BigY или WGS?

[Dimitri]

Если покупка bam  очевидно оправдана, то перевод в t2t сильно зашумливает результат. При существенном росте общего количества приватных снипов имеем небольшой рост с хорошим качеством.

Возможно, но в моём случае это сработало.
Вот статистика по росту числа приватных снипов (в скобках - с наилучшим качеством) в результате апгрейда до T2T для трёх образцов Big Y 700:

Было	Стало
21 (17)	75 (33)
12 (5)	56 (16)
15 (12)	42 (20)

В первом случае возможно вместо апгрейда будет разумнее сразу делать WGS t2t с чистыми результатами по снипам

Для одного образца - возможно. Но если у вас несколько образцов, и все они уже находятся в FTDNA, то собирать их заново и пересылать куда-то ещё в нынешних условиях нереально.

[Dimitri]

Господа, учёные. А есть какая-нибудь статистика (вот прям с такими красивыми табличками, как здесь постят)  в процентном соотношении: сколько людей, сдавших полногеном, вообще никуда свой результат не загрузили, не справившись с процедурой? Сколько загрузило на Yfull, но ничего интересного/понятного для себя не увидело,  не оплатило,  и было заблокировано? Сколько людей прошло все ступени и через полгода-год забило на все эти игрушки и ушло в молчанку?
Я так, для общего развития. Опыт у меня маловат, прошу особо в панамку не пихать.

Могу по своему субкладу N-B211 (N-Y9022) статистикой поделиться:

• в дереве FTDNA 80 бигов + 7 научных образцов
• в дереве YFull представлено 53 бига (66%) + 7 NGS-образцов из других лабораторий + 2 научных (отличных от тех, что представлены в FTDNA)

По заблокированным информации нет, но по памяти их было немного.
В молчанку со временем уходят почти все, но нужно создавать сообщества, чтобы этого не происходило (у нас, например, есть группа в Telegram).

[B827656]

Господа, учёные. А есть какая-нибудь статистика (вот прям с такими красивыми табличками, как здесь постят)  в процентном соотношении: сколько людей, сдавших полногеном, вообще никуда свой результат не загрузили, не справившись с процедурой? Сколько загрузило на Yfull, но ничего интересного/понятного для себя не увидело,  не оплатило,  и было заблокировано? Сколько людей прошло все ступени и через полгода-год забило на все эти игрушки и ушло в молчанку?
Я так, для общего развития. Опыт у меня маловат, прошу особо в панамку не пихать.

Могу по своему субкладу N-B211 (N-Y9022) статистикой поделиться:

• в дереве FTDNA 80 бигов + 7 научных образцов
• в дереве YFull представлено 53 бига (66%) + 7 NGS-образцов из других лабораторий + 2 научных (отличных от тех, что представлены в FTDNA)

По заблокированным информации нет, но по памяти их было немного.
В молчанку со временем уходят почти все, но нужно создавать сообщества, чтобы этого не происходило (у нас, например, есть группа в Telegram).

У меня в ветке на ФТДНА 10 тестеров и 9 из них это научные образцы
Живой () китаец есть только на 23 мофан, YFull и TheyTree и то на TheyTree его походу ( как и на YFull) закинули сами из любопытства с 23 мофан, потому что стоит как "заявить образец"
Так что ФТДНА точно не самый информативный ресурс

[Mc-simov]

Господа, учёные. А есть какая-нибудь статистика (вот прям с такими красивыми табличками, как здесь постят)  в процентном соотношении: сколько людей, сдавших полногеном, вообще никуда свой результат не загрузили, не справившись с процедурой? Сколько загрузило на Yfull, но ничего интересного/понятного для себя не увидело,  не оплатило,  и было заблокировано? Сколько людей прошло все ступени и через полгода-год забило на все эти игрушки и ушло в молчанку?
Я так, для общего развития. Опыт у меня маловат, прошу особо в панамку не пихать.

У меня в ветке на ФТДНА 10 тестеров и 9 из них это научные образцы
Живой () китаец есть только на 23 мофан, YFull и TheyTree и то на TheyTree его походу ( как и на YFull) закинули сами из любопытства с 23 мофан, потому что стоит как "заявить образец"
Так что ФТДНА точно не самый информативный ресурс

Вопрос заключался совершенно в другом, но, спасибо, что поделились))

[Georg]

В группе fb по глубоким Y 99% просто не знают о wgs.
А те, кто делал wgs (в том числе для медицины) , не знают и не будут грузить в yfull theytree....
Вот такой perdu monocle wgs получается

Надежда только на спецслужбы, которые все wgs распечатывают и в папочку складывают , определяя снипы для розыска

[Sergey_L]

Господа, учёные. А есть какая-нибудь статистика (вот прям с такими красивыми табличками, как здесь постят)  в процентном соотношении: сколько людей, сдавших полногеном, вообще никуда свой результат не загрузили, не справившись с процедурой? Сколько загрузило на Yfull, но ничего интересного/понятного для себя не увидело,  не оплатило,  и было заблокировано? Сколько людей прошло все ступени и через полгода-год забило на все эти игрушки и ушло в молчанку?
Я так, для общего развития. Опыт у меня маловат, прошу особо в панамку не пихать.

Могу по своему субкладу N-B211 (N-Y9022) статистикой поделиться:

• в дереве FTDNA 80 бигов + 7 научных образцов
• в дереве YFull представлено 53 бига (66%) + 7 NGS-образцов из других лабораторий + 2 научных (отличных от тех, что представлены в FTDNA)

По заблокированным информации нет, но по памяти их было немного.
В молчанку со временем уходят почти все, но нужно создавать сообщества, чтобы этого не происходило (у нас, например, есть группа в Telegram).

У меня в ветке на ФТДНА 10 тестеров и 9 из них это научные образцы
Живой () китаец есть только на 23 мофан, YFull и TheyTree и то на TheyTree его походу ( как и на YFull) закинули сами из любопытства с 23 мофан, потому что стоит как "заявить образец"
Так что ФТДНА точно не самый информативный ресурс

Скажите, пожалуйста, в чем заключается меньшая информативность FTDNA и у кого она больше?

[gecube_ru]

Говоря объективно, кардинально новых данных для моей глухарской ветви вот это всё особо не прибавило.

тогда реально непонятно, почему ты топишь за фтдна - и там глухарь, и там глухарь, и шансы кого-то выцепить в районе нуля.

[gecube_ru]

Строго говоря, рядовой европейский диванный тестирующийся может ограничиться тестом BigY, и вообще не заморачиваться со всякими vcf/bam/T2T/Yfull/TheYtree - во многих случаях исчёрпывающая информация будет в самом DT. Не говоря уже об обычной братве, которой и Family Finder хватает выше крыше.

с этого я тоже взыграл. Я объяснял, почему фтдна для европейца не выгоден, зато выгоден (по деньгам ТОЛЬКО ЛИШЬ ЕСЛИ СМОТРЕТЬ) условный теллмеген или yseq. А вместо FF европейцы делают MH. Во всем виновата цена и маркетинг (агрессивный)

[Sergey_L]

Говоря объективно, кардинально новых данных для моей глухарской ветви вот это всё особо не прибавило.

тогда реально непонятно, почему ты топишь за фтдна - и там глухарь, и там глухарь, и шансы кого-то выцепить в районе нуля.

Разве рост Y-хромосомного древа зависит от цены теста или от того, что компания утаит несколько снипов? Вроде бы на рост какой либо ветви Y древа влияют массовость тестируемых, войны, стихии, отсутствие мужского потомства.

[Mikl1984]

Могу по своему субкладу N-B211 (N-Y9022) статистикой поделиться:

• в дереве FTDNA 80 бигов + 7 научных образцов
• в дереве YFull представлено 53 бига (66%) + 7 NGS-образцов из других лабораторий + 2 научных (отличных от тех, что представлены в FTDNA)

у меня группа более продвинутая, больше половины WGS
https://www.yfull.com/tree/R-PF6577/

[gecube_ru]

Mikl1984
а как еще? На YFull же перекошенная выборка - скажут злопыхатели. И будут отчасти правы.

[Dimitri]

у меня группа более продвинутая, больше половины WGS
https://www.yfull.com/tree/R-PF6577/

Думаю, тут дело не в "продвинутости", а в российской специфике - ваш субклад в основном зарубежный, мой - почти полностью российский. В моём субкладе много татар, удмуртов, эрзя, русских Урала и Сибири, и других специфических этногрупп, большинство образцов в которых собрано энтузиастами в рамках соответствующих проектов, которые конечно удобнее и дешевле вести в FTDNA, чем где бы то ещё.

[Dipi]

Здравствуйте. Вот моя статистика из YFull. ПГ от Атласа, fastq выравнивал сам в программе Wgse по T2T chm13 2.0.

Размер файла .BAM (ChrY):   0,52 GbT2T   
Ридов (всего):   5722391   
Read length:   150 bp   
Маппированных ридов:   5722391(100,00%)   
Немаппированных ридов:   0   
Длина покрытия:   60690065 bp(97,17%)   
Мин. глубина покрытия:   1X   
Макс. глубина покрытия:   207X   
Средняя глубина покрытия:   13,81X   
Усредн. глубина покрытия:   13X   
Длина покр. для возраста*:   8368164 bp   
Непрочитанные:   1769964 bp

SNPs (все):   471862   
Положительные:   3500 (0,74%)   
Отрицательные:   15963 (3,38%)   
Неоднозначные:   66 (0,01%)   
Непрочитанные:   226 (0,05%)

STRs (все):   780   
Надежные аллели:   524 (67,18%)   
Неоднозначные аллели:   103 (13,21%)   
N/A:   153 (19,62%)

Приватные SNPs (все):   57   
Наилучшее кач.:   36 (63,16%) [30 (52,63%) - наилучшее; 6 (10,53%) - приемлемое]   
INDELs:   0   
Неоднозначное кач.:   5 (8,77%)   
Одно прочтение!:   8 (14,04%)   
Плохое кач.:   8 (14,04%)

[gecube_ru]

13х это совсем слабо - это на уровне ХУДШЕГО из результатов у меня на руках (из DNA Complete)

[Mikl1984]

13х это совсем слабо - это на уровне ХУДШЕГО из результатов у меня на руках (из DNA Complete)

смотреть надо не только на глубину
У вас, например, все плохо с покрытием