АвторТема: Определение времени до общего Предка (TMRCA)  (Прочитано 78670 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11097
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2543/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #240 : 18 Декабрь 2012, 00:14:19 »
Владимир, а вы можете по своему методу посчитать вот этих ребят http://www.familytreedna.com/public/Dreisbach/default.aspx?section=yresults, которые I2b1c и вот этот гаплотип Q7Q64 http://www.ysearch.org/lastname_view.asp?uid=&letter=&lastname=malinowsky&viewuid=Q7Q64&p=0

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #241 : 19 Декабрь 2012, 01:17:48 »
Дал расчёты в личку.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11097
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2543/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #242 : 19 Декабрь 2012, 01:50:46 »
Спасибо, Владимир

Оффлайн Юрий C

  • Сообщений: 413
  • Страна: ru
  • Рейтинг +108/-1
  • Y-ДНК: R1a1a R-FGC46016 № 264855
  • мтДНК: T2b
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #243 : 17 Январь 2013, 14:14:01 »
Здравствуйте! Что можно сказать по поводу TMRCA следующих людей:

258296   Komorenko R1a1a   13   24   15   11   11-15   12   12   10   13   11   31   15   9-9   11   11   26   14   20   32   12-14-14-16   11   12   19-23   15   16   21   20   36-37   12  11   12   8   17-17   8   12   10   8   12   10   12   22-22   15   10   12   12   13   9   13   22   22   12   12   11   13   11   11   12   13 ( мой дядя)

194783       Armenia   R1a1a   13   26   15   11   11-15   12   12   10   13   11   30   15   9-10   11   11   25   14   20   32   12-14-14-16  11   12   19-23   15   16   17   20   34-38   12   11   12   8   17-17   8   12   10   8   12   10   12   22-22   15   10   12   12   13   8   13   23   22   12   12   11   13   11   11   12   13 (жаль, что не указана фамилия)

186197   Musin-Pushkin       Unknown Origin   R1a1   13   25   16   11   11-15    12   12   10   13   11   29   15   9-10  11   11   26   14   20   32   12-14-14-16   11   12   19-23   15   16   18   20   35-37   13   11   12   8   17-17   8   11   10   8   11   10   12   22-22   15   10   12   12   13   8   13   23   22   12   12   11   13   11   11   12   13

101295   Miniakowski, 1925, Warsaw, Lida, Poland   Poland   R1a1a   13   25   16   11   11-15    12   13   10   13   11   30   15   9-10   11   11   24   14   20   33  12-14-14-16   12   12   19-23   15   16   18   21   36-37   12   11   12   8   17-17   8   12   10   8   12   10   12   22-22   15   10   12   12   13   8   13   23   22   12   12   11   13   11   11   12   13
 
156966   Tomasz Kulikowski *1773, Kobylin Kruszewo, PL   Poland   R1a1   13   25   15   11   11-16   12   12   10   13   11   31   15   9-10   11   11   25   14   20   32   12-14-14-16  11   11   19-23   15   15   18   20   36-39   14   11   12   8   17-17   8   12   10   8   11   10   12   22-22   15   10   12   12   13   8   14   24   22   12   12   11   13   11   11   12   13

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #244 : 17 Январь 2013, 18:04:52 »
Вы и сами сможете сделать оценку.
Всё что Вам понадобится, так это составить матрицу пять на пять, в которой Вы разместите попарные разницы для каждого из гаплотипов (т.е. количество отличных маркеров для каждой пары рассматриваемых гаплотипов).
Выборка небольшая, поэтому всё можно сделать вручную. С помощью базы Семаргла.
Ну, а о том, как посчитать по подобной матрице ВБОП подробную инструкцию отписал вот тут.

Есть и ещё более простой способ оценки, годящийся для небольших ветвей и групп приближенцев. Тоже моего засола и тоже по простому.
Называю данный способ вычисления ВБОП не ближе дальнего:
1. Из матрицы генетических дистанций выбираете максимум (-мы).
2. Производите обсчёт только по нему; результат и полагаете искомой величиной.

Обоснование просто: если на больших выборках разнонаправленное движение мутаций обязательно необходимо учитывать (метод по среднему и метод по модальному гаплотипу - это делают), то на микровыборках с этим можно не заморачиваться.

:)

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #245 : 18 Январь 2013, 03:45:32 »
Здравствуйте! Что можно сказать по поводу TMRCA следующих людей:

А чем обусловлен такой выбор? Эти люди с разных подветвей "венедской" ветви R1a-Z92. TMRCA равен TMRCA всей ветви венедов. Тема ветви здесь
Кстати, откуда предки Вашего дяди?
P.S.Надо внести последнюю панель(38-67) этого гаплотипа в базу Семаргла.

Оффлайн Юрий C

  • Сообщений: 413
  • Страна: ru
  • Рейтинг +108/-1
  • Y-ДНК: R1a1a R-FGC46016 № 264855
  • мтДНК: T2b
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #246 : 18 Январь 2013, 11:21:03 »
Mich Glitch и VVR, в расчете и оценке такой информации у меня опыта нет. Выборку я делал по количеству не совпадающих  маркеров,  относительно своего дяди, Коморенко (258296).
 194783       Armenia,- 9 несовпадений.
186197   Musin-Pushkin - 11 несовпадений
101295   Miniakowski -12 несовпадений
156966   Tomasz Kulikowski -13 несовпадений
Отец моего дяди, то есть мой дед, родился в селе Сидоровичи, Киевской губернии 1899 году.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5626
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3511/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #247 : 18 Январь 2013, 11:39:51 »
P.S.Надо внести последнюю панель(38-67) этого гаплотипа в базу Семаргла.
Внес.
« Последнее редактирование: 18 Январь 2013, 11:47:50 от Semargl »

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6170
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2420/-13
  • мтДНК: H1b
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #248 : 18 Январь 2013, 15:42:50 »
Цитировать

http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/nearest/50352/67/
в этой теме это оффтоп
Спасибо!
А в какой теме можно публиковать такие просьбы?
В разделе соответствующей гаплогруппы, Вас внесут в базу модераторы раздела.
Сообщения перенесены сюда: http://forum.molgen.org/index.php/topic,242.1140.html
« Последнее редактирование: 18 Январь 2013, 15:51:11 от пенелопа »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #249 : 18 Январь 2013, 17:29:34 »
Mich Glitch и VVR, в расчете и оценке такой информации у меня опыта нет. Выборку я делал по количеству не совпадающих  маркеров,  относительно своего дяди, Коморенко (258296).
 194783       Armenia,- 9 несовпадений.
186197   Musin-Pushkin - 11 несовпадений
101295   Miniakowski -12 несовпадений
156966   Tomasz Kulikowski -13 несовпадений
Отец моего дяди, то есть мой дед, родился в селе Сидоровичи, Киевской губернии 1899 году.
Смотрите, у Вас имеется 5 гаплотипов.
Т.е. всего в матрице будет 20 дистанций.
Первый гаплотип (258296) Вы уже сравнили.
Имеете: 9, 11, 12, 13
По второму гаплотипу (194783) уже есть 9 (с 258296), осталось посмотреть, что с 186197, 101295 и 156966.
Затем проверите недостающие разницы для 186197, 101295 и 156966.

Сложите все генетические дистанции (отличные маркеры) и разделите на 20.
Не страшно, если результат будет дробный. Всё равно имеем точность типа миллион сюда - миллион туда. :)
Округлите эту разницу до целой и сделаете подсчёт. Возникнут непонятки - помогу.

Оффлайн Михаил Ночевной

  • Сообщений: 2121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +173/-12
  • Y-ДНК: G2a2 (L1264+)
  • мтДНК: U5a1
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #250 : 18 Январь 2013, 17:37:08 »
Mich Glitch и VVR, в расчете и оценке такой информации у меня опыта нет. Выборку я делал по количеству не совпадающих  маркеров,  относительно своего дяди, Коморенко (258296).
 194783       Armenia,- 9 несовпадений.
186197   Musin-Pushkin - 11 несовпадений
101295   Miniakowski -12 несовпадений
156966   Tomasz Kulikowski -13 несовпадений
Отец моего дяди, то есть мой дед, родился в селе Сидоровичи, Киевской губернии 1899 году.
Смотрите, у Вас имеется 5 гаплотипов.
Т.е. всего в матрице будет 20 дистанций.
Первый гаплотип (258296) Вы уже сравнили.
Имеете: 9, 11, 12, 13
По второму гаплотипу (194783) уже есть 9 (с 258296), осталось посмотреть, что с 186197, 101295 и 156966.
Затем проверите недостающие разницы для 186197, 101295 и 156966.

Сложите все генетические дистанции (отличные маркеры) и разделите на 20.
Не страшно, если результат будет дробный. Всё равно имеем точность типа миллион сюда - миллион туда. :)
Округлите эту разницу до целой и сделаете подсчёт. Возникнут непонятки - помогу.
я как раз похожее пытаюсь сделать, у меня воспрос получил я к примеру 15 число - округленное усредненное, что дальше с ним делать?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #251 : 18 Январь 2013, 18:04:08 »
я как раз похожее пытаюсь сделать, у меня воспрос получил я к примеру 15 число - округленное усредненное, что дальше с ним делать?
Допустим у Вас сравниваются 67 маркерные гаплотипы, среднее количество отличающихся маркеров по которым составляет 15.
Повторю ещё раз инструкцию, ссылку на которую дал парой-тройкой постов ранее.
1. Идёте на калькулятор.
2. Number of markers ставите 67.
3. Number of markers that match ставите 52 (т.е. 67 - 15).
4. Mutation Rate ставите 0.0021.
5. Помечаете квадратик Cumulative Probability.
6. Жмёте на кнопку Create List.
7. Считываете данные напротив кумулятивной вероятности в 75 процентов. Т.е. в дробном выражении это будет 0.75.
В нашем случае это будет (взял наиболее близкое выражение) 148         0.00910        0.747.
Где 148 - это количество линков (Transition Event).
8. Чтобы получить ВБОП в поколениях, необходимо количество линков разделить на два (почему это так, можете посмотреть по ссылке, что я дал на свои объяснялки ранее). Итого имеем следующий результат: ближайший общий предок для данной выборки жил около 74 поколений (т.е. 148 / 2) тому назад.
9. Про выбор поколенного интервала тоже есть в ссылке. Я бы тут взял 30 лет на поколение и сказал: ВБОП составляет около 2220 лет.

Резюмирую: если какой-то умник будет вскидывать руки и причитать да, как можно! Рассказывать про гомоплазию, вспоминать про близкие листочки на удалённых ветвях, приводить совсем, уж, образные примеры про соседние поселения, которые разделяет река, или вообще нести дичь про возвратные мутации. Короче говоря, если кто-то будет нести клёсовские глупости про недопустимость попарных сравнений, то для понимания сути вероятностного представления, я имею в запасе несколько примеров выборок гаплотипов, разбавленных подборками сын-отец-дед, или братья-отец-дядя. Пусть сторонник академических методов (в родственном смысле) покажет мастер-класс, а потом вместе посмеёмся.

:)

Оффлайн Михаил Ночевной

  • Сообщений: 2121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +173/-12
  • Y-ДНК: G2a2 (L1264+)
  • мтДНК: U5a1
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #252 : 18 Январь 2013, 18:24:02 »
я как раз похожее пытаюсь сделать, у меня воспрос получил я к примеру 15 число - округленное усредненное, что дальше с ним делать?
Допустим у Вас сравниваются 67 маркерные гаплотипы, среднее количество отличающихся маркеров по которым составляет 15.
Повторю ещё раз инструкцию, ссылку на которую дал парой-тройкой постов ранее.
1. Идёте на калькулятор.
2. Number of markers ставите 67.
3. Number of markers that match ставите 52 (т.е. 67 - 15).
4. Mutation Rate ставите 0.0021.
5. Помечаете квадратик Cumulative Probability.
6. Жмёте на кнопку Create List.
7. Считываете данные напротив кумулятивной вероятности в 75 процентов. Т.е. в дробном выражении это будет 0.75.
В нашем случае это будет (взял наиболее близкое выражение) 148         0.00910        0.747.
Где 148 - это количество линков (Transition Event).
8. Чтобы получить ВБОП в поколениях, необходимо количество линков разделить на два (почему это так, можете посмотреть по ссылке, что я дал на свои объяснялки ранее). Итого имеем следующий результат: ближайший общий предок для данной выборки жил около 74 поколений (т.е. 148 / 2) тому назад.
9. Про выбор поколенного интервала тоже есть в ссылке. Я бы тут взял 30 лет на поколение и сказал: ВБОП составляет около 2220 лет.

Резюмирую: если какой-то умник будет вскидывать руки и причитать да, как можно! Рассказывать про гомоплазию, вспоминать про близкие листочки на удалённых ветвях, приводить совсем, уж, образные примеры про соседние поселения, которые разделяет река, или вообще нести дичь про возвратные мутации. Короче говоря, если кто-то будет нести клёсовские глупости про недопустимость попарных сравнений, то для понимания сути вероятностного представления, я имею в запасе несколько примеров выборок гаплотипов, разбавленных подборками сын-отец-дед, или братья-отец-дядя. Пусть сторонник академических методов (в родственном смысле) покажет мастер-класс, а потом вместе посмеёмся.

:)
спасибо большое!
ссылка правда не работает(((
т.е. из этого примера я понял - взяты два 67 маркерных гаплотипа у которых 52 одинаковых значения маркера, а в 15 есть по одному шагу мутации. и с вероятностью 75% общий предок жил 2220 лет назад при условии 30 лет на поколение?!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #253 : 18 Январь 2013, 18:44:32 »
ссылка правда не работает(((
Попробуйте ещё разок. Я только что через ссылку вошёл без проблем.

т.е. из этого примера я понял - взяты два 67 маркерных гаплотипа у которых 52 одинаковых значения маркера
Совершенно верно.

а в 15 есть по одному шагу мутации
Никак нет!
Мы используем метод бесконечных аллелей. То есть смотрим не одношаговые мутации, а количество отличающихся маркеров. Т.е., скажем отличаются два гаплотипа по одному маркеру, а аллели этого маркера могут отличаться на 10. Типа, что-то 12 и 22. Всё равно берём 1 (один отличающийся маркер - на сколько не важно).
При больших глубинах, т.е. при большом значении отличных маркеров - предлагаемый мною метод лишён всякого смысла. Поэтому вряд ли стоит его использовать при наличии 17 и более отличных маркеров (просто взял с потолка округлённую четверть от 67).
Когда же маркеров отличных мало - логичнее предположить присутствие многошаговых мутаций. Ведь многошаговые мутации - это 14 процентов (если память не изменяет).

и с вероятностью 75% общий предок жил 2220 лет назад при условии 30 лет на поколение?!
Да. Так.
Только я предпочитаю использовать эвфемизм около. Потому как 75% - в общем-то профанация и требует кучу дополнительных разъяснений. А тут сказал около - и всё. :)

Резюмирую: отсутствие 100% точности для данного метода - вовсе не означает присутствие данной точности в других видах расчётов.
Все они являются оценочными с широкими вариационными рамками.
Мой метод, во всяком случае, прост для использования и базируется не на с потолка взятом уравнении кинетики второго порядка, а на признанном методе Уолша.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11097
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2543/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #254 : 19 Январь 2013, 13:49:49 »
....заходил каким-то нетрадиционным путём, но забыл, не смог вспомнить...
;D

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.