BAM vs VCF

[Farroukh]

Любой прошедший тест BigY в FTDNA перед загрузкой результата на Yfull сталкивается с простой (на первый взгляд) дилеммой. Что лучше залить - бесплатный VCF или платный (~100$) BAM?

Преимущество BAM перед VCF проявилось бы в ситуации, подобной этому примеру с гаплогруппой T-FTD73651:



Возраст гаплогруппы порядка 1200 лет, есть 4 разных базальных VCF-образца из разных регионов, не образующие нисходящих субкладов. При этом в случае BAM-образцов Yfull удавалось найти нисходящий даже между отцом и сыном! А тут на VCF даже 4 весьма дальних однородца, разнесённые более чем на 30 поколений, не могут выявить более глубоких нисходящих.

Вывод: для внутриклановой филогении BAM необходим. Для прочих случаев VCF достаточен.

(Можно отметить, что здесь также проявляется преимущество WGS-теста перед BigY, где человек сразу получает BAM без дополнительной платы).

[Daniil]

А почему тогда на ftdna не образовалось нового субклада? Ведь все образцы оттуда.

Здесь же у них это получилось сделать.
https://radikal.host/i/djeGmB
https://discover.familytreedna.com/y-dna/T-BY56042/tree

https://radikal.host/i/djtFVm
https://discover.familytreedna.com/y-dna/T-BY73657/tree

[Farroukh]

Думаю, дело в их алгоритме. Упомянутые мною отец и сын тоже не образуют в FTDNA свой субклад.

[Farroukh]

Здесь же у них это получилось сделать.

У них встречались ветви возрастом в 300 лет. Неясно, то ли они фантомные и неустойчивые снипы наделяют ветвеобразующим свойством, то ли там алгоритм обработки снипов какой-то не такой, то ли что-то ещё...
Можно задать вопрос им в техподдержку, но чётких ответов на подобные вопросы они не дают. Отвечают что-то вроде "Мы не нашли никаких новых нисходящих линий среди этих образцов. Возможно, в будущем появятся новые, которые позволят нам сделать это".

По идее, ребятам из T-FTD73651 можно было бы рекомендовать залить BAM700 с обработкой под T2T.

[Tora_sama]

Вопрос к знатокам,на дереве ифулл есть уже один биг Y700, файл VCF, в январе будет второй биг и тоже VCF сначала загружу, ориентировочно общий предок 400-600 лет назад был. По идее нужен в таком случае BAM файл для более точного расчета, вопрос хватит ли одного BAMа или нужно заказывать для обоих образцов? Может кто сталкивался. 200 баксов за +-100 лет до вбоп накладно конечно.

[Farroukh]

Для корректного сравнения все должны быть пробамлены, иначе толку нет. Это как пытаться сравнить Y12 и Y111.
Но есть "но". Неисключено, что возраст/YSNP что на vcf, что на bam останется тем же.

[Tora_sama]

Но есть "но". Неисключено, что возраст/YSNP что на vcf, что на bam останется тем же.

Тогда в чём практический смысл бама в таких случаях или того же Т2Т?

[Farroukh]

Практический смысл один - в достоверности.
Было 4 vcf-образца с одним предком в 500 лет.
Bam/T2T показал, что у этого предка было ещё два потомка, от которых идут по две линии

[Tora_sama]

Мне скинули конкретный пример с общим предком в 1800 году, у обоих залит только VCF, получается в их случае БАМ бы дал +- 30-40 лет уточнения и 200 баксов сверху за это.
https://www.yfull.com/tree/Q-FTD56830/

[Farroukh]

Когда два заведомо близких образца, то не вижу смысла.