АвторТема: Помогите понять результаты  (Прочитано 3412 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AVBaz

  • Сообщений: 171
  • Страна: ru
  • Рейтинг +125/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y35 (YP582+, YP1079+)
Re: Помогите понять результаты
« Ответ #60 : 13 Январь 2024, 12:33:00 »
Коллеги, помогите понять написанное в научной статье :)
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.19.476915v1
В приложениях к статье приводятся результаты реконструкции ДНК исследуемых образцов в  виде смеси компонент(?)
В табл. Table S4a: Unsupervised ADMIXTURE results, samples are arranged according to genome similarity of individuals. (файл media-5.xlsx) образцы раскладываются по компонентам:
V1_Iran   V2_EU_N   V3_Anat_N   V4_WHG   V5_ANE   V6_Ngan   V7_Han
Но описания что такое V1_Iran, и т.д. я не вижу. Это какие-то стандартные обозначения, или понять "что это?" - можно только связвашись с авторами статьи?

В других таблицах
Table 5: Distal and proximodistal qpAdm results for Hun period individuals and Anapa samples from the Caucasus. (media-6.xlsx)
Table 6: Distal and proximodistal qpAdm results for Avar_Asia_Core and each member of the Avar-cline. (media-7.xlsx)
Table 7: Distal and proximodistal qpAdm results for Conq_Asia_Core, Mansis, and each member of the Conqueror-cline. (media-8.xlsx)
встречаются названия таких популяций(?) как Armenia_MBA.SG, Kazakhstan_Nomad_Hun_Sarmatian.SG, Pazyryk5_OWN и т.д.
Это какие-то реальные образцы или модельные реконструкции? Где о них можно узнать подробнее?
« Последнее редактирование: 13 Январь 2024, 12:58:29 от AVBaz »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8569
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4911/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Помогите понять результаты
« Ответ #61 : 13 Январь 2024, 13:11:22 »
Но описания что такое V1_Iran, и т.д. я не вижу. Это какие-то стандартные обозначения, или понять "что это?" - можно только связвашись с авторами статьи?
Не совсем стандартизированные, но примерно понятно, о каких компонентах речь. Отсортируйте табличку по столбику V1_Iran и увидите, у кого результаты пикуют (в данном случае, это компонент иранского неолита).

Цитировать
Это какие-то реальные образцы или модельные реконструкции? Где о них можно узнать подробнее?
Реальные образцы. Смотрите саму статью, там где-нибудь с высокой вероятностью есть краткое описание моделирования и интерпретация результата.


Это всё если вкратце. По вопросам видно, что надо бы полностью расписывать методологию, но это сложно и объёмно. Даже не знаю, куда лучше направить человека новичкового уровня для ликбеза ::) Может, кто другой посоветует.

Попробуйте полистать тему по древним венграм и прочим. Там сначала про другое, но дальше должно быть и по этой статье. И где-то должна быть ещё тема конкретно по нужной статье, но сходу не соображу, где она.
« Последнее редактирование: 13 Январь 2024, 13:27:00 от Srkz »

Оффлайн AVBaz

  • Сообщений: 171
  • Страна: ru
  • Рейтинг +125/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y35 (YP582+, YP1079+)
Re: Помогите понять результаты
« Ответ #62 : 13 Январь 2024, 15:24:13 »
Srkz, спасибо за комментарий!
Действительно при более внимательном изучении статьи я нашёл часть ответов на свои вопросы.
На стр.4 используются похожие аббревиатуры, и по всей видимости:
Iran - early Iranian farmer
EU_N   - early European farmer
Anat_N   - пояснения нет, но можно предположить, что это Анатолия (Малая Азия)?
WHG - Western Hunter-Gatherer
ANE  - Ancient North Eurasian
Ngan - Nganasan
Han - Han

Названия из табл. 5-7 (Armenia_MBA.SG, Kazakhstan_Nomad_Hun_Sarmatian.SG, Pazyryk5_OWN) встречаются в таблице S3a: Hierarchical Ward clustering of 2635 ancient genomes (including our 271 genomes) according to the pairwise weighed Euclidean distances of their first 50 PCA .
Например, присутствуют строки:

Может ли быть, что "Armenia_MBA.SG", используемое в таблице 5, - это некоторое осреднение этих 4 образцов? Могут ли буквы .SG означать осреднение?
В  pdf-файле "Supplementary Information" говорится, что образец Armenia_MBA взят из работы [38] Lazaridis, I. et al. Genomic insights into the origin of farming in the ancient Near East. Nature 536, (2016). Но это всего лишь один из 4 образцов, перечисленных на рис. выше. Остальные 3 использованы при сравнении образцов ДНК, или нет?

P.S. Темы по статье Whole genome analysis sheds light on the genetic origin of Huns, Avars and conquering Hungarians на Молгене с помощью поиска я не нашёл, есть лишь упоминания  в отдельных сообщениях.
« Последнее редактирование: 13 Январь 2024, 15:30:24 от AVBaz »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8569
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4911/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Помогите понять результаты
« Ответ #63 : 13 Январь 2024, 16:05:24 »
P.S. Темы по статье Whole genome analysis sheds light on the genetic origin of Huns, Avars and conquering Hungarians на Молгене с помощью поиска я не нашёл, есть лишь упоминания  в отдельных сообщениях.
Где-то её обсуждали, но возможно, оно раскидано по нескольким разным темам :-\ SG это техническая пометка для части геномов, преобразованных в гаплоидный вид, принципиального значения для понимания статьи оно тут не имеет.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.