Апгрейд BigY700 -> T2T: нужен или нет?

[Farroukh]

Если Вы:

+ веками висите на древе в базальном состоянии с гаплогруппой ветхозаветного периода - то есть Вы со звёздочкой * у корня, а у остальных всё как у людей - свои субклады вполне генеалогической эпохи ("все люди как люди, а я - мегазвезда", мой пример)

+ в звёздном состоянии и возрасте пирамиды Хеопса висите не только Вы, но и ещё целая орава таких же озадаченных товарищей из совершенно разных уголков мира (пример нашего кореша с форума)

+ хотите иметь свой образец в актуализированном состоянии, пригодном для адекватного сравнения с будущими новобранцами (а они все уже будут прибывать после T2T-обработки)

...то апгрейд BigY700 -> T2T нужен

Но. Если Вы:
- имеете только BigY500 и заказать апгрейд BigY500 -> BigY700+bam (пока) нет возможности
- имеете BigY700, но только в виде vcf-файла и заказать bam-файл (пока) нет возможности
- вообще устали от этих вечных апгрейдов и нескончаемой  необходимости что-то куда-то грузить

...то вполне можно довольствоваться даже FTDNA-шными block-tree (где у однополчан нет контактных данных, сиди и догадывайся кто это) и discover-tree (где тоже нет контактов и вообще образцы только из их базы). Пишу это без какой-либо подъёлки - для большинства нормальных людей всего этого вполне достаточно.

[Saken]

Но. Если Вы:
- имеете только BigY500 и заказать апгрейд BigY500 -> BigY700+bam (пока) нет возможности

Если upgrade c BigY500-> BigY700 стоит 209$, + выкуп бама 100$. В сумме это обойдется в 309$. То стоит рассмотреть вариант покупки WGS от вендоров как Данте Лабс, Небула, Yseq, что будет дешевле на скидках или почти одинаково, и выхлопа побольше будет для нового реферанса T2T

[Farroukh]

Совет дельный, плюсую. Но всё же лучше сконцентрироваться на обсуждении целесообразности апгрейда до T2T для тех, у кого уже есть bam700, иначе утонем в бесконечных оффтоповых дребездежах про FTDNAvsWGS.

[shink]

У меня есть 3 образца Y700 в FTDNA. По двум из них Bam  был загружен в Yfull, а третий был загружен в виде vcf. Есть определенные сомнения, корректно ли в yfull эти образцы заветвились(объяснять долго - в образце vcf нет прочтения определенного снипа, а у двух остальных он положителен, но отрицателен в другом образце из Yseq). В FTDNA ветвлений нет и 3 приватных снипа не выделено.
1.Если я сейчас закажу Bam для образца по которому он ранее не выгружался из FTDNA, то он будет в T2T?
2. Не порушит ли его загрузка в Yfull, ту стройную картину которая там наблюдается? Корректно ли будет сравнение одного T2T с ранними загрузками? 3. Дает ли наличие такого образца T2T в ветке какие-то перспективы в дальнейшем?

[Saken]

У меня есть 3 образца Y700 в FTDNA. По двум из них Bam  был загружен в Yfull, а третий был загружен в виде vcf. Есть определенные сомнения, корректно ли в yfull эти образцы заветвились(объяснять долго - в образце vcf нет прочтения определенного снипа, а у двух остальных он положителен, но отрицателен в другом образце из Yseq). В FTDNA ветвлений нет и 3 приватных снипа не выделено.
1.Если я сейчас закажу Bam для образца по которому он ранее не выгружался из FTDNA, то он будет в T2T?
2. Не порушит ли его загрузка в Yfull, ту стройную картину которая там наблюдается? Корректно ли будет сравнение одного T2T с ранними загрузками? 3. Дает ли наличие такого образца T2T в ветке какие-то перспективы в дальнейшем?

По пункту 1, FTDNA выдают бамы только в hg38 реферансе, не в T2T. Даже исходники в формате FASTQ не дают при оплате 100$:-(
В T2T формат для BigY700 обладателей делает YFull при заказе апгрейда.

По пункту 2, загрузка T2T не сможет порушить что либо, наоборот, мусорные 1 звёздовые снипы из hg38 почистит сможет.
У моего близкого совпаденца с BigY700 при апгрейде до T2T появились дополнительные приватные и неприватные снипы. Чтобы вы понимали, общий возраст нашей ветки 950лет.

[gecube_ru]

Господа! Простите, у меня тупой вопрос, но вероятно сможете помочь - получается, BigY недостаточно самого, чтобы загрузиться в YFull, а еще нужно FTDNA платить экстраденьги за выгрузку сырого файла? В VCF формате? Или какие там опции есть?

[Oleg V.]

Господа! Простите, у меня тупой вопрос, но вероятно сможете помочь - получается, BigY недостаточно самого, чтобы загрузиться в YFull, а еще нужно FTDNA платить экстраденьги за выгрузку сырого файла? В VCF формате? Или какие там опции есть?

VCF-файл дают бесплатно и он подходит для YFull и для расчёта возраста, а можно заказать BAM за деньги.

[Elektor]

Добрый день, такой вопрос. Делал wgs+ тест в YSEQ, залился на yfull опять же через встроенную в YSEQ интеграцию. Теперь хочу сделать апгрейд в T2T.
Собственно вопрос, какой BAM файл нужно прикладывать? YSEQ в письме кинули мне ссылки на 2 файла с таким названием, первый - "The Y chromosome BAM file", второй, еще пока что судя по всему не загрузившийся, - "The complete BAM file of your genome". Какой из них нужен для апгрейда?
Есть ли для клиентов YSEQ готовая интеграция под апдейт без каких-либо выкачек в промежуточные хранилища?

[Val_Metov]

Добрый день, такой вопрос. Делал wgs+ тест в YSEQ, залился на yfull опять же через встроенную в YSEQ интеграцию. Теперь хочу сделать апгрейд в T2T.
Собственно вопрос, какой BAM файл нужно прикладывать? YSEQ в письме кинули мне ссылки на 2 файла с таким названием, первый - "The Y chromosome BAM file", второй, еще пока что судя по всему не загрузившийся, - "The complete BAM file of your genome". Какой из них нужен для апгрейда?
Есть ли для клиентов YSEQ готовая интеграция под апдейт без каких-либо выкачек в промежуточные хранилища?

Напишите письмо в YSEQ, если не будут отвечать то повторяйте. Попросите загрузить на FTP полный bam файлы. Когда выдадут дайте логин и пароль от FTP Yfull.

[nilogov]

Правильно ли я понимаю, что сделав апгрейд до T2T, можно получить дополнительные снипы, которые со временем смогут разветвить филогенетическое древо?

[Виталий77]

Правильно ли я понимаю, что сделав апгрейд до T2T, можно получить дополнительные снипы, которые со временем смогут разветвить филогенетическое древо?

Точно так.

[nilogov]

Правильно ли я понимаю, что сделав апгрейд до T2T, можно получить дополнительные снипы, которые со временем смогут разветвить филогенетическое древо?

Точно так.

Получается, что новые снипы по T2T должны отображаться в списке с ранее выявленными снипами по другим референсам? Или пока все на новый референс не перейдут - этого не произойдёт?..

[Виталий77]

Правильно ли я понимаю, что сделав апгрейд до T2T, можно получить дополнительные снипы, которые со временем смогут разветвить филогенетическое древо?

Точно так.

Получается, что новые снипы по T2T должны отображаться в списке с ранее выявленными снипами по другим референсам? Или пока все на новый референс не перейдут - этого не произойдёт?..

Да, они и отражаются в YFull, как во вкладке Гг и SNP, так потом и в некоторых ветвях дерева.
Так же они есть во вкладке Апгрейд.

[grimsvotn]

Правильно ли я понимаю, что сделав апгрейд до T2T, можно получить дополнительные снипы, которые со временем смогут разветвить филогенетическое древо?

Я думаю, что оптимальнее всего делать такие апгрейды если имеются более-менее близкие кузены. И, соответственно, делать  T2T вместе с ними. Я предлагал своему ближайшему родичу апгрейд, но его это не заинтересовало. А чисто для себя мне это пока не нужно (в таком случае))

[Tora_sama]

Правильно ли я понимаю, что сделав апгрейд до T2T, можно получить дополнительные снипы, которые со временем смогут разветвить филогенетическое древо?

Я думаю, что оптимальнее всего делать такие апгрейды если имеются более-менее близкие кузены. И, соответственно, делать  T2T вместе с ними. Я предлагал своему ближайшему родичу апгрейд, но его это не заинтересовало. А чисто для себя мне это пока не нужно (в таком случае))

Если у вас в субукладе на ветке до вбоп 1500 лет к примеру, я даже в БАМе смысла не вижу, не то, что в Т2Т его перегонять)