Короче, там байда с выравниванием сиквенсов неандеров, геномов человека из HGDP, шимпанзе и орангутанга, на основании которых затем проводилось фазирование (реконструкция) предкового элайнмента. Там еще выкинули приличную долю субституций, которые они посчитали синонимическими, и ограничились только трансверсиями.