я как раз похожее пытаюсь сделать, у меня воспрос получил я к примеру 15 число - округленное усредненное, что дальше с ним делать?
Допустим у Вас сравниваются 67 маркерные гаплотипы, среднее количество отличающихся маркеров по которым составляет 15.
Повторю ещё раз инструкцию, ссылку на которую дал парой-тройкой постов ранее.
1. Идёте
на калькулятор.
2. Number of markers ставите 67.
3. Number of markers that match ставите 52 (т.е. 67 - 15).
4. Mutation Rate ставите 0.0021.
5. Помечаете квадратик Cumulative Probability.
6. Жмёте на кнопку Create List.
7. Считываете данные напротив кумулятивной вероятности в 75 процентов. Т.е. в дробном выражении это будет 0.75.
В нашем случае это будет (взял наиболее близкое выражение) 148 0.00910 0.747.
Где 148 - это количество линков (Transition Event).
8. Чтобы получить ВБОП в поколениях, необходимо количество линков разделить на два (почему это так, можете посмотреть по ссылке, что я дал на свои
объяснялки ранее). Итого имеем следующий результат:
ближайший общий предок для данной выборки жил около 74 поколений (т.е. 148 / 2)
тому назад.
9. Про выбор поколенного интервала тоже есть в ссылке. Я бы тут взял 30 лет на поколение и сказал:
ВБОП составляет около 2220 лет.
Резюмирую: если какой-то
умник будет вскидывать руки и причитать
да, как можно! Рассказывать про
гомоплазию, вспоминать про
близкие листочки на удалённых ветвях, приводить совсем, уж, образные примеры про
соседние поселения, которые разделяет река, или вообще нести дичь про
возвратные мутации. Короче говоря, если кто-то будет нести
клёсовские глупости про недопустимость попарных сравнений, то для понимания сути вероятностного представления, я имею в запасе несколько примеров выборок гаплотипов, разбавленных подборками сын-отец-дед, или братья-отец-дядя. Пусть сторонник
академических методов (в
родственном смысле) покажет мастер-класс, а потом вместе посмеёмся.