АвторТема: Древа Y12 для T-L131  (Прочитано 4529 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16987
  • Страна: az
  • Рейтинг +5830/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #30 : 03 Октябрь 2023, 06:12:52 »
Нельзя не усилить карму человеку за столь самоотверженный (и, увы, практически бесполезный) труд.
Цитировать
углубить свои познания в филогенетике рекомендую начать с книги Лукашова В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ
Коллега, Вам лучше ознакомиться с работами Дмитрия Адамова. Не хотелось бы расстраивать, но попытки Y-STR сегрегации на основе Y12 ещё сработают на уровне макрогаплогрупп. Это я не говорю уже о таком явлении как гомоплазия аллелей, делециях и прочей мути. Это не генетическая генеалогия, когда в кучу смешиваются все подряд и баня уже не отличима от милиции (и там, и там парят, верно?) :)

Если бы всё было бы так радужно, то по идее на Y37 всё было бы предельно ясно.

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #31 : 03 Октябрь 2023, 12:14:46 »
...
в Мурке вообще-то есть и вывод в текстовое дерево - классичнее не бывает ))

Это точно! Всё начиналось просто: "Авраам родил Исаака; Исаак родил Иакова; Иаков..."
Теперь сводим всё к Y-хромосоме и пытаемся найти чёрную кошку в тёмной комнате, где её зачастую нет при помощи всяких шаманских фичей ;D
Пользуясь случаем, хочу спросить- эта мысль ещё в силе?
Valery:"Вообще старые версии Мурки мало ориентировались на классическую филогенетику, то больше штейнеровский солвер..."
Или уже есть чудо-версия?

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #32 : 03 Октябрь 2023, 12:44:28 »
...
 Вам лучше ознакомиться с работами Дмитрия Адамова...

Коллега забыл сюда добавить В.Урасина, С.Каржавина, А.Клёсова, И.Рожанского и неопубликованный бестселлер "Тайные приключения Незнайки на Молгене"  ;D
Перефразируя Владимира Ильича можно сказать: Комун Молекулярным генеалогом стать можно лишь тогда, когда обогатишь свою память знанием всех тех богатств, которые выработало человечество.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #33 : 03 Октябрь 2023, 15:06:07 »
Valery:"Вообще старые версии Мурки мало ориентировались на классическую филогенетику, то больше штейнеровский солвер..."
Или уже есть чудо-версия?

эта внутренняя кухня иррелевантна типу отрисовки (круговая диаграмма - никак не классика)))

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #34 : 03 Октябрь 2023, 15:17:46 »
Для тех, кто хочет углубить свои познания в филогенетике рекомендую начать с книги Лукашова В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ. М.: Бином. Лаборатория знаний. 2009

Для биолога вполне годная книжка (есть еще несколько вариантов вводного курса, например книжки Хаазе, Фелзенштейна, еще пары-тройки авторов). По крайней мере там изложено последовательно.

Для математика остается пока только один вариант, уже устревший, но замены пока нет. Это Semple and Steel. Phylogenetics. 2003. Без вариантов.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #35 : 03 Октябрь 2023, 15:23:46 »
Хотя Хаазе наверное кроме первой главы тоже рассчитана на читателя-математика (но она не системна, в отличие от Семпла и Стила).

Для биолога вот еще:

The Phylogenetic Handbook
A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing
Second Edition
Edited by Philippe Lemey


с практическим гайдом по лайклихуду

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #36 : 03 Октябрь 2023, 15:27:37 »
В выборку добавлен гаплотип  Y-12 #2616  из статьи Кляшторная и др. "Фёдор Говердовский".

попробуйте найти консенсусное дерево на 12 локусах
тогда сказанное Фаррухом проявится более явно

У Лукашова обсуждается связь гомоплазии со средним расстоянием между деревьями?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16987
  • Страна: az
  • Рейтинг +5830/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #37 : 03 Октябрь 2023, 16:25:58 »
Все подобные модели подразумевают синхронность STR/SNP мутаций. Грубо говоря, гаплотипы разных субкладов не могут быть абсолютно идентичными (что на Y12 встречается сплошь и рядом) и каждый снип имеет свои characteristical DYS values.

 Лет 15 назад я сам клал на это всё, ваял эвересты древ Y12 и убедился в истинности фразы "garbage in - garbage out"

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #38 : 03 Октябрь 2023, 18:55:56 »
Valery:"Вообще старые версии Мурки мало ориентировались на классическую филогенетику, то больше штейнеровский солвер..."
Или уже есть чудо-версия?

эта внутренняя кухня иррелевантна типу отрисовки (круговая диаграмма - никак не классика)))

Всё-таки вопрос остаётся. Я освоил взлет и посадку на версии Мурка 1.4.1. Мне начать бочки крутить или поискать другую версию?

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #39 : 03 Октябрь 2023, 18:57:02 »
...
Для математика остается пока только один вариант, уже устревший, но замены пока нет. Это Semple and Steel. Phylogenetics. 2003. Без вариантов.
Спасибо! Поищу кладезь знаний.

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #40 : 03 Октябрь 2023, 19:24:35 »
По поводу Y-12.
Такое ощущение, что я присутствую на водевиле где старый -престарый Казанова вот уже битый час объясняет молоденькой пейзанке, что мягкое лучше твёрдого. ;)
Честное слово! Мне не понятно, что непонятного в моём ответе? ???
https://forum.molgen.org/index.php/topic,6342.msg578598.html#msg578598
Гаплогруппа Т в тестах выглядит как статистический казус и нам грех отказываться от тех, кто дальше Y-12 не пошёл. Хотя по ночам мучаюсь от того, что левой ногой задвинул под стол всю информацию меньше Y-12. :'(
Чатлане!!! Я вас не агитирую делать харакири. Будут в коллекции гаплогруппы Т одни Y-111 и мы забудем про более короткие гаплотипы. В привате с одногаплогруппниками пообщался - вроде все поняли о чём идёт речь.

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #41 : 03 Октябрь 2023, 21:35:49 »
Все подобные модели подразумевают синхронность STR/SNP мутаций. Грубо говоря, гаплотипы разных субкладов не могут быть абсолютно идентичными (что на Y12 встречается сплошь и рядом) и каждый снип имеет свои characteristical DYS values.

 Лет 15 назад я сам клал на это всё, ваял эвересты древ Y12 и убедился в истинности фразы "garbage in - garbage out"

Про эвересты это смешно сказано. ;D 15 лет назад гаплотипов Т едва набиралось 5 сотен, а протяженных - и того меньше. Да и по остальным гаплогруппам не густо было. Тестирование снипов - редкость.

Синхронность STR/SNP мутаций - выдуманное ограничение. Одинаковые STR расходятся по разным кладам. Другой вопрос, что протяженные гаплотипы быстро мутируют и распознать их монофилетическую природу в разных гаплогруппах затруднительно.
По Лукашеву тезисно :
1."Методы построения филогенетических деревьев делятся на две группы - дистанционные методы (distance methods, называемые также матричными) и методы анализа дискретных признаков (discrete characters)".
2."В отличие от дистанционных методов филогенетического анализа, базирующихся на анализе эволюционных дистанций между последовательностями, методы анализа дискретных признаков рассматривают различия между последовательностями в конкретных позициях".
3."После построения филогенетического дерева с помощью любого метода возникает вопрос: насколько достоверна топология построенного дерева? Ряд филогенетических методов, включая методы минимума эволюции, максимальной экономии и максимального правдоподобия, позволяют получать несколько альтернативных деревьев. В таких случаях вобранную наилучшую (согласно использованному математическому аппарату) топологию можно сравнить с другими лучшими топологиями (второй лучшей, третьей лучшей и т. д.). Если между этими несколькими лучшими топологиями нет статистически достоверных различий, то все они равновероятны"
4. "Любой математический алгоритм, любая компьютерная программа, используемая при анализе генетической информации, проанализирует заложенные исследователем данные, используя выбранные исследователем параметры, — и выдаст результаты анализа. Вопрос о том, насколько заложенные в программу данные и выбранные при анализе параметры правильны, соответственно — насколько результаты анализа отражают истинные эволюционные события, — является вопросом, на который должен ответить сам исследователь. Среди прочих методов — и с помощью компьютерных программ".






Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #42 : 04 Октябрь 2023, 05:28:56 »
3."После построения филогенетического дерева с помощью любого метода возникает вопрос: насколько достоверна топология построенного дерева? Ряд филогенетических методов, включая методы минимума эволюции, максимальной экономии и максимального правдоподобия, позволяют получать несколько альтернативных деревьев. В таких случаях вобранную наилучшую (согласно использованному математическому аппарату) топологию можно сравнить с другими лучшими топологиями (второй лучшей, третьей лучшей и т. д.). Если между этими несколькими лучшими топологиями нет статистически достоверных различий, то все они равновероятны"

так примените полученные знания на практике
возьмите файлипку, заставьте ее сгенерить все парсимонные деревья на 10 таксонах (больше не потянет) и посчитайте консенсус

либо запустите бутстрэп и сделайте консенсус по нему

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #43 : 04 Октябрь 2023, 05:30:37 »
Всё-таки вопрос остаётся. Я освоил взлет и посадку на версии Мурка 1.4.1. Мне начать бочки крутить или поискать другую версию?

можете кое-что и на этой версии сделать
она умеет строить консенсус некоторого числа субоптимальных деревьев

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16987
  • Страна: az
  • Рейтинг +5830/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #44 : 04 Октябрь 2023, 07:48:14 »
Цитировать
 я присутствую на водевиле где старый -престарый Казанова вот уже битый час объясняет молоденькой пейзанке, что мягкое лучше твёрдого. 
Будем считать это неудачной попыткой дружески пошутить ;)

Дружище, надеюсь, нет необходимости убеждать, что много-много коротких  всегда хуже, чем пяток длинных. Да-да, размер имеет значение.

P.S. Просьба к модераторам. Сообщения в этой теме, начиная с этого, выделить в отдельную тему "Древа Y12 для T-L131" и перенести её в раздел "Филогения и кладистика"

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.