АвторТема: Древа Y12 для T-L131  (Прочитано 4528 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Древа Y12 для T-L131
« : 17 Сентябрь 2023, 22:02:06 »
Суббклад Y-21215 на сегодня «официально» состоит из четырёх тестов. Но я вспомнил, что на него претендуют три теста из проекта «Ochkas». Шансы у них большие и я решил сделать предварительную расстановку внутри субклада по STR гаплотипу Y-37. Как всегда вылетел сардинец и, к сожалению, Y-12 из приазовских претедентов. Таким образом, в анализе приняли участие признанные Irq, Тат, Lip и претеденты Azr (Рыбинское) и Aza (Апостольское-Свободное).
Условный общий предок жил по моим расчётам 2900±500 лет назад, что идеально совпадает с датой Yfull по SNP. Предиктор относит его к субкладу T L131 > CTS933 possibly Y21204.
Топология суббклада Y-21215 по 37 STR выглядит так:
https://photos.app.goo.gl/yYEM4bj6tkzX7vbU6
Напрашиваются  выводы:
1. Среди восточноевропейских гаплотипов «базальность» явно за приазовцами.
2. Иракский гаплотип – это параллельная генетическая STR линия
3. По количеству гаплотипов приоритет «прародины» Y-21215  за Восточной Европой. Вместе с тем надо отдавать отчёт, что 5 гаплотипов – это не статистика, а «кофейная гуща».
Но это только «первая часть мерлезонского балета». Вторая часть даст еще более интересные результаты. Но потребует больше времени на подготовку. А пока ждём «приговор» приазовцам.  Может сюжет ещё круче
 :o.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16987
  • Страна: az
  • Рейтинг +5829/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #1 : 17 Сентябрь 2023, 23:56:17 »
При построении расчёсочных древ рекомендую для стабилизации древа добавлять в выборку девиантный (инородный) гаплотип (кого-нибудь с гаплогруппой A, B, D  или E).

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #2 : 18 Сентябрь 2023, 13:27:09 »
Согласен! Но в этих примерах - лишнее. Роль проверочного у меня выполняет modal, задача которого показать степень рассогласования симметрии древа. Из-за скудности даных я вижу пока несовершенные формы.
Мы видим нарушение симметрии между азиатским и восточноевропейскими гаплотипами.
« Последнее редактирование: 18 Сентябрь 2023, 19:18:57 от Bublikoff »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16987
  • Страна: az
  • Рейтинг +5829/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #3 : 18 Сентябрь 2023, 13:41:23 »
Немного о модале. Это "среднеарифметический" гаплотип, условно отождествляемый с минимально удалённым  (ближайшим общим, если угодно) предком. Этот самый предок с таким сочетанием аллелей мог никогда не существовать.

Для расчётов рекомендую использовать Murka

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #4 : 18 Сентябрь 2023, 17:02:20 »
Спасибо за совет! Если найду Murka, то обязательно посмотрю, что это за зверь.
Модальный и среднеарифметический гаплотип всё-таки разные вещи, хотя часто в нашем случае результаты близкие.
То, что они всего лишь математические модели, а не живые (или мёртвые) люди - это аксиома.Совпадения могут быть, а могут и не быть.Использование моделей тоже может быть разное. О своём подходе я написал.
Как мне кажется, большинству участников  "камерного окесТра"   :) такие детали не интересны.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16987
  • Страна: az
  • Рейтинг +5829/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #5 : 18 Сентябрь 2023, 18:15:34 »
Цитировать
Если найду Murka
https://forum.molgen.org/index.php/topic,2880.0.html

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #6 : 18 Сентябрь 2023, 18:35:59 »
Спасибо за наводку!
Интересная игрушка, но функционал ограничен. Вот дерево от Мурки с 5 гаплотипами Y-21215:
https://photos.app.goo.gl/EGdUKRRnb6b7A49i8

В топологии принципиально ничего нового. В расчеты надо вникать. А в целом - кто к чему привык.


Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16987
  • Страна: az
  • Рейтинг +5829/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #7 : 19 Сентябрь 2023, 06:45:15 »
Это древо (без сардинца) только лишний раз подтверждает догадку о 3000-ном войске халифа Аль-Муктадира из Багдада при дворе Ильтебера. :)

Видимо, это были воины-однородцы из одного племени.

Примерно такая же ситуация с русскими, татарскими и арабскими гаплотипами Е-М84.
« Последнее редактирование: 19 Сентябрь 2023, 07:40:52 от Farroukh »

Оффлайн Daniil

  • Сообщений: 52
  • Страна: ru
  • Рейтинг +45/-0
  • Yfull: YF097436 GEDmatch: NL2024446
  • Y-ДНК: T-FTB28475
  • мтДНК: X2e2a3b2
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #8 : 19 Сентябрь 2023, 11:05:46 »
Это древо (без сардинца) только лишний раз подтверждает догадку о 3000-ном войске халифа Аль-Муктадира из Багдада при дворе Ильтебера. :)

Видимо, это были воины-однородцы из одного племени.

Примерно такая же ситуация с русскими, татарскими и арабскими гаплотипами Е-М84.
А как тогда объяснить найденные древние Греческие образцы из отцовской ветви S27463?
И то, что Фтдна на Discovery Tree рисует прародину Балканы? И тоже самое показывает hras. yseq. net.
https://radikal.host/i/FOwZA4
https://radikal.host/i/FOSrvU
И если посмотреть разнообразие представителей S27463 на Фтдна, там явный перевес в сторону Европы.
Возможно, ветвь S27463 связана с "Народами моря".
https://ru.m.wikipedia.org/wiki/%D0%9D%D0%B0%D1%80%D0%BE%D0%B4%D1%8B_%D0%BC%D0%BE%D1%80%D1%8F
« Последнее редактирование: 19 Сентябрь 2023, 12:32:44 от Daniil »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16987
  • Страна: az
  • Рейтинг +5829/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #9 : 19 Сентябрь 2023, 11:29:29 »
Склоняюсь к прародине S27463 в Угарите или Эбле.

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #10 : 20 Сентябрь 2023, 00:51:28 »
Сегодня начну вторую часть мерлезонского балета  :).
Предлагаю посмотреть как официальные и неофициальные гаплотипы c ветки Y-21215 размещаются на дереве гаплотипов субклада L-131. На скорую руку мне удалось собрать 681 гаплотип формата Y-12. Одни из них протестированы на SNP, другие пропущены через NEVGEN. Ошибки могут быть, но не очень много.
Изображение дерева здесь:
https://photos.app.goo.gl/7Q7hZvkXcNFXYC7J8
Дерево не укоренённое, построено методом UPGMA. Хорошо видно, что за 16000 лет существования субклада идеальная форма древа (круг) разрушена историческим процессом - одни генеалогические линии были терминированы, другие не обнаружены. На всякий случай к дереву приделал модальный гаплотип. Можно было пришпандорить гаплотип шимпанзе, но думаю это лишнее. Так как на рисунке ничего не понятно (мелко), то в следующий раз этот дремучий лес будет немного перекомпанован. Пока есть время, принимаю заявки ;D на подсвечивание ваших гаплотипов (только L131) в качестве наблюдателей на ветвях этого дерева.
Кстати, пытался использовать Мурку, но софт yMurMur похоже не работает с гаплотипами Y12.  :'(
Пока всё.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16987
  • Страна: az
  • Рейтинг +5829/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #11 : 20 Сентябрь 2023, 05:43:58 »
Обе софтины работают с Y12...111.

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #12 : 20 Сентябрь 2023, 12:58:15 »
Обе софтины работают с Y12...111.

Странно! На файл с Y12 yMurMur не реагирует. На Y37 отвечает быстро. :-\

Оффлайн BublikoffАвтор темы

  • Сообщений: 94
  • Рейтинг +31/-1
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #13 : 20 Сентябрь 2023, 16:52:29 »
Похоже Мурка критична к кодировке некоторых знаков. Если брать гаплотипы с БД FTDNA, то проблем нет.
Древо Y21215 из пяти гаплотипов Y-12:
https://photos.app.goo.gl/28m9QkWdRSgF1Huw7
Подтверждает "базальность" приазовских гаплотипов Ochkas.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Древа Y12 для T-L131
« Ответ #14 : 20 Сентябрь 2023, 17:41:59 »
Мурка юникод не поддерживает. Только ascii. Длина имени таксона и имени признака (снипа, стр) любая, но без служебных символов.
Пути к файлам и папке откуда она запускается не должны иметь ничего неанглийского и пробелов. В той версии такие ограничения.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.