

Мы создали отдельный кабинет для работы с ДНК-наборами и совпадениями по ДНК!
Сервис уникален: впервые в генеалогии пользователи могут сравнивать ДНК-совпадения по местам рождения предков и видеть фамилии и возможные пересечения на карте.

Что и как делать?

  • загружайте файл с данными ДНК в личном кабинете dna-form.familio.org/my_dna/ и связывайте его с персоной из вашего древа
  • добавляйте страницы предков данной персоны и указывайте места рождения предков на familio.org — так другие пользователи будут видеть возможные пересечения по географии
  • изучайте уникальные совпадения по ДНК с учетом локаций.

Сервис тестовый, у нас много идей о том, как дальше развивать направление. Мы приглашаем и вас озвучить предложения — будем рады обратной связи!

Оффлайн darsАвтор темы

  • Сообщений: 617
  • Страна: ru
  • Рейтинг +117/-0
  • Familio
  • Y-ДНК: N-Y9022
  • мтДНК: U7

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 864
  • Страна: ru
  • Рейтинг +280/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a1b, дети T1a1ct и H5b*
На Familio заработал поиск родственников по ДНК с учетом географии

Мы создали отдельный кабинет для работы с ДНК-наборами и совпадениями по ДНК!
Сервис уникален: впервые в генеалогии пользователи могут сравнивать ДНК-совпадения по местам рождения предков и видеть фамилии и возможные пересечения на карте.

Что и как делать?

  • загружайте файл с данными ДНК в личном кабинете dna-form.familio.org/my_dna/ и связывайте его с персоной из вашего древа
  • добавляйте страницы предков данной персоны и указывайте места рождения предков на familio.org — так другие пользователи будут видеть возможные пересечения по географии
  • изучайте уникальные совпадения по ДНК с учетом локаций.

Сервис тестовый, у нас много идей о том, как дальше развивать направление. Мы приглашаем и вас озвучить предложения — будем рады обратной связи!
Подскажите, пожалуйста, как загрузить большие vcf (230 Мб архив vcf.gz) после WGS - мне Небула такие выдала, перекодировать в что-то меньшее не хочется (хотя есть самодельный 23andmev5).
Сейчас 230 Мб архив vcf.gz отклоняет, а распакованный 1 Гб vcf или вечно грузит.

А так сервис интересный, пытаюсь понять по каким линиям найдены совпаденцы.

Кстати, я уже писал в теме yfull https://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg599824.html#msg599824, но ответа от их представителей не получил - могли бы ВЫ попытаться зайти в 2 наших крупнейших биобанка wgs- тестов - 100000+Я и ФМБА (120000 геномов) со своими наработками по построению деревьев родственников?
Пусть даже они не пустят вас покопаться , но вы сможете передать методики и ПО, а в ответ получить некую статистику, наладить взаимодействие - в том числе и для внедрения интеграции с Фамилио (трансфер результатов) из ЛК 100000Я к вам.

И еще - может быть генетический раздел в бете, но ссылок на него из https://familio.org/profile нет, многие могут и не знать прямую ссылку http://dna-form.familio.org/my_dna/
« Последнее редактирование: 29 Октябрь 2024, 23:23:55 от Georg »

Оффлайн darsАвтор темы

  • Сообщений: 617
  • Страна: ru
  • Рейтинг +117/-0
  • Familio
  • Y-ДНК: N-Y9022
  • мтДНК: U7

Подскажите, пожалуйста, как загрузить большие vcf (230 Мб архив vcf.gz) после WGS - мне Небула такие выдала, перекодировать в что-то меньшее не хочется (хотя есть самодельный 23andmev5).
Сейчас 230 Мб архив vcf.gz отклоняет, а распакованный 1 Гб vcf или вечно грузит.

А так сервис интересный, пытаюсь понять по каким линиям найдены совпаденцы.

Кстати, я уже писал в теме yfull https://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg599824.html#msg599824, но ответа от их представителей не получил - могли бы ВЫ попытаться зайти в 2 наших крупнейших биобанка wgs- тестов - 100000+Я и ФМБА (120000 геномов) со своими наработками по построению деревьев родственников?
Пусть даже они не пустят вас покопаться , но вы сможете передать методики и ПО, а в ответ получить некую статистику, наладить взаимодействие - в том числе и для внедрения интеграции с Фамилио (трансфер результатов) из ЛК 100000Я к вам.

И еще - может быть генетический раздел в бете, но ссылок на него из https://familio.org/profile нет, многие могут и не знать прямую ссылку http://dna-form.familio.org/my_dna/

Спасибо за отзыв!

Если у него есть самодельный v5, то проще его загрузить. Файл vcf полногеномный в аутосомные базы не грузится в принципе.
Если делать по канонам, нужен bam файл, из которого через WGSextract делается аутосомный комбинированный файл, который содержит все возможные маркеры всех чипов.
А из полногеномного vcf экстрагировать сейчас нечем, к сожалению.

Про интеграции - в целом интересно, можно попробовать пообщаться, спасибо за идею.

Генетический раздел тестовый, но в том плане что предстоит еще много чего. И ссылки из основного сайта, конечно, тоже появятся.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.