АвторТема: Определение времени до общего Предка (TMRCA)  (Прочитано 78574 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2419/-13
  • мтДНК: H1b
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #255 : 19 Январь 2013, 16:41:05 »
Попробуйте ещё разок. Я только что через ссылку вошёл без проблем.
У меня эта ссылка тоже не работает. Как-то раньше, помню, заходил каким-то нетрадиционным путём, но забыл, не смог вспомнить...
У меня тоже не работает: Forbidden
You don't have permission to access / on this server.
Additionally, a 403 Forbidden error was encountered while trying to use an ErrorDocument to handle the request.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 650
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #257 : 19 Январь 2013, 18:20:41 »
У меня калькулятор работает сейчас. 
Может российский траффик отсекают? ???

Во избежания проблем с коннектом, я себе все скрипты скопировал и при нужде могу их запускать офф-лайн.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6168
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2419/-13
  • мтДНК: H1b
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #258 : 19 Январь 2013, 19:27:06 »
....заходил каким-то нетрадиционным путём, но забыл, не смог вспомнить...
;D
Зашла без проблем через анонимайзер :) Любой, их в сети много.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 650
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #259 : 19 Январь 2013, 21:27:08 »
Зашла без проблем через анонимайзер :) Любой, их в сети много.
Увы, не любой.
Например, http://2ip.ru/anonim/ - не пускает ни с какой страны. А вот, http://hideme.ru/ - за ради Бога, заходи и считай. За идею - спасибо.
Однако замечу, что калькулятор dna-project.clan-donald-usa.org/ (рекомендуемый ссылкой) точно такой же, как предлагаемый мною выше - на Tailor  family genes project (rootsweb.ancestry.com) - легко доступный. Возможно, он встроен и на иных фамильных проектах ...

Оффлайн Ринат

  • Сообщений: 2581
  • Страна: ru
  • Рейтинг +415/-6
  • I1 M227
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #260 : 21 Январь 2013, 15:58:39 »
Здравствуйте Вы можете определить  время до общего предка у 258615 и 125119  http://www.familytreedna.com/public/Tatarstan/default.aspx?section=yresults

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #261 : 21 Январь 2013, 20:18:04 »
Здравствуйте Вы можете определить  время до общего предка у 258615 и 125119  http://www.familytreedna.com/public/Tatarstan/default.aspx?section=yresults
4 маркера отличаются.
Т.е. имеем 63/67.
Я бы сказал, что общий предок у тестируемых жил не раньше 17 поколений тому назад.
Или, около 23 поколений тому назад.
Или, не далее 29 поколений тому назад.

Короче говоря, при самой оптимистичной оценке, предок родился где-то в в 1500 году.
При средневзвешенной оценке, год рождения предка 1300.
При консервативной оценке, год рождения 1100.

Или, если больше нравится клесовская форма представления вышеперечисленных астрологических прогнозов, год рождения предка 1300 ± 200.

:)

Если бы я был формалистом.
Если бы я хотел пустить пыль в глаза и учённость свою показать.
Короче говоря, если бы действовал по академически (в ругательном смысле отсылки к родству).
То поступил бы следующим образом:
1. Взял пиковый максимум (Probability), который соответствует  29 линкам (Tr. Event.) и равен 0.02665 (2.665%). Т.е. 14.5 поколениям.
2. Для функции ВБОП, изображённой на данном рисунке:



рассчитал бы границы интервала, в который вмещено 50% интегральной площади.
3. От 14.5 поколений бы поставил отдельно - (для нижней границы интервала предыдущего пункта) и + (для верхней границы интервала).

Но всё это суета-сует.

Меня вполне устраивают и простенькие, прикидочные оценки.

Как ни считай, абослютно точного предикта ВБОП не получишь.

Оффлайн Ринат

  • Сообщений: 2581
  • Страна: ru
  • Рейтинг +415/-6
  • I1 M227
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #262 : 07 Февраль 2013, 12:04:41 »
Здравствуйте , вы можете определить приблизительно время до общего предка  258615 и  66585 .
« Последнее редактирование: 07 Февраль 2013, 19:32:10 от Ринат »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #263 : 08 Февраль 2013, 09:42:42 »
Здравствуйте , вы можете определить приблизительно время до общего предка  258615 и  66585 .
Ринат,

Сколько маркеров в каждом гаплотипе?
Сколько маркеров совпадает и сколько отличается?

*** Это необходимые исходные данные. По ним я Вам цифирки выдам.

Оффлайн Ринат

  • Сообщений: 2581
  • Страна: ru
  • Рейтинг +415/-6
  • I1 M227
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #264 : 08 Февраль 2013, 09:53:03 »
Здравствуйте , вы можете определить приблизительно время до общего предка  258615 и  66585 .
Ринат,

Сколько маркеров в каждом гаплотипе?
Сколько маркеров совпадает и сколько отличается?

*** Это необходимые исходные данные. По ним я Вам цифирки выдам.
Маркеров 67  Отличаються 18 маркеров  Совпадают остальные

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #265 : 08 Февраль 2013, 09:58:08 »
Маркеров 67  Отличаються 18 маркеров  Совпадают остальные
Это я Вам и без подсчётов скажу - тысячи лет до общего предка.

На 67 маркерах допустимы 5-7 маркеров разницы, для хоть какой-то внятной попарной оценки.

Если больше, то это только для филогенетических построений.

Оффлайн Ринат

  • Сообщений: 2581
  • Страна: ru
  • Рейтинг +415/-6
  • I1 M227
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #266 : 08 Февраль 2013, 10:15:56 »
Спасибо . То есть , если предположим , у меня один и тот же снип положительный с еще 12 людьми .  А количество разных маркеров , из  67 маркеров  , с этими людьми составляет от 12 до 18 маркеров .  И эти люди живут в разных странах Европы . То мне :  1.  Ни как не проследить миграцию своих предков по этим странам ?     2. Ни как не узнать время до общего предка с каждым из этих 12 человек ?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #267 : 08 Февраль 2013, 10:27:01 »
Спасибо . То есть , если предположим , у меня один и тот же снип положительный с еще 12 людьми .  А количество разных маркеров , из  67 маркеров  , с этими людьми составляет от 12 до 18 маркеров .  И эти люди живут в разных странах Европы . То мне :  1.  Ни как не проследить миграцию своих предков по этим странам ?     2. Ни как не узнать время до общего предка с каждым из этих 12 человек ?
Если у Вас общий снип - то тут много проще.
Ведь общий снип идёт от общего предка.
Мне, правда, пока не известен ни один субклад возрастом 1500 лет и меньше.

Что до разных стран Европы - так оно и не мудрено. За пару тысяч лет (минимум) могли куда угодно и откуда угодно расползтись.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5621
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3507/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #268 : 08 Февраль 2013, 11:47:10 »
Маркеров 67  Отличаються 18 маркеров  Совпадают остальные
Согласен с Михаилом - это оочень много.
Если субклад один, то исключая гомоплазию, можно говорить о паре тысяч лет.
При условии что нет многошаговых мутаций и реклохов...
На скольких маркерах отличия?

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #269 : 09 Февраль 2013, 18:20:16 »
На таких возрастах два гаплотипа не обсчитывают. Считают возраст всего субклада по всем гаплотипам I1-M227. Если в субкладе есть ветвь, которая явно хорошо выделяется по маркерам, то можно посчитать её. По двум гт в субкладе можно считать, если они явно и существенно ближе между собой, чем к остальным гт субклада.
Привязка простая. На 67м гаплотипе 1 мутация в среднем за 150-155 лет. Но во первых, именно в среднем(всегда есть вероятностный разброс). Во-вторых, 1 мутация не всегда соответствует 1 шагу ГД,т.к. бывают многошаговые мутации,бывают ненаблюдаемые мутации(т.н. прямая-возвратная)
Чем больше гт мы обсчитываем и конечно чем больше в них маркеров, тем лучше усредняется вероятностный разброс, и тем меньше влияние многошаговых мутаций на конечный возраст.Кроме того, правильные методы расчёта позволяют учесть ненаблюдаемые мутации и сгладить другие проблемы, о которых пока не буду говорить. Всё это позволяет получить вполне адекватную оценку TMRCA.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.