Создание усредненного набора для села

[Daemon2017]

Привет, коллеги!

Есть 10 образцов коренных жителей 1 села - хочу создать из них синтетический усредненный набор и залить в Gedmatch, чтобы искать людей, которые могут быть связаны с селом. Возможно ли это и что для этого нужно сделать? Достаточно ли просто взять 10 CSV'шников и для каждой позиции выставить самое частое значение?

[Srkz]

Есть 10 образцов коренных жителей 1 села - хочу создать из них синтетический усредненный набор и залить в Gedmatch, чтобы искать людей, которые могут быть связаны с селом. Возможно ли это и что для этого нужно сделать? Достаточно ли просто взять 10 CSV'шников и для каждой позиции выставить самое частое значение?

Если речь о поиске общих сегментов, то оно так не должно работать Лучше залить всех десятерых и потом обрабатывать статистику по их совпаденцам.

[Daemon2017]

Если речь о поиске общих сегментов, то оно так не должно работать Лучше залить всех десятерых и потом обрабатывать статистику по их совпаденцам.

Да, о сегментах. Т.е. совсем никаких альтернатив нет - только поиск пересекающихся образцов?  Это ж ппц как потно.

[Srkz]

Ну, попробовать вариант с самыми частыми значениями всё равно можно, вдруг что-нибудь да поймается. Только не так, что при 4 AA, 5 AC и 1 CC ставим AA, потому что A больше, а ставим AC

[Farroukh]

Попробуйте поступить по аналогии с игреками. В выборке с облаком из сонма разношёрстных родственников всегда можно найти двух наиболее удалённых друг от друга и третьего, который посерёдке. Выбирать по матрице взаимосовпадений с сортировкой по сМ - в любой выборке всегда найдутся соответствующие субъекты.

[Daemon2017]

Попробуйте поступить по аналогии с игреками. В выборке с облаком из сонма разношёрстных родственников всегда можно найти двух наиболее удалённых друг от друга и третьего, который посерёдке. Выбирать по матрице взаимосовпадений с сортировкой по сМ - в любой выборке всегда найдутся соответствующие субъекты.

Т.е. эдакая трилатерация, когда для одной пары селян берем списки совпаденцев и ищем общих, затем для второй пары селян берем и ищем общих, и т.д.?
Если образцов 2-3, то несложно, а для 10 уже потно( Вот был бы у GedMatch какой-нибудь API - можно было бы автоматизировать трилатерацию, но его нет 

[Farroukh]

Матричный метод есть (FTDNA). Но если тесты не там, то тогда сложнее, увы

[Древ]

У МХ тоже есть матричный метод.

[Daemon2017]

Матричный метод есть (FTDNA). Но если тесты не там, то тогда сложнее, увы

У МХ тоже есть матричный метод.

Хм, ну да, это уже кое-что. Жаль, что в GM его убрали после отставки Хейварда(

[Farroukh]

Конечно, лучше всего было бы иметь под рукой софтину, которая помещала бы всю группу на аутосомный плот и сама находила бы крайние образцы и срединного носителя.

Можно сваять синтетический аутосомный портрет среднего субъекта из выборки, и даже снабдить его доминирующими игреком и митой. Понятное дело, тут тоже нужен подручный софт для вылепливания фантомного кариотипа. Но и без софта понятны недостатки этого пути, весьма напоминающие попытки ориентироваться на модальный гаплотип при игрек-поиске.

[Daemon2017]

Конечно, лучше всего было бы иметь под рукой софтину, которая помещала бы всю группу на аутосомный плот и сама находила бы крайние образцы и срединного носителя.

Можно сваять синтетический аутосомный портрет среднего субъекта из выборки, и даже снабдить его доминирующими игрепом и митой. Понятное дело, тут тоже нужен подручный софт для вылепливания фантомного кариотипа. Но и без софта понятны недостатки этого пути, весьма напоминающие попытки ориентироваться на модальный гаплотип при игрек-поиске.

100%! Но API от GW хрен дождешься :\

Вот ПО для создания усредненного синтета, наверно, я осилю

[Srkz]

Тут нужен не столько срединный носитель, сколько отбор каких-то уникальных именно для данной деревни вариантов. Отличающих её жителей от остальных.
То, что их объединяет, может ведь заодно объединять и с сотней миллионов других людей

[Daemon2017]

Тут нужен не столько срединный носитель, сколько отбор каких-то уникальных именно для данной деревни вариантов. Отличающих её жителей от остальных.

Справедливо! Но это надо иметь доступ к целой базе аутосомных гаплотипов, чтобы найти уникальные последовательности. Точно не потяну(

То, что их объединяет, может ведь заодно объединять и с сотней миллионов других людей

Это да, но хоть что-то. Возможно, что отделения 1к образцов, близких всему селу, от 1кк образцов, близких некоторым селянам, будет достаточно