Правильно ли я понимаю, что сделав апгрейд до T2T, можно получить дополнительные снипы, которые со временем смогут разветвить филогенетическое древо?
Я думаю, что оптимальнее всего делать такие апгрейды если имеются более-менее близкие кузены. И, соответственно, делать T2T вместе с ними. Я предлагал своему ближайшему родичу апгрейд, но его это не заинтересовало. А чисто для себя мне это пока не нужно (в таком случае))
Ну вот я сделал апгрейд своему племяннику, кому ещё надо их сделать из ближайших родственников, чтобы эти новые снипы появились на древе, а главное - почему они не появляются в Y-отчёте, ведь каждый новый снип - это "имя" далёкого предка.
1) Y-отчет создан только на основании снипов текущего дерева. Приватные в него не включены. Известные снипы с рейтингом 1* или множеством локализаций не попадают в большинстве случаев на дерево и следовательно не попадают в Y-отчет.
2) Чтоб приватный снип стал именованным и возможно был включен в дерево необходимо несколько условий. Основное условие - наличие другого образца рядом (относительно), у которого ваш приватный так же будет положительным.
3) Если ближайший образец, с которым совпал ваш приватный снип находится относительно далеко, то это означает что новый снип будет размещен на дереве в субкладе, который является вашим общим TMRCA.