АвторТема: Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?  (Прочитано 1187 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17317
  • Страна: az
  • Рейтинг +6041/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?
« : 17 Декабрь 2023, 07:42:49 »
Если Вы:

+ веками висите на древе в базальном состоянии с гаплогруппой ветхозаветного периода - то есть Вы со звёздочкой * у корня, а у остальных всё как у людей - свои субклады вполне генеалогической эпохи ("все люди как люди, а я - мегазвезда", мой пример) :)

+ в звёздном состоянии и возрасте пирамиды Хеопса висите не только Вы, но и ещё целая орава таких же озадаченных товарищей из совершенно разных уголков мира (пример нашего кореша с форума) :)

+ хотите иметь свой образец в актуализированном состоянии, пригодном для адекватного сравнения с будущими новобранцами (а они все уже будут прибывать после T2T-обработки)

...то апгрейд BigY700 -> T2T нужен

Но. Если Вы:
- имеете только BigY500 и заказать апгрейд BigY500 -> BigY700+bam (пока) нет возможности :(
- имеете BigY700, но только в виде vcf-файла и заказать bam-файл (пока) нет возможности :(
- вообще устали от этих вечных апгрейдов и нескончаемой  необходимости что-то куда-то грузить :(

...то вполне можно довольствоваться даже FTDNA-шными block-tree (где у однополчан нет контактных данных, сиди и догадывайся кто это) и discover-tree (где тоже нет контактов и вообще образцы только из их базы). Пишу это без какой-либо подъёлки - для большинства нормальных людей всего этого вполне достаточно.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 464
  • Страна: kz
  • Рейтинг +287/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?
« Ответ #1 : 17 Декабрь 2023, 08:35:51 »
Но. Если Вы:
- имеете только BigY500 и заказать апгрейд BigY500 -> BigY700+bam (пока) нет возможности :(

Если upgrade c BigY500-> BigY700 стоит 209$, + выкуп бама 100$. В сумме это обойдется в 309$. То стоит рассмотреть вариант покупки WGS от вендоров как Данте Лабс, Небула, Yseq, что будет дешевле на скидках или почти одинаково, и выхлопа побольше будет для нового реферанса T2T :)
« Последнее редактирование: 17 Декабрь 2023, 08:44:37 от Saken »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17317
  • Страна: az
  • Рейтинг +6041/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?
« Ответ #2 : 17 Декабрь 2023, 09:48:59 »
Совет дельный, плюсую. Но всё же лучше сконцентрироваться на обсуждении целесообразности апгрейда до T2T для тех, у кого уже есть bam700, иначе утонем в бесконечных оффтоповых дребездежах про FTDNAvsWGS.

Оффлайн shink

  • Сообщений: 156
  • Страна: ru
  • Рейтинг +55/-0
Re: Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?
« Ответ #3 : 17 Декабрь 2023, 10:23:09 »
У меня есть 3 образца Y700 в FTDNA. По двум из них Bam  был загружен в Yfull, а третий был загружен в виде vcf. Есть определенные сомнения, корректно ли в yfull эти образцы заветвились(объяснять долго - в образце vcf нет прочтения определенного снипа, а у двух остальных он положителен, но отрицателен в другом образце из Yseq). В FTDNA ветвлений нет и 3 приватных снипа не выделено.
1.Если я сейчас закажу Bam для образца по которому он ранее не выгружался из FTDNA, то он будет в T2T?
2. Не порушит ли его загрузка в Yfull, ту стройную картину которая там наблюдается? Корректно ли будет сравнение одного T2T с ранними загрузками? 3. Дает ли наличие такого образца T2T в ветке какие-то перспективы в дальнейшем?

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 464
  • Страна: kz
  • Рейтинг +287/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?
« Ответ #4 : 17 Декабрь 2023, 12:01:57 »
У меня есть 3 образца Y700 в FTDNA. По двум из них Bam  был загружен в Yfull, а третий был загружен в виде vcf. Есть определенные сомнения, корректно ли в yfull эти образцы заветвились(объяснять долго - в образце vcf нет прочтения определенного снипа, а у двух остальных он положителен, но отрицателен в другом образце из Yseq). В FTDNA ветвлений нет и 3 приватных снипа не выделено.
1.Если я сейчас закажу Bam для образца по которому он ранее не выгружался из FTDNA, то он будет в T2T?
2. Не порушит ли его загрузка в Yfull, ту стройную картину которая там наблюдается? Корректно ли будет сравнение одного T2T с ранними загрузками? 3. Дает ли наличие такого образца T2T в ветке какие-то перспективы в дальнейшем?

По пункту 1, FTDNA выдают бамы только в hg38 реферансе, не в T2T. Даже исходники в формате FASTQ не дают при оплате 100$:-(
В T2T формат для BigY700 обладателей делает YFull при заказе апгрейда.

По пункту 2, загрузка T2T не сможет порушить что либо, наоборот, мусорные 1 звёздовые снипы из hg38 почистит сможет.
У моего близкого совпаденца с BigY700 при апгрейде до T2T появились дополнительные приватные и неприватные снипы. Чтобы вы понимали, общий возраст нашей ветки 950лет.

Оффлайн vvw1717

  • Сообщений: 249
  • Страна: ru
  • Рейтинг +282/-13
Re: Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?
« Ответ #5 : 18 Декабрь 2023, 22:22:29 »
"Ну не догоню- хоть согреюсь."  :)
Вот пересобрали тоже wgs на новый Т2Т. Ничего нового не ожидал. Как был под своей звездой, так и останусь. В принципе и до полногеномнго теста и анализа на Yfull  уже было ясно, что никто близкий не найдётся, пока сам не оплачу единственного возможного совпаденца.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1454
  • Страна: hu
  • Рейтинг +269/-7
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?
« Ответ #6 : 19 Декабрь 2023, 00:36:24 »
Господа! Простите, у меня тупой вопрос, но вероятно сможете помочь - получается, BigY недостаточно самого, чтобы загрузиться в YFull, а еще нужно FTDNA платить экстраденьги за выгрузку сырого файла? В VCF формате? Или какие там опции есть?

Оффлайн Oleg V.

  • YFull: YF088859
  • Сообщений: 100
  • Страна: ru
  • Рейтинг +246/-0
  • GEDmatch: XU7175897
  • Y-ДНК: R1a-YP682
  • мтДНК: U5b2a1b1a
Re: Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?
« Ответ #7 : 19 Декабрь 2023, 00:38:58 »
Господа! Простите, у меня тупой вопрос, но вероятно сможете помочь - получается, BigY недостаточно самого, чтобы загрузиться в YFull, а еще нужно FTDNA платить экстраденьги за выгрузку сырого файла? В VCF формате? Или какие там опции есть?
VCF-файл дают бесплатно и он подходит для YFull и для расчёта возраста, а можно заказать BAM за деньги.

Оффлайн Elektor

  • Сообщений: 33
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
Re: Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?
« Ответ #8 : 26 Февраль 2024, 00:16:52 »
Добрый день, такой вопрос. Делал wgs+ тест в YSEQ, залился на yfull опять же через встроенную в YSEQ интеграцию. Теперь хочу сделать апгрейд в T2T.
Собственно вопрос, какой BAM файл нужно прикладывать? YSEQ в письме кинули мне ссылки на 2 файла с таким названием, первый - "The Y chromosome BAM file", второй, еще пока что судя по всему не загрузившийся, - "The complete BAM file of your genome". Какой из них нужен для апгрейда?
Есть ли для клиентов YSEQ готовая интеграция под апдейт без каких-либо выкачек в промежуточные хранилища?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1249
  • Страна: ru
  • Рейтинг +929/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?
« Ответ #9 : 26 Февраль 2024, 09:13:09 »
Добрый день, такой вопрос. Делал wgs+ тест в YSEQ, залился на yfull опять же через встроенную в YSEQ интеграцию. Теперь хочу сделать апгрейд в T2T.
Собственно вопрос, какой BAM файл нужно прикладывать? YSEQ в письме кинули мне ссылки на 2 файла с таким названием, первый - "The Y chromosome BAM file", второй, еще пока что судя по всему не загрузившийся, - "The complete BAM file of your genome". Какой из них нужен для апгрейда?
Есть ли для клиентов YSEQ готовая интеграция под апдейт без каких-либо выкачек в промежуточные хранилища?
Напишите письмо в YSEQ, если не будут отвечать то повторяйте. Попросите загрузить на FTP полный bam файлы. Когда выдадут дайте логин и пароль от FTP Yfull.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.