Полногеномное секвенирование.

[ankr21]

Посоветуйте лаборатории по полногеномному тесту. Цены, качество, доступность. Плюсы и минусы. Опыт взаимодействия. Интерпретация результатов. Базы данных. И тд. и тп.

[ankr21]

Знаю YSEQ - https://www.yseq.net/index.php?cPath=29
Nebula - 
Datelab -

[Древ]

Знаю YSEQ - https://www.yseq.net/index.php?cPath=29
Nebula - 
Datelab -

А больше никого знать и ненадо. Выбор мастеров идёт из этих трёх. 
Основное различие это итоговая цена теста.
Данте чуть дольше чем прочие, но подешевле.
Небула хитрит с подпиской.
YSEQ самая стабильная.
Качество у всех приемлемое и, главное, прогнозируемое. То есть понятно, за что именно ты платишь.

[ankr21]

А по ценам и доступности в России? С Yseq имел удовольствие взаимодействовать, но еще до санкций.
WGS от YSeq - 359$, WGS ++ - 699$. В других лабах сколько придется отдать за подобные тесты?

[ankr21]

Создал тему не просто так. Интересуются мои родственники и просят совета. Какую лабу выбрать? В каком виде выдают результаты? Что с ними делать? Куда грузить? Как вытащить Y и мито? Ну и по стоимости, что выгоднее и качественней?

[AleksG]

WGS от YSeq - 359$, WGS ++ - 699$. В других лабах сколько придется отдать за подобные тесты?

WGS+      $399.00   
вот это вам надо.

Про все прочие вопросы - для каждой компании в этом же разделе форума есть свои топики, где все ответы много раз даны.

[ankr21]

Итак. Предлагают тест WGS+ за 399$. А почему не за 699$? В чем разница? Понятно что за 699 лучше, но насколько, и стоит ли переплачивать? В YFull можно залить и тот и другой результат?

[Georg]

Итак. Предлагают тест WGS+ за 399$. А почему не за 699$? В чем разница? Понятно что за 699 лучше, но насколько, и стоит ли переплачивать? В YFull можно залить и тот и другой результат?

за 699 вероятно 100-кратное прочтение,
399 - 30-40-кратное.
для генеалогии разницы почти нет. для поиска генетических заболеваний врачи стараются делать 100х.

но большинство форумчан ждут скидок и берут Данте за 140-150 евро

[Навля]

Создал тему не просто так. Интересуются мои родственники и просят совета. Какую лабу выбрать? В каком виде выдают результаты? Что с ними делать? Куда грузить? Как вытащить Y и мито? Ну и по стоимости, что выгоднее и качественней?

Видел только советы что надо делать только полногеномный тест.

А что делать с результатами и как их применять и делить, никто не говорит. Инструкции по шаговой нигде нет.
Лучше в familytreedna.com сделайте, практичнее будет и проще.

[ankr21]

Создал тему не просто так. Интересуются мои родственники и просят совета. Какую лабу выбрать? В каком виде выдают результаты? Что с ними делать? Куда грузить? Как вытащить Y и мито? Ну и по стоимости, что выгоднее и качественней?

Видел только советы что надо делать только полногеномный тест.

А что делать с результатами и как их применять и делить, никто не говорит. Инструкции по шаговой нигде нет.
Лучше в familytreedna.com сделайте, практичнее будет и проще.

То есть BiG700 за 449$ от FTDNA выгоднее и содержательней чем полногеномные тесты от других лабораторий?

[ankr21]

Итак. Предлагают тест WGS+ за 399$. А почему не за 699$? В чем разница? Понятно что за 699 лучше, но насколько, и стоит ли переплачивать? В YFull можно залить и тот и другой результат?

за 699 вероятно 100-кратное прочтение,
399 - 30-40-кратное.
для генеалогии разницы почти нет. для поиска генетических заболеваний врачи стараются делать 100х.

но большинство форумчан ждут скидок и берут Данте за 140-150 евро

А Данте и Небула какое разрешение дает? И можно ссылки на их ресурсы.

[ankr21]

Объясните: что значит покрытие 15х - 359$, 30x - 399$, 50x - 699$. Цены YSEQ. Какое покрытие в других лабах?

[Georg]

Объясните: что значит покрытие 15х - 359$, 30x - 399$, 50x - 699$. Цены YSEQ. Какое покрытие в других лабах?

Среднее количество перепрочтений одного нуклеотида.
30-кратное в среднем плавает от 6 минимум до 50-60
100-кратное не знаю, не делал, наверное нижний предел выше. Это важно для медицинских генетиков, чтобы не пропустить вредную мутацию.
https://nebula.org/whole-genome-sequencing-dna-test/ 
https://www.dantelabs.com/products/whole-genome-sequencing
Nebula заявляет 30х, но делает последние разы даже 40х

Все делают 100х, но цены космик
Хотя для тех, кто делает в России у генотека за 99000, наверное сопоставимо.

[Georg]

Создал тему не просто так. Интересуются мои родственники и просят совета. Какую лабу выбрать? В каком виде выдают результаты? Что с ними делать? Куда грузить? Как вытащить Y и мито? Ну и по стоимости, что выгоднее и качественней?

Видел только советы что надо делать только полногеномный тест.

А что делать с результатами и как их применять и делить, никто не говорит. Инструкции по шаговой нигде нет.
Лучше в familytreedna.com сделайте, практичнее будет и проще.

То есть BiG700 за 449$ от FTDNA выгоднее и содержательней чем полногеномные тесты от других лабораторий?

Для медицины конечно нужен полногеномный.
Для генеалогии, в том числе за право попадания в самую супербазу ftdna, ну и гарантированно быстро и почти без геморроя с доставкой, вероятно можно и переплатить

[ankr21]

У человека 23 пары хромосом. 22 пары - аутосомы, одна пара - половая. + митохондриальная днк (там чуть больше 16500 оснований). Всего 3 099 734 149 нуклеотидных оснований. 30х это значит 30% от всего или как это понимать.