АвторТема: Whole Genome Sequence от YSEQ  (Прочитано 20617 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн shink

  • Сообщений: 159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +55/-0
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #120 : 09 Апрель 2024, 09:06:25 »
Для текущей независимой статистики Yseq...
WGS+ был сделан чуть больше чем за 3 месяца.
Поступление образца в лабораторию - 02.01.2024
Результаты досупны в ЛК - 08.04.2024

Оффлайн AleksG

  • Maternal Y-DNA: R-L365->YP940>R-FT439430
  • Сообщений: 1011
  • Страна: 00
  • Рейтинг +438/-4
  • Y-ДНК: Q-PH2513
  • мтДНК: U5a1a1a
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #121 : 09 Апрель 2024, 13:23:23 »
Неплохо. Мне Астрид на вопрос ответила, что 4-5 месяцев делают
Но пока еще даже swab B не извлекли:

03/23/2024   Processing   Your DNA (YSEQ ID) is in storage.
Thank you for your order.

Оффлайн shink

  • Сообщений: 159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +55/-0
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #122 : 14 Апрель 2024, 10:36:58 »
Я новичек в работе с WGS extract. Установил программу. Как я понимаю,для моих целей (получение файла аутосом, который можно скормить Генотеку и FTDNA) на вход нужен BAM, содержащий информацию по аутосомам? В списке файлов предоставленных Yseq я таких файлов не вижу. Хотя бы исходя из размера... Что-то недодали или нужно запрашивать дополнительно?

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1464
  • Страна: hu
  • Рейтинг +269/-7
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #123 : 14 Апрель 2024, 14:06:41 »
Либо недодали, либо у вас тест не тот. Расскажите лучше - какие файлы вы получили из лабы ?

Оффлайн shink

  • Сообщений: 159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +55/-0
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #124 : 14 Апрель 2024, 15:13:45 »
Либо недодали, либо у вас тест не тот. Расскажите лучше - какие файлы вы получили из лабы ?
Я делал WGS+. Файлов Yseq дает много разных для разных применений. Обнаружил, что именно необходимый bam отсутствует
https://genomes.yseq.net/WGS/XXXXX/XXXXX_bwa-mem_hg38_sorted.bam
Ссылка на него в письме есть, и оговорка что он может быть до 56 гигабайт(почему интересно именно столько?). А самого файла не выложено. Написал в лабу. Думал, что это какая-то обычная история, и они выкладывают этот файл только "по-требованию"... Но почему-то поддержки от коллег не вижу. По- видимому просто частная ошибка.
Пишет:
We have error: «The requested URL was not found on this server

Оффлайн shink

  • Сообщений: 159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +55/-0
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #125 : 14 Апрель 2024, 20:20:18 »
Либо недодали, либо у вас тест не тот. Расскажите лучше - какие файлы вы получили из лабы ?
Я делал WGS+. Файлов Yseq дает много разных для разных применений. Обнаружил, что именно необходимый bam отсутствует
https://genomes.yseq.net/WGS/XXXXX/XXXXX_bwa-mem_hg38_sorted.bam
Ссылка на него в письме есть, и оговорка что он может быть до 56 гигабайт(почему интересно именно столько?). А самого файла не выложено. Написал в лабу. Думал, что это какая-то обычная история, и они выкладывают этот файл только "по-требованию"... Но почему-то поддержки от коллег не вижу. По- видимому просто частная ошибка.
Пишет:
We have error: «The requested URL was not found on this server
Нашел в письме фразу, говорящую о том что действительно данный файл предоставляется "по запросу". Т.е нужно писать и несколько дней его будут готовить.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.