Определение времени до общего Предка (TMRCA)

[Sawromat]

Так у меня то точнее!. И это я ещё Ваших гаплотипов не видел. Если бы ещё гаплотипы дали, может ещё точнее посчитал бы.

А мы к вам обращались, но у нас как-то не получилось общение. Но впереди ещё будут расчеты по другим гаплотипам, обратимся обязательно ещё раз.

С уважением.

[VVR]

Savromat, по пяти гаплотипам, по которым вы считали, возраст 265 лет. Правильно?

Общий предок согласно архивам родился или в 1715 или 1717 гг.

Наиболее верный результат выдала формула Клёсова-Рожанского, у них получилось что предок жил всего 360 лет назад, т.е. погрешность составила всего 65 лет.

Если предок родился в 1715-1717г., то почему Вы считаете возраст предка пяти гаплотипов 295 лет? Разве тестировавшиеся родились в этом году. Если сейчас этим пяти в среднем около 30 лет, то и получается 265 лет. Мой расчёт самый точный.

[Sawromat]

Если предок родился в 1715-1717г., то почему Вы считаете возраст предка пяти гаплотипов 295 лет? Разве тестировавшиеся родились в этом году. Если сейчас этим пяти в среднем около 30 лет, то и получается 265 лет. Мой расчёт самый точный.

По вашей формуле получается ему уже 30 лет было: 1717 - (2012-265) = -30.

[VVR]

Если предок родился в 1715-1717г., то почему Вы считаете возраст предка пяти гаплотипов 295 лет? Разве тестировавшиеся родились в этом году. Если сейчас этим пяти в среднем около 30 лет, то и получается 265 лет. Мой расчёт самый точный.

По вашей формуле получается ему уже 30 лет было: 1717 - (2012-265) = -30.

Нет, возраст считается между рождением общего предка и средним годом рождения тех, кто тестировался, т.е. носителей гаплотипов, (иначе весь смысл любой формулы теряется). 1717+265=1982г. - средний год рождения людей, чьи гаплотипы обсчитывались.

[Sawromat]

Нет, возраст считается между рождением общего предка и средним годом рождения тех, кто тестировался, т.е. носителей гаплотипов, (иначе весь смысл любой формулы теряется). 1717+265=1982г. - средний год рождения людей, чьи гаплотипы обсчитывались.

Всё понял. Извиняюсь не сразу дошло до меня, что вы хотели сказать.

2) Т.е. получается, в вашей формуле нужно в конце ещё прибавлять средний возраст тестируемых, подсчитанный от их г.р.? Если так, то да, ваш расчет попадает в точку, средний возраст 5 гаплотипов (подсчитанный от их г.р.) - 30 лет.

P.S. Вам скину ещё гаплотипы, для подсчета возраста, для другого рода. Но пока там только 2 человека с 67 маркерами. Как будет третий - напишу вам в приват. Время общего предка этого рода также известно по архивным документам. Если ваш расчет окажется самым верным и для другого рода, будем расчеты делать по вашей формуле, но пока для нас самая верная - это формула К-Р.

С уважением.

[Mich Glitch]

Правильнее же использовать кумулятивные вероятности.

Михаил, абсолютно с Вами согласен, если речь идёт о генеалогических глубинах(до 600-800 лет). На чуть больших возрастах возможны ошибки. А на больших ошибки будут обязательно.

Я не совсем об этом.
Выражение, типа, 1000±150 претендует на то, что охватывает все возможные варианты.
На самом деле это не так, и за рамками представления, остаётся тот факт, что данный ± имеет в свою очередь какую-то пиковую (т.е. событийную) и кумулятивную вероятности.
Поэтому на мой взгляд, и на взгляд, к примеру, ФТДНА (извиняюсь за дважды повторенную незатейливую шуткульку  ) лучше (в смысле, методически правильнее) использовать просто кумулятивную вероятность.
Но держим крепко в уме, что даже при 99% вероятности остаётся один процент (т.е. всего навсего 1 к 100) того, что ВБОП выбивается за рамки предикта.
Клёсовцы (произносится презрительно, подобно тому, как параллелы произносят популяционные генетики ) ничтоже сумнящеся (я думаю, что всё-таки по присущему большинству из них разной степени недоумия) берут наибольшую пиковую вероятность и вокруг неё облепляют ±.
Это работает когда наиболее вероятное событие в процентном отношении ярко выраженное. Т.е. в графическом представлении имеем вытянутый вероятностный колокол.
В случаях же, когда пиковая вероятность меньше 3% и ближайшая к ней событийная вероятность отличается всего лишь третьим знаком после запятой, нужно и должно брать кумулятивную вероятность.

Резюмирую: ± используется для простоты и доходчивости; кумулятивная вероятность используется в том случае, если хочется говорить правильно, профессионально, если хотите.

[VVR]

Действительно мы немного о разном, но с вышесказанным я в основном согласен.Я правда при расчётах использую не кумулятивные вероятности, а распределение вероятностей. В скрипте, на который Вы ссылались это левая колонка. И считаю немного по-другому. Но смысл и конечно результат примерно такие же.
Я просто хотел предостеречь от использования этого метода на больших глубинах. На двух гаплотипах, в силу нескольких факторов, это приводит к существенным искажениям. На большем количестве гаплотипов эти факторы тоже никуда не деваются, но там уже появляется статистика. Чем больше статистика, тем ярче выражена пиковая вероятность. И эти гаплотипы  можно обрабатывать другими методами. Наилучшим является метод МВП Адамова-Каржавина. Там нужно только подправить методику расчёта и правильно применять скорости по парам отец-сын (в применении этих скоростей тоже есть свои подводные камни). Скорости по калибровке по известным геналогиям я категорически не признаю.   

[Mich Glitch]

Я просто хотел предостеречь от использования этого метода на больших глубинах.

На больших глубинах - ни-ни.
Полностью с Вами согласен.

[romano_rat]

Выходит 390 вместо 850 в статье. Где я ошибся?

[Nimissin]

Выборка состоит из 111 17-маркерных гаплотипов европейских цыган Н1а-М82. Ключевым является определение предкового гаплотипа. В представлении YHRD (локусы DYS 19, 389I, 389II-389I, 390, 391, 392, 393, 385a,b, 438, 439, 437, 448, 456, 458, 635, GATAH4) он выглядит следующим образом:

15-14-16-22-10-11-12-15,17-9-11-14-19-15-18-20-12.

Это наиболее часто встречающийся гаплотип, в исследуемой выборке обнаружено 32 штуки.

Далее рассчитаем возраст выборки по логарифмической формуле (общая скорость мутаций для 17-маркерного гаплотипа 0.0439):

TMRCAlog = ln(111 /32) / 0.0439 = 28.3 поколения. 

Для поколенного интервала 30 лет возраст равен 28.3 * 30 = 850 лет.

[romano_rat]

15-14-16-22-10-11-12-15,17-9-11-14-19-15-18-20-12.

Это наиболее часто встречающийся гаплотип, в исследуемой выборке обнаружено 32 штуки.

Понял, значит "количество предковых гаплотипов в выборке" означает сортировку всей матрицы 111*17 по строкам (а не постолбцовую сортировку в матрице), с последующим выведением количества совпадающих с предковым гаплотипом значений.

Остальное понятно. Средняя скорость равна 2.576х10^-3, но здесь берётся Σλ_j, равная 0.0439, скорость по YHRD.org,  2011 и  Burgarella C.&Navascues M., 2011.

Дорабатывать нет времени, переезжаем. Боюсь, что теперь и весь декабрь не будет времени на толковые ответы в цыганской теме.

[zastrug]

Владимир, а вы можете по своему методу посчитать вот этих ребят http://www.familytreedna.com/public/Dreisbach/default.aspx?section=yresults, которые I2b1c и вот этот гаплотип Q7Q64 http://www.ysearch.org/lastname_view.asp?uid=&letter=&lastname=malinowsky&viewuid=Q7Q64&p=0

[VVR]

Дал расчёты в личку.

[zastrug]

Спасибо, Владимир

[Юрий C]

Здравствуйте! Что можно сказать по поводу TMRCA следующих людей:

258296   Komorenko R1a1a   13   24   15   11   11-15   12   12   10   13   11   31   15   9-9   11   11   26   14   20   32   12-14-14-16   11   12   19-23   15   16   21   20   36-37   12  11   12   8   17-17   8   12   10   8   12   10   12   22-22   15   10   12   12   13   9   13   22   22   12   12   11   13   11   11   12   13 ( мой дядя)

194783       Armenia   R1a1a   13   26   15   11   11-15   12   12   10   13   11   30   15   9-10   11   11   25   14   20   32   12-14-14-16  11   12   19-23   15   16   17   20   34-38   12   11   12   8   17-17   8   12   10   8   12   10   12   22-22   15   10   12   12   13   8   13   23   22   12   12   11   13   11   11   12   13 (жаль, что не указана фамилия)

186197   Musin-Pushkin       Unknown Origin   R1a1   13   25   16   11   11-15    12   12   10   13   11   29   15   9-10  11   11   26   14   20   32   12-14-14-16   11   12   19-23   15   16   18   20   35-37   13   11   12   8   17-17   8   11   10   8   11   10   12   22-22   15   10   12   12   13   8   13   23   22   12   12   11   13   11   11   12   13

101295   Miniakowski, 1925, Warsaw, Lida, Poland   Poland   R1a1a   13   25   16   11   11-15    12   13   10   13   11   30   15   9-10   11   11   24   14   20   33  12-14-14-16   12   12   19-23   15   16   18   21   36-37   12   11   12   8   17-17   8   12   10   8   12   10   12   22-22   15   10   12   12   13   8   13   23   22   12   12   11   13   11   11   12   13
 
156966   Tomasz Kulikowski *1773, Kobylin Kruszewo, PL   Poland   R1a1   13   25   15   11   11-16   12   12   10   13   11   31   15   9-10   11   11   25   14   20   32   12-14-14-16  11   11   19-23   15   15   18   20   36-39   14   11   12   8   17-17   8   12   10   8   11   10   12   22-22   15   10   12   12   13   8   14   24   22   12   12   11   13   11   11   12   13