На что смотреть?
Маркеры в помойку истории
Смотрим только снипы
Сколько у вас их было в разных тестах?
Это самое важное
Начинаем с dnakitstudio, для визуализации загружаем в theytree
По поводу "маркеры в помойку" — это всё-таки актуально для попсовых веток, где каждый метр дерева уже размечен. В случае с редкой базальной группой (R-M73/R-M478) бывает иногда всё немного иначе.

Я заметил забавный парадокс с глубиной тестов. Если ты в "популярной" группе, тебе система по Y12 может выдать предикт на очень глубокий снип, потому что база огромная и тропа протоптана. А я сделал Y111, но всё равно сижу на базовом уровне М478. Наверное тоже обращали внимание на такое?
И никакие предикторы меня ниже не опускают, хоть завизуализируйся. Проблема же не в программах, а в том, что в базах по моей ветке — пустота. В том же Discover по М478 всего 232 человека на весь мир, а по М73 — около 300. Суммарно на такую древнюю линию человек 600 протестированных.
Откуда там взяться подробным данным в автоматических сервисах? В файле MyHeritage и других сервисов типа ФФ ФТДНА снипов под мою ветку вообще минимум заложено. Поэтому пока жду Big Y-700, приходится смотреть на те же 111 маркеров, просто чтобы хоть какую-то дистанцию до совпаденцев прикинуть. В редких ветках мы, по сути, сами эту базу сейчас и создаем с нуля, так что стандартные советы про "смотри только снипы" тут пока не очень применимы.
Проблема в том, что любой сервис (хоть The Big Tree, хоть предикторы) — это просто алгоритм сравнения. Если ты в "попсовой" ветке, он тебя узнает по паре маркеров. Но если ты в редкой R-M478, где в базах "пустыня", то никакие костыли не помогут.
Аутосомный файл для таких веток пуст — там физически нет глубоких снипов, и сервисы тычутся в него, как слепые котята. Предикторы типа NevGen и другие по 111 маркерам тоже ничего не рожают, потому что им не с чем сравнивать. Пока не скормишь дереву BAM-файл от Big Y с полным чтением последовательности, будешь висеть на базовом уровне. В редких ветках иногда предикция не работает — тут либо пан, либо М73/М478 и тд.
