АвторТема: Определение времени до общего Предка (TMRCA)  (Прочитано 87666 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #210 : 26 Ноябрь 2012, 21:13:27 »
Sawromat,
Вы улавливаете разницу между историком и генеалогом?

Вы понимаете, что такое архивная генеалогия?

Вам не приходило в голову, что 99% документальных генеалогий на постоветском пространстве можно вывести до 15 века максимум.
Это речь если идёт о подтверждённых дворянах.
Большинство же крестьянских генеалогий обрывается на 18 веке.

Отдельные роды столбового дворянства идут аж до 11 века. Но непрерывность генеалогических линий и в них почти всегда отсутствует, или под большим сомнением.

Короче говоря, одним родом, допускающим явное документальное подтверждение, можно полагать 5 гаплотипов, где на 67 маркерах генетическая дистанция по методу бесконечных аллелей (отличающиеся маркеры) составит не более 6-7. За редчайшими исключениями.

Оффлайн Sawromat

  • лотханкуенпай
  • Сообщений: 39
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-7
    • Страничка на ю-тубе
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #211 : 26 Ноябрь 2012, 21:15:01 »
Наиболее точной из двух формул? Конечно, на геналогической глубине скорости Животовского не годятся по любой формуле. На сколькомаркерных гаплотипах считали? 5-х маркерные, 7-маркерные? Либо пишите конкретней, либо не делайте голословных заявлений. Если считали не сам, то дайте ссылку на расчёты
4 расчетов разных авторов. 67-маркерные гаплотипы.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #212 : 26 Ноябрь 2012, 21:17:05 »
Давайте, кстати, таблицу гаплотипов (вполне пойдёт матрица отличающихся маркеров) и я на коленке Вам подсчитаю и выдам свою цифирь.

Оффлайн Sawromat

  • лотханкуенпай
  • Сообщений: 39
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-7
    • Страничка на ю-тубе
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #213 : 26 Ноябрь 2012, 21:26:57 »
Давайте, кстати, таблицу гаплотипов (вполне пойдёт матрица отличающихся маркеров) и я на коленке Вам подсчитаю и выдам свою цифирь.
Вам плюс.

Могу дать вам для расчета 67-маркерные гаплотипы двух  человек из другого рода. Время жизни общего их предка также известно.
Будете считать? Проверим заодно как работает ваша формула. Если согласны, спишемся в привате.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #214 : 26 Ноябрь 2012, 21:31:00 »
Sawromat,

Если вы имеете доступ к гаплотипам (т.е. сами проводили тестирование,хотя бы одного из них) и если гаплотипы нормальные (т.е. сделаны в ФТДНА), то:
1. Если они находятся в пределах генеалогической дистанции (т.е. на таком интервале, когда родство гипотетически можно подтвердить документально), Вы их увидите в списке приближенцев. Кнопка Matches.
2. Кликните на кнопку TiP и получите ВБОПы. (Ваше, конечно, дело насколько им доверять.)
3. Я, не имея доступа к Вашим гаплотипам, тем не менее берусь воспроизвести этот результат, показанный в отчёте TiP, на интервале от 50 до 75 процентах кумулятивной вероятности.

:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #215 : 26 Ноябрь 2012, 21:32:43 »
Давайте, кстати, таблицу гаплотипов (вполне пойдёт матрица отличающихся маркеров) и я на коленке Вам подсчитаю и выдам свою цифирь.
Вам плюс.

Могу дать вам для расчета 67-маркерные гаплотипы двух  человек из другого рода. Время жизни общего их предка также известно.
Будете считать? Проверим заодно как работает ваша формула. Если согласны, спишемся в привате.

Зачем приват.  :o

Давайте тут количество отличающихся маркеров и я Вам тут же выдам цифирь.

*** Только побыстрее, мне через 10 минут на работу выезжать.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #216 : 26 Ноябрь 2012, 21:54:54 »
Sawromat,
Судя по Вашему письму мне в личку, Вы не поняли, чего я от Вас прошу.
Поясняю.
Я знаю, что Вы хотите сравнить два 67 маркерных гаплотипа.
Сообщите мне просто сколько маркеров из этих 67 не совпадают.
Ну, к примеру 4.
На основании этих данных и используя метод бесконечных аллелей я по формуле Уолша сделаю для Вас подсчёт.
Вы всегда можете сделать это самостоятельно, используя вот этот скрипт, написанный ещё в 2002 году.
Подставляете в Mutation Rate 0.0021.
В Number of markers вписываете 67.
В Number of markers that match заносите количество совпавших маркеров. Т.е. для вышеприведённого примера (4 отличных маркера) - 63.

Смотрите кумулятивные вероятности от 0.5 до 0.75 (т.е. 50-75%).
Tr. Event. делите на два, чтобы получите поколения. (К примеру 8 Tr. Event. - это 4 поколения.)

В качестве поколенного интервала на небольших глубинах (поколений до 10) берёте 32 года.
На значительных глубинах (от 10 до 30 поколений) используете 30 лет.
Более глубокие предикты - почти лишены смысла.

Оффлайн Sawromat

  • лотханкуенпай
  • Сообщений: 39
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-7
    • Страничка на ю-тубе
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #217 : 26 Ноябрь 2012, 21:59:03 »
Sawromat,
Судя по Вашему письму мне в личку, Вы не поняли, чего я от Вас прошу.
Поясняю.
Я знаю, что Вы хотите сравнить два 67 маркерных гаплотипа.
Сообщите мне просто сколько маркеров из этих 67 не совпадают.
Ну, к примеру 4.
На основании этих данных и используя метод бесконечных аллелей я по формуле Уолша сделаю для Вас подсчёт.
Вы всегда можете сделать это самостоятельно, используя вот этот скрипт, написанный ещё в 2002 году.
Подставляете в Mutation Rate 0.0021.
В Number of markers вписываете 67.
В Number of markers that match заносите количество совпавших маркеров. Т.е. для вышеприведённого примера (4 отличных маркера) - 63.

Смотрите кумулятивные вероятности от 0.5 до 0.75 (т.е. 50-75%).
Tr. Event. делите на два, чтобы получите поколения. (К примеру 8 Tr. Event. - это 4 поколения.)

В качестве поколенного интервала на небольших глубинах (поколений до 10) берёте 32 года.
На значительных глубинах (от 10 до 30 поколений) используете 30 лет.
Более глубокие предикты - почти лишены смысла.

Спасибо за ссылку.

По формуле Уолша расчёт не делали. Посмотрим что выдаст его расчёт.

С уважением.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #218 : 26 Ноябрь 2012, 22:00:42 »
Теперь о форме представления.
Клёсов с математикой не дружит. Это факт, если Вы не знали.
Поэтому может осмыслить только представления, типа, 1000±100.
Правильнее же использовать кумулятивные вероятности.

Простой пример. Два 43 маркерных гаплотипа с одним отличным. В поколениях по-клёсовски получим что-то вроде 5±1 (в годах 160±32).
В это представление никак не укладывается естественная минимальная мутационная разница между отцом и сыном (где-то один случай из 5).
А вот если сказать, что с кумулятивной вероятностью в 80% общий предок для этой пары жил не далее 5 поколений назад - то всё просто здорово.

:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #219 : 26 Ноябрь 2012, 22:02:34 »
По формуле Уолша расчёт не делали.
Да как же не делали. клёсовское уравнение кинетики второго порядка и есть сильно упрощённое представление формулы Уолша.

:o

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #220 : 26 Ноябрь 2012, 22:07:47 »
Savromat, по пяти гаплотипам, по которым вы считали, возраст 265 лет. Правильно?

Оффлайн Sawromat

  • лотханкуенпай
  • Сообщений: 39
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-7
    • Страничка на ю-тубе
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #221 : 26 Ноябрь 2012, 22:18:34 »
Savromat, по пяти гаплотипам, по которым вы считали, возраст 265 лет. Правильно?
Общий предок согласно архивам родился или в 1715 или 1717 гг.

Наиболее верный результат выдала формула Клёсова-Рожанского, у них получилось что предок жил всего 360 лет назад, т.е. погрешность составила всего 65 лет.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #222 : 26 Ноябрь 2012, 22:19:49 »
Правильнее же использовать кумулятивные вероятности.
Михаил, абсолютно с Вами согласен, если речь идёт о генеалогических глубинах(до 600-800 лет). На чуть больших возрастах возможны ошибки. А на больших ошибки будут обязательно.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #223 : 26 Ноябрь 2012, 22:23:41 »
Savromat, по пяти гаплотипам, по которым вы считали, возраст 265 лет. Правильно?
Общий предок согласно архивам родился или в 1715 или 1717 гг.

Наиболее верный результат выдала формула Клёсова-Рожанского, у них получилось что предок жил всего 360 лет назад, т.е. погрешность составила всего 65 лет.
Так у меня то точнее!. ;D И это я ещё Ваших гаплотипов не видел. Если бы ещё гаплотипы дали, может ещё точнее посчитал бы.

Оффлайн Sawromat

  • лотханкуенпай
  • Сообщений: 39
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-7
    • Страничка на ю-тубе
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #224 : 26 Ноябрь 2012, 22:28:13 »
Теперь о форме представления.
Клёсов с математикой не дружит. Это факт, если Вы не знали.
Поэтому может осмыслить только представления, типа, 1000±100.
Правильнее же использовать кумулятивные вероятности.

Простой пример. Два 43 маркерных гаплотипа с одним отличным. В поколениях по-клёсовски получим что-то вроде 5±1 (в годах 160±32).
В это представление никак не укладывается естественная минимальная мутационная разница между отцом и сыном (где-то один случай из 5).
А вот если сказать, что с кумулятивной вероятностью в 80% общий предок для этой пары жил не далее 5 поколений назад - то всё просто здорово.

:)

Интересует результат.

Люди придумали формулу, и она у них оказалась наиболее верной. Три другие расчёта оказались менее верными. Конечно все формулы расчета мне неизвестны, кто-то может ещё более точную формулу изобрёл или изобретёт. Но факт остаётся фактом,.

P.S. Пока будем расчеты делать, опираясь преимущественно, на формулу К-Р.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.