Субклад мтднк с tmrca 350 ybp

[Sadad113]

Глянул W6a2

Начнем с того, что 16167 16192 16223 16292 16325 засветился в моей базе ГВС дважды:
один раз - в статье Гжибовского с Малярчуком (для этого образца есть полный MF177148), второй - в нашей с Андрюшей Пшеничновым статье по украинцам (в белгородской выборке - это украинцы из РФ). Значит, частота по вост славянам - 2/5100. Такая частота исключает предка 350 лет. Даже предок в 1000 лет тут маловероятен. Но это косвенная оценка, тк речь о базе ГВС.

Более того, у них не идентичные ГВС2. Поляк Гжибовского идентичен корню по ГВс1+2, а наш с Андреем украинец имеет транзицию в поз 198. Если это было бы его единственное отличие на полном сиквенсе, то возраст Ро всей клады уже 1700 лет.


Теперь по полным.

MF177148 (от Гжибовского) имеет приват - обратную мутацию на 195. Но елы-палы, это дефект. В базе ГВС тот же образец имеет 195. Мутация не засчитывается, идентичен корню гаплогруппы.

MH120467 (недавняя медицинская выборка другого польского коллектива авторов), имеет приват на C-тракте 310C. В подсчетах возраста я обычно не учитываю эту позицию, хотя это снип. Его роль в целом сходна с ролью 16189 - он может триггерировать дальнейшую абракадабру малого C-тракта.

Пока вижу два считай идентичных полных. Возраст такой клады сосчитать надежно нельзя. Если сложить с нашим украинским ГВС1+2, возраст Ро будет примерно 1200 лет, а сигма тут за 2000 лет. Это грубая прикидка, в отсутствии чего-то более умного. Возможно, YFull предлагает что-то более умное в оценках возраста, но в данном случае это что-то противоречит совокупности фактов. А тупое Ро - не противоречит. Можно происходить от славянистой дамы, жившей 1200 лет назад и разбежаться от Гданьска до Волгограда, но вот за 350 лет это существенно труднее.

То есть ревизия возраста YFull стандартными научными средствами дает совсем не то, что клиенты фирмы ожидают увидеть. FTDNA завлекала на покупку мито сказками про 500 лет до общего предка. YFull переняла инициативу, у них и 350 лет бывает, и даже это не предел 

Что с коммерческими образцами YF124484RUS, YF118282RUS и YF088755? какой у них приват?

Спасибо Вам большое за такое подробное объяснение, по данным образца YF124484RUS могу скопировать что у меня написано, скопирую все, так как не понимаю где там приват, я так понимаю это какие-то приватные мутации?

RSRS

HVR1:   A16129G, C16167T, T16187C, C16189T, C16192T, G16230A, T16278C, C16292T, C16311T, T16325C   
HVR2:   C146T, A189G, C194T, T204C, G207A, A247G, A302ACC, A302AC, T310TC, G513GCA, C522CAC   
CR:   G709A, A769G, A825T, A1018G, T1243C, A2758G, C2885T, A3505G, T3594C, A4093G, G4104A, A4164G, T4312C, G5046A, G5460A, G7146A, T7256C, A7521G, G8251A, T8468C, T8610C, T8614C, T8655C, G8701A, G8994A, C9540T, G10398A, T10664C, A10688G, C10810T, C10873T, C10915T, C11674T, A11914G, A11947G, T12414C, G13105A, G13276A, T13506C, T13650C, G15884C

rCRS

HVR1:   16167T, 16179, 16192T, 16223T, 16292T, 16325C, 16519C   
HVR2:   73G, 152C, 189G, 194T, 195C, 204C, 207A, 263G, 302AC, 302ACC, 310TC, 513GCA, 522CAC, 523, 523, 523N, 524N   
CR:   709A, 750G, 1243C, 1438G, 2706G, 3505G, 4093G, 4164G, 4769G, 5046A, 5460A, 7028T, 8251A, 8610C, 8614C, 8860G, 8994A, 11674T, 11719A, 11947G, 12414C, 12705T, 14766T, 15326G, 15884C

Совпадения:   C146T!!, T182C!, A189G, T195C!, T204C, G207A, A247G, G709A, A769G, A825T, A1018G, T1243C, A2758G, C2885T, A3505G, T3594C, A4093G, G4104A, A4164G, T4312C, G5046A, G5460A, G7146A, T7256C, A7521G, G8251A, T8468C, T8610C, T8614C, T8655C, G8701A, G8994A, C9540T, G10398A, T10664C, A10688G, C10810T, C10873T, C10915T, C11674T, A11914G, A11947G, T12414C, G13105A, G13276A, T13506C, T13650C, A15301G!, G15884C, A16129G, C16167T, T16187C, C16189T, C16192T, G16230A, T16278C, C16292T, C16311T!!, T16325C   
Несоответствия:   C152T!!, AC302A!   
Дополнительно:   A302ACC, A302AC!!   
На MTree:   L1'2'3'4'5'6'7 ► C146T C182T A189G C195T C522CAC T4312C T10664C C10915T A11914G G13276A G16230A ► L2'3'4'5'6'7 ► C152T A2758G C2885T G7146A T8468C ► L2'3'4'6 ► T146C! T152C! G189A! C195T A247G T310TC A825T T8655C A10688G C10810T G13105A T13506C G15301A A16129G T16187C C16189T C16311T ► L3'4'6 ► G709A G4104A A7521G ► L3'4 ► C146T!! C152T!! T182C! T195C! T3594C G5460A T7256C T13650C T16278C ► L3 ► A769G A1018G C16311T ► N ► A5460G! G8701A C9540T G10398A C10873T A15301G! ► N2 ► A189G A302AC G709A G5046A C11674T T12414C ► W ► T195C! T204C G207A T1243C A3505G G5460A G8251A G8994A A11947G G15884C C16292T ► W-b ► AC302A! TC310T! C16192T T16311C! T16325C ► W6 ► A4093G T8614C C16192T ► W6a ► T310TC!! T8610C C16311T!! ► W6a2 ► C194T T310C G513GCA A4164G ► W6a2a ► C16167T   
Не на MTree:   T152C!!!, A302ACC, A302AC!!


Не знаю то ли это, что нужно.

[Valery]

да, именно это и нужно

приват - все мутации от корня гг
на yfull нет полных списков отличия от rCRS в общем доступе, они говорят есть в клиентском интерфейсе.

те, у кого нет доступа, могут найти ближайший вариант в моей базе 2013 года (это последняя версия моего дерева, индекс гг тут)

Например, эта гг у меня называется N2W6a, в современной номенклатуре она же зовется W6a2 (соответствие можно установить по идентичности списка differences у меня с тем, какие определяющие гг переходы указывает yfull. Ясно что у них больше сиквенсов, много новых уровней, но всегда можно подобрать близкий).

берем строчку sequence моей базы (NB! там транзиции без буквы нуклеотида, буква есть только для трансверсий и инсерций)
пишем под ней список отличий от rCRS сабжевого сиквенса и сравниваем в текстовом редакторе с отключенными переносами


 

Код: [Выделить]


73       189  194  195  204  207  263                                                     709  750  1243  1438  2706  3505  4093  4164  4769  5046  5460  7028  8251  8610  8614  8860  8994  11674  11719  11947  12414  12705  14766  15326  15884C              16192  16223  16292  16325


73G 152C 189G 194T 195C 204C 207A 263G 302AC 302ACC 310TC 513GCA 522CAC 523 523 523N 524N 709A 750G 1243C 1438G 2706G 3505G 4093G 4164G 4769G 5046A 5460A 7028T 8251A 8610C 8614C 8860G 8994A 11674T 11719A 11947G 12414C 12705T 14766T 15326G 15884C 16167T 16179 16192T 16223T 16292T 16325C 16519C


Игнорируем C- и AC-тракты, а также 16519. Скорость мутирования не калибрована для мутаций данных типов. Еще надо учесть, что поз 152 у меня на сайте игнорируется, но ее надо учитывать, поэтому смотрите по yfull есть ли она у корневого сиквенса (у W6a2a нет, проверил по двум вышеупомянутым полным). Игнорируем позиции, которые определяют терминальную гг, которой нет на моем дереве (у нас это поз 16167).

Получаем
16167 (это W6a2a, не считаем, не приват, тк относится к корню гг, которой нет в моей базе)
16179 без буквы - что это? пока игнорирую, жду разъяснений, по ходу случайность?
152C - мутация, это самый легковесный снип мт. То есть единственный ваш приватный снип.

Итак, имеем 4 сиквенса: 2 полных идентичны корню, 1 полный (ваш) имеет мутацию в поз 152, и еще 1 неполный (украинец Пшеничнова) имеет по кр мере мутацию в поз 198.

Считаем Ро: ( (1 мутация) * (N= 1) + (1 мутация) * (N= 1) ) / (общее N = 4) = 1/2 Ро. Ро полной мт это 3500 лет. Значит, Ро возраст клады = 0.5 = примерно 1700 лет. Дисперсию для Пуассона считать дольше нормальной, возьмите просто стд отклонение для выборки 0, 0, 1700, 1700, на глаз вижу порядка 1000 лет.

Не вижу пока оснований занижать возраст по отношению к тому что выдает тупое Ро. Это совсем не 350 лет, а вполне себе время первых славянских миграций. Не только до Волгограда можно доехать, но и до Владивостока.

[Sadad113]

да, именно это и нужно

приват - все мутации от корня гг
на yfull нет полных списков отличия от rCRS в общем доступе, они говорят есть в клиентском интерфейсе.

те, у кого нет доступа, могут найти ближайший вариант в моей базе 2013 года (это последняя версия моего дерева, индекс гг тут)

Например, эта гг у меня называется N2W6a, в современной номенклатуре она же зовется W6a2 (соответствие можно установить по идентичности списка differences у меня с тем, какие определяющие гг переходы указывает yfull. Ясно что у них больше сиквенсов, много новых уровней, но всегда можно подобрать близкий).

берем строчку sequence моей базы (NB! там транзиции без буквы нуклеотида, буква есть только для трансверсий и инсерций)
пишем под ней список отличий от rCRS сабжевого сиквенса и сравниваем в текстовом редакторе с отключенными переносами


 

Код: [Выделить]


73       189  194  195  204  207  263                                                     709  750  1243  1438  2706  3505  4093  4164  4769  5046  5460  7028  8251  8610  8614  8860  8994  11674  11719  11947  12414  12705  14766  15326  15884C              16192  16223  16292  16325


73G 152C 189G 194T 195C 204C 207A 263G 302AC 302ACC 310TC 513GCA 522CAC 523 523 523N 524N 709A 750G 1243C 1438G 2706G 3505G 4093G 4164G 4769G 5046A 5460A 7028T 8251A 8610C 8614C 8860G 8994A 11674T 11719A 11947G 12414C 12705T 14766T 15326G 15884C 16167T 16179 16192T 16223T 16292T 16325C 16519C


Игнорируем C- и AC-тракты, а также 16519. Скорость мутирования не калибрована для мутаций данных типов. Еще надо учесть, что поз 152 у меня на сайте игнорируется, но ее надо учитывать, поэтому смотрите по yfull есть ли она у корневого сиквенса (у W6a2a нет, проверил по двум вышеупомянутым полным). Игнорируем позиции, которые определяют терминальную гг, которой нет на моем дереве (у нас это поз 16167).

Получаем
16167 (это W6a2a, не считаем, не приват, тк относится к корню гг, которой нет в моей базе)
16179 без буквы - что это? пока игнорирую, жду разъяснений, по ходу случайность?
152C - мутация, это самый легковесный снип мт. То есть единственный ваш приватный снип.

Итак, имеем 4 сиквенса: 2 полных идентичны корню, 1 полный (ваш) имеет мутацию в поз 152, и еще 1 неполный (украинец Пшеничнова) имеет по кр мере мутацию в поз 198.

Считаем Ро: ( (1 мутация) * (N= 1) + (1 мутация) * (N= 1) ) / (общее N = 4) = 1/2 Ро. Ро полной мт это 3500 лет. Значит, Ро возраст клады = 0.5 = примерно 1700 лет. Дисперсию для Пуассона считать дольше нормальной, возьмите просто стд отклонение для выборки 0, 0, 1700, 1700, на глаз вижу порядка 1000 лет.

Не вижу пока оснований занижать возраст по отношению к тому что выдает тупое Ро. Это совсем не 350 лет, а вполне себе время первых славянских миграций. Не только до Волгограда можно доехать, но и до Владивостока.

Спасибо большое! Если честно без подготовки не имея базового представления о том как протекают мутации разбираться сложно, ну примерно я понял, что Вы имеете ввиду, единственное что непонятно почему в игрек фулл используют другую систему подсчёта. По поводу того значения у меня, там действительно не стоит никаких букв, только вот эти цифры и все, более ничего.