Реконструкция популяционной истории неандертальцев по ядерной ДНК из пещер

[pashka_1604]

По ядерной ДНК неандертальцев из грунта пещер реконструировали их популяционную историю (http://xn--c1acc6aafa1c.xn--p1ai/?page_id=33904)

Из  осадочных отложений в пещерах на Алтае и в Испании извлекли ядерную ДНК неандертальцев и денисовцев; в некоторых образцах она представляла индивидуальные геномы.  По этим данным построили филогенетическое дерево неандертальцев и реконструировали их популяционную историю. Описали узлы ветвления на линии неандертальцев около 135 тысяч лет назад и около 105 тысяч лет назад.

Мы уже писали про то, что палеогенетики научились извлекать митохондриальную ДНК древних людей из грунта пещер. Теперь сделан еще один шаг – удалось извлечь и проанализировать ядерную ДНК неандертальцев из этого источника, которая  содержит гораздо больше информации о популяционной истории неандертальцев, чем мтДНК. Статья с результатами этой прорывной работы опубликована в Science, основные  авторы представляют Институт эволюционной антропологии Общества Макса Планка.

Исследовали осадочные отложения из трех палеолитических пещер: это Денисова и Чагырская пещеры на Алтае и пещера Galería de las Estatuas («Галерея статуй») на севере Испании.  В Денисовой пещере были найдены костные останки неандертальцев и денисовцев, в Чагырской – неандертальца, геномы которых секвенировали с высоким покрытием. В пещере Эстатуас помимо 500 с лишним артефактов мустьерской культуры была найдена фаланга пальца ноги неандертальца. Из  грунта всех трех пещер ранее уже выделяли митохондриальную ДНК гоминин. В данной работе в Денисовой пещере исследовали те же три образца отложений (из слоев 11.4 и 15 в восточной камере и слоя  14,3 в главной камере), где раньше обнаружили мтДНК. Из пещер Чагырской и Эстатуас исследовали образцы из нескольких палеолитических  слоев.

Источник:

Benjamin Vernot, et al. // Unearthing Neanderthal population history using nuclear and mitochondrial DNA from cave sediments. // Science, 15 Apr 2021: eabf1667, DOI: 10.1126/science.abf1667

[nilogov]

Кто знает: а какие гаплогруппы по игреку у неандертальцев? Вот тут приведены, но какая-то ошибка?

[FELIX]

Кто знает: а какие гаплогруппы по игреку у неандертальцев? Вот тут приведены, но какая-то ошибка?

Из аутосомного родства с сиреневой группой Vindija Cave никакие гаплогруппы не следуют.

Peștera cu Oase
...
In 2015 genetics research revealed that the Oase 1 fossil had a recent Neanderthal ancestor, with an estimated 5-11% Neanderthal autosomal DNA. The specimen's 12th chromosome was 50% Neanderthal.

и только.

[Serckesh]

Кто знает: а какие гаплогруппы по игреку у неандертальцев? Вот тут приведены, но какая-то ошибка?

В дереве ISOGG у неандертальцев гаплогруппа A000, у денисовцев гаплогруппа A0000, у людей - A00-T

[19986]

Кто знает: а какие гаплогруппы по игреку у неандертальцев? Вот тут приведены, но какая-то ошибка?

Я так понял, что в таблице игреки указаны только у древних Homo sapiens. Игреки Неандертальцев и современных людей разошлись приблизительно 370 тыс. лет назад (вернее, у Неандертальцев был свой, более древний "игрек", но он заместился "игреком" древних Homo sapiens в то время), так что оно не попадает на дерево "игреков" построенное для современных людей.

[Kambic]

Генетики секвенировали ДНК крымского неандертальца.
Палеобиологи выявили фрагмент кости позднего неандертальца среди старых материалов раскопок стоянки Староселье, расположенной в Крыму. Они определили, что обломок принадлежал индивиду, жившему около 46–45 тысяч лет назад. Филогенетический анализ его митохондриальной ДНК показал, что по материнской линии этот архаичный человек был ближе всего к поздним алтайским неандертальцам из алтайских пещер Чагырской и Окладникова, а также к девочке-гибриду из Денисовой пещеры, чьей мамой была неандерталка, а отцом — денисовец.
Филогенетический анализ мт-днк гоминида принёс любопытный результат и показал, что митохондриальная ДНК крымского индивида ближе всего к поздним алтайским неандертальцам из пещер Чагырской и Окладникова, о которых подробнее можно прочитать в материале «Из клана Окладникова», а также к девочке гибриду Denisova-11 из Денисовой пещеры, чьей мамой была неандерталка, а отцом — денисовец. Тем самым полученные данные указывают на генетическую и культурную связь между поздними крымскими и алтайскими неандертальцами, жившими на расстоянии более 3,5 тысячи километров друг от друга. Вполне вероятно, что они мигрировали на большие расстояния в периоды достаточно благоприятных климатических условий.