Возраст SNP

[Farroukh]

Господа, прошу помочь. Нередка ситуация, когда субклад представлен всего одним человеком. При этом его гаплотип не имеет характерных значений маркёров и филогенетические построения тут ненадёжны.

Существуют ли свои способы оценки возраста снипа (и вообще, возможно ли это)? Не ВБОП по СТР, а именно возраст снипа.

Например, как датируют хронологию формирования древа Y-гаплогрупп? Как был выяснен 80-тысячелетний возраст Адама? Нежули собрали вместе гаплотипы от A до T и вычислили ВБОП?

[Polar_Wolf]

Существуют ли свои способы оценки возраста снипа (и вообще, возможно ли это)? Не ВБОП по СТР, а именно возраст снипа.

Если бы делались регулярные анализы (всего генома) скажем, лет через 10, тогда да. Можно было бы видеть динамику. И уже обоснованно сказать - вот в 2012 году у I1a1a1 появился новый SNP.
А так - это просто гипотезы (основанные лишь на современном распределении SNPs) и редких частичных выборках дДНК.

Например, как датируют хронологию формирования древа Y-гаплогрупп? Как был выяснен 80-тысячелетний возраст Адама? Нежули собрали вместе гаплотипы от A до T и вычислили ВБОП?

Как я представляю - это просто некая официальная усреднённая верхняя граница homo sapiens.

[Farroukh]

обоснованно сказать - вот в 2012 году у I1a1a1 появился новый SNP

Вы говорите о предсказании. Я немного о другом. Допустим, реально ли выяснить, когда появились снипы I1d, I1, и сама предковая I? Гаплотипы здесь ничего не дадут

[VVR]

Где-то на форуме было обсуждение работы Карафет по определению возраста снипов. Насколько я понял, методика достаточно приблизительная.

[Farroukh]

New binary polymorphisms reshape and increase resolution of the human Y chromosomal haplogroup tree.
Оно?

[Nimissin]

New binary polymorphisms reshape and increase resolution of the human Y chromosomal haplogroup tree.
Оно?

Оно.

[Farroukh]

Есть где полная версия статьи?

[I2a1a]

Есть где полная версия статьи?

http://genome.cshlp.org/content/early/2008/04/02/gr.7172008.full.pdf+html

[Farroukh]

При оценке относительного возраста «узлов» древа ими предполагалось равномерное распределение вероятности возникновения мутаций. То есть, что за определённый интервал времени k возникнет  n мутаций, которые появляются с постоянной скоростью. Всё пока логично.

Только вот неясно, как они определяли этот промежуток времени?

[Овод]

Поскольку скорость возникновения снипов известна только приблизительно (порядка 0.5*10е-8), она калибровалась по дате выхода из Африки, которая была принята 70 тысяч лет назад. Основание - более ранняя работа той же Карафет в соавторстве с Рёвером.
 
Отмечу, что эта дата, хоть и колеблется у разных авторов от 50 до 90 тлн как по данным археологии, так и по СТР-ам, но в среднем, близка к упомянутой. Лучшего метода калибровки пока нет.
 
Хотя в абсолютных величинах, полученных Карафет можно сомневаться, относительные данные по гаплогруппам точнее ещё никто не оценивал.

[Farroukh]

К сожалению, этот метод ещё как-то оправдан для расчёта возрастов макрогаплогрупп. КОгда речь идёт о более малых снипах, то остаётся уповать, что лет через пять придумают что-нибудь надёжное.