G25 координаты и их вейвлет-анализ

[Penny]

Только сейчас вспомнила, что макаки - азиатские обезьяны, а не африканские. Так что если уж и говорить о конвергентной эволюции, то скорей с южно-азиатскими гоминидами типа орангутана или синантропа.

[wave48]

Только сейчас вспомнила, что макаки - азиатские обезьяны, а не африканские. Так что если уж и говорить о конвергентной эволюции, то скорей с южно-азиатскими гоминидами типа орангутана или синантропа.

Это сейчас они только в Азии и, кстати, в Марокко обитают. А 45 тысяч лет назад?
Я не понимаю вообще как связана генетика с конвергентной эволюцией и это точно тема совершенно другая.

С помощью G25 мы можем увидеть только самую общую картину, все реальные обезьяны будут одинаковые. Нужно иметь современные и палео днк их в приличном количестве, добавить в гарвардскую базу данных и сделать PCA. Только это будут уже не G25, а G25`  в которых мы не сможем использовать обычные G25. 

То что мы здесь получили можно трактовать только как подтверждение выхода человека из Африки.  Но если присмотреться все же, то можно заметить что были и входы.
Скорее всего связанные с изменением климата.   Но не более того. О каких-то конкретных вещах говорить только по этим расчетам нельзя.

[Srkz]

Не, не путаю, хотя и не понимаю, что они означают и как делаются. Возможно, стоит прочитать об этом, а то пользуюсь, а что это такое - без понятия 
Неандертальцев кстати тоже не включали и всяких других гоминид.

Насчет симулированных не согласна, что принципиально. Если они были сделаны там, где я думаю, то отклонение от реальных результатов там несущественное. Не больше, чем отклонение, приведенное мной выше в посте, где есть разница, на основе какого сета данных генерируются координаты.

Ну да, если на картинках, по которым вы изучаете звёздное небо, правдоподобно изображали Луну и Большую Медведицу, то нет сомнений, что при просьбе изобразить планету Нибиру её тоже покажут в самых достоверных подробностях.

[wave48]

Южная Африка кстати часто вылезает у волго-уральцев в качестве довеска при раскладах.

А вот это может быть совершенно не случайно. Сохранились архаичные участки.

Я сейчас примерно вот так представляю картину расселения сапиенсов. Не ругайте только сильно....

60-30 тыс. лет назад Сахара сухая и больше чем сейчас. Север Европы и Альпы полностью покрыты ледником. В Западной Сибири Мансийское озеро начинает уменьшаться. На западе самые лучшие места в Леванте и на Балканах. Каспийское море соединено с Черным Манычским проливом. Существование Босфора под вопросом. В Австралию попасть довольно просто.

И в это время происходит рост численности человечества, образуются все неафриканские гаплогруппы, освоена вся Евразия.
Вышедшие из Африки по причине засухи CT долгое время жили в Леванте и Аравии. И росли.
D ушли в сторону Северной Индии, E и C во всех направлениях, FGH на восток в сторону Индии и на Кавказ. 
Появилась K. Где и как пока не ясно. Но ее потомки.
L и T укоренились на побережье Индийского океана освоив пути через Южную Аравию.
K2b освоили Юговосточную Азию и Австралию.   K2a обнаружена у Усть-Ишимского человека и в Румынии, K-M2335 у людей замка Ранис.
Очень вероятно что разделение этих двух ветвей произошло где-то в Северной Индии и в Европу одна из них попадает через Причерноморье.
Там же происходит смешение с денисовцами. Все люди замка Ранис имеют денисовскую примесь.
В Европе поселения появляются в пещере Бачо Киро и вблизи замка Ранис.  Эти люди несут большой процент юго-восточной примеси, по сути они австралопитеки.
Но со временем эта примесь уменьшается. Скорее всего сюда идет приток людей из Анатолии и Леванта у которых ее меньше.  Центр Германии в это время большой загон для бизонов и заселен неандертальцами.
А 40 т. лет назад все меняется. Начинается Каргинское потепление и ледники стремительно тают. Уже в 39 т.л в Европе теплее чем сейчас. Для неандертальцев привычных к холоду наступает плохое время. И еще происходит мегаизвержение в Италии - Флегрейские поля.  Животные вымирают, растений нет в Италии, на Балканах и в степях до Урала. Неандертальцы уходят на север и их ждет гибель от голода. Кавказ с севера опустошен. Люди выживают только в Восточной Европе - в Костенках и Сунгири.  Да, это родственники тех, из пещеры Бачо Киро. Они продвигаются на северо-восток вслед за отступающим ледником и крупными животными. 32.5 т.л назад они уже в устье реки Лена и в Китае. Там у их потомков появится гаплогруппы N и O когда потепление закончится и ледники снова вырастут.

А часть этих людей или осталась в районе Волги или двинулась на север. Вот от них и остался этот след.    А потом и хвалынская культура выросла.

[Penny]

Это сейчас они только в Азии и, кстати, в Марокко обитают. А 45 тысяч лет назад?
Я не понимаю вообще как связана генетика с конвергентной эволюцией и это точно тема совершенно другая.

С помощью G25 мы можем увидеть только самую общую картину, все реальные обезьяны будут одинаковые. Нужно иметь современные и палео днк их в приличном количестве, добавить в гарвардскую базу данных и сделать PCA. Только это будут уже не G25, а G25`  в которых мы не сможем использовать обычные G25. 

То что мы здесь получили можно трактовать только как подтверждение выхода человека из Африки.  Но если присмотреться все же, то можно заметить что были и входы.
Скорее всего связанные с изменением климата.   Но не более того. О каких-то конкретных вещах говорить только по этим расчетам нельзя.

Вопрос, какие макаки взяты тут. Но в любом случае, маготы родственны всем азиатским сородичам вместе взятым и являются базовым типом макаки (так в вики написано).

Генетика может быть связана с конвергентной эволюцией так. Например, появление мутации, ответственной  у нас за белую кожу может быть конвергентно появлению и закреплению такой же мутации у другого примата, живущего в сходных условиях и так далее по разным генам и мутациям. Например, у нас есть зачатки перепонок на пальцах. Разве они есть у ближайших родственников шимпанзе? Нет. Но они есть у яванских макак, которые плавают, ныряют за крабами. Во всяком случае на видео маленьких яванских макашат зачатки перепонок хорошо заметны. Это может быть конвергентной эволюцией. Возможно, предок человека тоже много шарился в воде. Другие примеры. У всех обезьян ногти, а не когти. А вот у игрунок, которые тоже относятся к обезянам, коготочки.
Наверное, много генов у нас мутировало схожим образом с другими млекопитающими, живущими в тех же условиях.

[Penny]

Ну да, если на картинках, по которым вы изучаете звёздное небо, правдоподобно изображали Луну и Большую Медведицу, то нет сомнений, что при просьбе изобразить планету Нибиру её тоже покажут в самых достоверных подробностях.

Можно подумать кто-то серьезно относится к этим играм с G25, особенно, по сравнению со столь далеко стоящим от нас родом.
В сказке ложь, да в ней намек.

[Penny]

А часть этих людей или осталась в районе Волги или двинулась на север. Вот от них и остался этот след.    А потом и хвалынская культура выросла.

А что скажите по этому рисунку, который был опубликован в теме чувашей?
https://www.reddit.com/media?url=https%3A%2F%2Fpreview.redd.it%2Fdual-origin-of-turkic-speaking-peoples-by-harvard-v0-huyzpjohicpd1.jpeg%3Fwidth%3D1080%26crop%3Dsmart%26auto%3Dwebp%26s%3Dda7c0bb668e657f04955b1f3cdcd497726162659

Особенно интересен второй сверху адмикс. Там получается, что среди современных популяций самый высокий процент сарматов - у осетин и бесермян, где-то половина в процентах    У осетин все понятно - от аланов. А почему у бесермян так много?

[wave48]

А часть этих людей или осталась в районе Волги или двинулась на север. Вот от них и остался этот след.    А потом и хвалынская культура выросла.

А что скажите по этому рисунку, который был опубликован в теме чувашей?
https://www.reddit.com/media?url=https%3A%2F%2Fpreview.redd.it%2Fdual-origin-of-turkic-speaking-peoples-by-harvard-v0-huyzpjohicpd1.jpeg%3Fwidth%3D1080%26crop%3Dsmart%26auto%3Dwebp%26s%3Dda7c0bb668e657f04955b1f3cdcd497726162659

Особенно интересен второй сверху адмикс. Там получается, что среди современных популяций самый высокий процент сарматов - у осетин и бесермян, где-то половина в процентах    У осетин все понятно - от аланов. А почему у бесермян так много?

Рисунки с виду крутые, но я недоверчиво (несерьезно) отношусь к admixture. Хотя это и основной метод сейчас.  Как можно на один график смешивать славян и сарматов и синьцзянцев. Ладно. Не мое дело вообщем-то.

Сармат я по любому связываю с Кушанским царством, саками и какими-то местными остатками катакомбников и считаю союзом племен, центр которого был в районе Маныча. Как-то так.
Не отъявленными степняками, двигающимися на запад. Вот и поднялись по Волге уходя от разных хунну.

[Penny]

А часть этих людей или осталась в районе Волги или двинулась на север. Вот от них и остался этот след.    А потом и хвалынская культура выросла.

А что скажите по этому рисунку, который был опубликован в теме чувашей?
https://www.reddit.com/media?url=https%3A%2F%2Fpreview.redd.it%2Fdual-origin-of-turkic-speaking-peoples-by-harvard-v0-huyzpjohicpd1.jpeg%3Fwidth%3D1080%26crop%3Dsmart%26auto%3Dwebp%26s%3Dda7c0bb668e657f04955b1f3cdcd497726162659

Особенно интересен второй сверху адмикс. Там получается, что среди современных популяций самый высокий процент сарматов - у осетин и бесермян, где-то половина в процентах    У осетин все понятно - от аланов. А почему у бесермян так много?

Рисунки с виду крутые, но я недоверчиво (несерьезно) отношусь к admixture. Хотя это и основной метод сейчас.  Как можно на один график смешивать славян и сарматов и синьцзянцев. Ладно. Не мое дело вообщем-то.

Сармат я по любому связываю с Кушанским царством, саками и какими-то местными остатками катакомбников и считаю союзом племен, центр которого был в районе Маныча. Как-то так.
Не отъявленными степняками, двигающимися на запад. Вот и поднялись по Волге уходя от разных хунну.

Да, согласна, admixture - один из самых несерьезных методов. Это был первый метод, с которым я познакомилась, вроде статья была про угрофиннов или про славян. Уже не помню. От науки очень далеко. Похоже на занимательную игру "я у мамы популяционный генетик". Там получалось, что можно любой результат получить, в зависимости от предпочтений, причем так прямо и писалось в якобы научной статье. "Если мы возьмем 5 компонент, то вот так получается,а если 6, то вот так уже, если более глубоко - то вот это, если менее, то вот так". В одном случае родство с одними, в другом - с другими. В результате подогнали под желаемое и сделали вывод, подтверждающий их идеи. Хотя на самом деле наоборот. Под свои идеи подобрали микс. Ужас. Но это самое доступное для любителя.

Самым хорошим мне кажется метод дальнего родства.

Кстати, ни у осетин,ни у бесермян, в отличие от тюрков, нету ксюнну в этом адмиксте.

[ETOBOG]

Здравствуйте. Благодарю за всю информацию, которую тут выложили. Прошу помощи по G25, никак не могу разобраться с чего начинать и как это использовать. Инструкций так и не нашёл, однако люди делают такие красивые диаграммы, сравнивают себя с народами и так далее, с популяциями, а как это делать - не понятно. Я смотрел разные сервисы, но удобнее мне было бы пользоваться G25 Studio от dnagenics, если, конечно, вы не порекомендуете что-то лучше. Есть и gedmatch и все остальные базы.

И так, основной вопрос:

1) Куда и как добавлять мой аутосомный геном?
2) Как мне сделать координаты конкретно моего генома и зачем это делать?
3) Есть, допустим, у меня геном дагестанца. хочу сравнить его с другими кавказцами. как это делать?
4) Есть, допустим, у меня геном индийца. И есть древние координаты G25 выкопанные в пакистане, например, отсюда (https://www.exploreyourdna.com/sample/i12982/pakistan.htm). Как мне сравнить моего индийца с ним и сравнивают ли такое?
5) Общая информация будет очень полезна по самой логике: зачем сравнивать и что с чем, что ожидать и что нужно для этого иметь (инструменты)?

Понимаю, что вопросов много, но буду рад подробной инструкции.
С большим уважением к уже проделанной вами работе,
Влад.

[wave48]

День добрый. Спасибо за благодарность.
На самом деле эта работа продвинулась за это время значительно. Через некоторое время буду здесь выкладывать результаты.

Здравствуйте. Благодарю за всю информацию, которую тут выложили. Прошу помощи по G25, никак не могу разобраться с чего начинать и как это использовать. Инструкций так и не нашёл, однако люди делают такие красивые диаграммы, сравнивают себя с народами и так далее, с популяциями, а как это делать - не понятно. Я смотрел разные сервисы, но удобнее мне было бы пользоваться G25 Studio от dnagenics, если, конечно, вы не порекомендуете что-то лучше. Есть и gedmatch и все остальные базы.

И так, основной вопрос:

1) Куда и как добавлять мой аутосомный геном?

Прежде всего на Гедматч. Это https://www.gedmatch.com   Получите там очень много информации воспользовавшись различными калькуляторами. Там в разделе приложений найдите калькулятор Eurogenes K36. Он сам по-себе весьма точен и информативен но по его данным можно получить свои G25 координаты воспользовавшись сервисом https://allelocator.ovh/K36vertical.html

2) Как мне сделать координаты конкретно моего генома и зачем это делать?

Бесплатно как я написал выше. Платно на сайте вахадуо.
Инструкция как пользоваться здесь: https://dzen.ru/a/Z3mSo4TS8G3hwaA9

3) Есть, допустим, у меня геном дагестанца. хочу сравнить его с другими кавказцами. как это делать?

Из базы современных координат в блокноте выбрать координаты дагестанцев и на https://vahaduo.github.io/vahaduo/ в поле source их поместить. Координаты тех с кем сравнивать в поле Target. Затем в полях Distance Single Multi понажимать кнопки Run и дождаться выполнения. Иногда это занимает приличное время. И разобраться с полученными результатами. Для этого нужен опыт и понимание как это работатет.

4) Есть, допустим, у меня геном индийца. И есть древние координаты G25 выкопанные в пакистане, например, отсюда (https://www.exploreyourdna.com/sample/i12982/pakistan.htm). Как мне сравнить моего индийца с ним и сравнивают ли такое?
5) Общая информация будет очень полезна по самой логике: зачем сравнивать и что с чем, что ожидать и что нужно для этого иметь (инструменты)?

Понимаю, что вопросов много, но буду рад подробной инструкции.
С большим уважением к уже проделанной вами работе,
Влад.

Пока кратко чтобы начать. Напишите здесь свой код гедматча или мне в личку. Я по своим калькуляторам егот прогоню и вам информацию выдам.
Успехов!
Начинайте разбираться и спрашивайте.

[Georg]

Хороший набор g25 у tora_sama , на балтославике

[Vicand]

Eurogen K36 сэмплы плохо подходят для тех, кто тестировался на новых чипах Infinium GSA. FTDNA c 2017, 23andMe V5, Genotek
Даже мои объединенные  наборы из FTDNA+Genotek+23andMe дают всего 44% перекрытия по SNP в калькуляторе K36
И при этом вы получаете всего лишь симуляцию G25.  Если у вас тест до 2017 в FTDNA или Ancestry , любой год, то в К36 вы получите более точные результаты. Там перекрытие будет под 100%
Я сравнил мои результаты по приведенной инструкции с калькулятором G25 ILLUSTRATIVE DNA и вот, что вышло:
K36 simulated G25
Distance to:   sample_simulated_g25_scaled
0.01509449   Russian_Tver1
0.01520331   Voronezh_North2
0.01558109   Russian_Tver_kash
0.01684019   Russian_Kursk
0.01769461   Russian_Yaroslavl
0.01856124   RyazanC
0.01893136   Russian_Pskov
0.02084481   Russian_Kaluga
0.02089895   RyazanM
0.02232279   Russian_Orel
0.02237968   Estonian
0.02343738   Belarusian
0.02350484   Ukrainian_Dnipro
0.02419922   Russian_Voronez
0.02430977   Lithuanian_PA
0.02647886   Cossack_Ukrainian
0.02647886   Cossack_Ukrainian_Zaporizhzhia
0.02651788   Russian_Kostroma
0.02664516   Lithuanian_VA
0.02668219   Ukrainian_Rivne
0.02688447   Ukrainian_Chernihiv
0.02700246   Russian_Smolensk
0.02826113   Ukrainian_Donetsk
0.02831819   Russian_Belgorod
0.02942630   Ukrainian_Zhytomyr

https://illustrativedna.com/
Distance to:   vicand
0.02752640   Ingrian
0.02792830   Russian_Tver
0.02873882   Russian_Kostroma
0.02902420   Russian_Yaroslavl
0.02933722   Finnish_Southeast
0.02948451   Russian_Ryazan
0.02968790   Mordvin_Moksha
0.03147327   Estonian
0.03165384   Mordvin
0.03233273   Russian_Kursk
0.03295855   Russian_Vologda
0.03317444   Russian_Kaluga
0.03336386   Mordvin_Erzya
0.03338323   Finnish
0.03473913   Ukrainian_Dnipro
0.03485992   Russian_Pskov
0.03541425   Finnish_Central
0.03565804   Russian_Oryol
0.03593833   Karelian
0.03689423   Finnish_East
0.03699946   Finnish_Southwest
0.03744551   Russian_Voronezh
0.03795743   Belarusian
0.03820234   Lithuanian_South_Aukstaitija
0.03843899   Ukrainian_Sumy

[wave48]

Да, времени прошло много, но эта работа продолжалась и была закончена успешно. Было создано два веб-приложения. Одно по кластеризации археологических культур. с помощью него можно разобраться в их происхождении. А второе - это калькулятор предковых компонент на вейвлет-анализе. С помощью него можно получить информацию о своем происхождении.
Все доступно на сайте  http://www.waipy.ru  Заходите там в Проекты и нажимайте треугольник. Калькулятор требует времени, расчет длится от 10 до 20 секунд.
О впечатлениях и прочем пишите сюда. Пользуйтесь вообщем.

[Srkz]

Все доступно на сайте  http://www.waipy.ru  Заходите там в Проекты и нажимайте треугольник. Калькулятор требует времени, расчет длится от 10 до 20 секунд.
О впечатлениях и прочем пишите сюда. Пользуйтесь вообщем.

Попробовал ввести несколько древних поволжцев, на первых местах обычно восточные скифы и почему-то разные римляне. В целом непонятно, что означает диаграмма результатов (это сортировка по уровню похожести?). Также стоит указать, надо ли вводить scaled или unscaled координаты? Вводил scaled.  Концовка легенды не помещается у меня на экран и обрезается.