Определение времени до общего Предка (TMRCA)

[Mich Glitch]

Глупость он сказал, у меня как раз случай когда на 16/17. Учитывая происхождение мы 100% родственники.

Почему же глупость?
Есть много примеров пар сын / отец с двушаговой разницей.
Речь идёт о среднестатистических величинах.
Так вот по ним выходит, что в большинстве случаев 17 маркерный тест не предполагают документального подтверждения при генетической разнице в 1-2 шага и больше.

[Mich Glitch]

Объясните мне, почему это я должен опираться на среднестатистические оценки, когда есть совершенно конкретные практические данные уже на парах отец-сын, которые слишком уж далеки от среднестатистических средних значений???

Есть два способа:
1) Вероятностный. Предполагает выведение формулы, которая описывает процесс.
2) Статистический. Предполагает обработку массива данных.
2 + 2 равно 4. Взяв два яблока, положив их в корзинку, а затем добавив еще два - Вы всегда будете иметь 4 яблока в корзинке.
К сожалению, подбросив монетку, Вы никогда не скажете определенно, что выпадет - орёл, или решка. Но оценить вероятность Вы сможете.
Имея 16 совпадений из 17 на 17-маркерном тесте Вы не можете со 100% точностью оценить время до общего предка. Я допускаю вероятность наличия расхождения значений по всем 17 маркерам у родных братьев.

Среднстатистические данные - они где были получены?

Речь идёт о калибровке скоростей мутаций по архивным данным.

Для больших отрезков времени, я полагаю?

Какая чушь!!! Конечно же на малых (до 500 лет глубинах), или на парах отец-сын.

А кто доказал, что такая оценка - самая лучшая для коротких генеологических отрезков времени?

В том-то и закавыка, только с точностью до наоборот. Кто сказал, что скорости и методы, прекрасно работающие на коротких дистанциях, хороши для многовековых исторических реконструкций.

[Centurion]

Т.е. на Рюриковичах просто проверялись эти статистически полученные зависимости?

На Макдоналдах и на других.

[Mich Glitch]

Т.е. на Рюриковичах просто проверялись эти статистически полученные зависимости?

На Рюриках ничего не проверялось. Выявляется сам предковый гаплотип Рюрика и принадлежность к нему разных претендентов.
Как уже выше заметил уважаемый Centurion, скорости калибровались по семейству МакДональдов и некоторым другим семейным кланам. Кроме того большие массивы данных отец-сын обработаны лабораторией Соренсона.
По России, по русским - ничего подобного пока нет.
Так что мой проект - один из первых (если не первый). И то - это капля в море: 30 фамилий (90 человек) по русским маленького ареала рязанщины и 30 фамилий (90 человек) по винничине.
Но это будут реальные выверенные данные. С документальными родословиями до 17 века. Которые потом будут использоваться для сравнения и неоднократно цитироваться. Вся работа даже по таким крохам займёт три-пять лет упорного труда.
Пока же, в отсутствии выверенных результатов, приходится довольствоваться клесовской болтовней.
Понятное дело, что если трещать без умолку, то можно случайно выдать что-то близкое к истине. Но в последнее время количество озвученных Клесовым глупостей явно превысило зерна здравых размышлений.
То есть это такая же одиозная фигура как Чудинов, Задорнов, Мулдашев, Фоменко и пр. толкователи велесовой книжки.

[Аббат Бузони]

Глупость он сказал, у меня как раз случай когда на 16/17. Учитывая происхождение мы 100% родственники.

Аббат Бузони,

а в каком поколении Вы родственники (16 из 17)?

На расстоянии 5-ти колен пересечений нет (дальше надо в архив), но села рядом и фамилия одна.

[Аббат Бузони]

Глупость он сказал, у меня как раз случай когда на 16/17. Учитывая происхождение мы 100% родственники.

Почему же глупость?
Есть много примеров пар сын / отец с двушаговой разницей.
Речь идёт о среднестатистических величинах.
Так вот по ним выходит, что в большинстве случаев 17 маркерный тест не предполагают документального подтверждения при генетической разнице в 1-2 шага и больше.

Меня и удивило, что речь не о статистике, а в виде аксиомы.

[Mich Glitch]

По поводу 16 матчей на 17 маркеров. Можно ведь и так сказать:
Максимально вероятным временем до общего предка является период в 14 поколений. (См. приложенный рисунок.)
Только надо крепко держать в голове, что эта максимальная пиковая вероятность меньше чем 1.27 процента.

[Mich Glitch]

Увеличение пиковой вероятности (если хотите, можно обозвать её не вполне корректно, но верно по сути - точностью) носит линейный характер.
Увеличили примерно в четыре раза количество рассматриваемых маркеров (с 17 до 67), получили в четыре раза большую пиковую вероятность.
Самое приятное, что и для временного интервала уменьшение носит линейный характер. Было 14 поколений. Стало где-то 3.5.

(И опять же, держим в голове, что на самом деле зависимость носит квадратичный характер: генетическая разница в 1 шаг на 17 маркерах, совсем не то же, что один шаг на 67 маркерах.)

[Mich Glitch]

Mich Glitch, а что это за проект?

Рязанская область (ссылка).

Винницкая область (ссылка).

Статья в RJGG (ссылка).

[Mich Glitch]

Кстати, рассуждалки о том, почему важно выяснять по родословиям средний размер поколенного интервала.
Да всё для тех же исторических реконструкций.
Голосистый певец из параллельного мира не устает повторять, что все свои скорости мутаций он калибровал на поколение в 25 лет. Собственно то, что он делает в 90% случаев (буду щедр  ) и калибровкой-то назвать нельзя. Реккурентные ссылки на собственные предыдущие расчеты. Увязка с легендами и вольно толкуемой историей. А по фамильным родам проработок - шиш.
Ну, да ладно.
Речь не о том.
Просто скорости, полученные (опять буду щедр, правильнее сказать "взятые") паном счетоводом, почти совпадают, скажем, с МакДональдовыми. А ведь у того размеры поколений близки к соренсоновым 30 годам с лишком. (Уже  приводили доводы на форуме, что с годами возрастает количество мутаций. Иными словами, вероятность неизменного генотипа у ребенка для молодого папаши - гораздо выше.)

То есть что получается?

Считая в поколениях - полный порядок.
А вот если для той же скорости мутаций взять временной интервал на 17 процентов меньше (вместо 30 лет - 25), то на столько же процентов и датировки поплывут. На радость новохронологам.
 

[Mich Glitch]

Я исхожу из того, что при расчетах TMRCA надо исходить из экспериментально (путем обработок выборок и архивных данных) полученных скоростей мутаций и размеров интервала.
Могут сказать - эка банальность.
Не так. Диагоналы, например, предпочитают использовать подогнанные размеры поколений. Клесовщина начинается именно с этого.
Далее следуют досужие рассуждалки, например, про возвратные мутации. А почему не поговорить о влиянии лунных циклов? Или о значении Юпитера в Сатурне?
То есть имеет место не попытка вывести скорость мутаций и размер поколенного интервала из отрывочных и скудных данных. Наоборот выводится, на основании произвольно взятых величин, своя датировка, а потом всех специалистов (историков, лингвистов, демографов и др.), не согласных с такой новой хронологией (не в фоменковсокм смысле), объявляют ретроградами и недоумками.

Хорошо на генеалогических временных отрезках. Можно получить и достоверную скорость мутаций и верный поколенный интервал. Затем можно использовать эти величины для сопоставления двух гаплотипов на этой глубине. Можно заползти немного вглубь.
Ну, а как быть на глубине 2 тысячи лет и дальше?
И тут я предполагаю использовать те данные, что есть. За неимением других.

Прозвучали возражения, что средний поколенный интервал в современную эпоху больше, чем в древности. Очень хорошо. Охотно допускаю. Но я использую как аксиому тот факт, что с увеличением возраста отца возрастает число мутаций. Иными словами имея снижение поколенного интервала, одновременно имеем и уменьшение скорости мутаций. Пусть это изменение не линейно, но всё равно оно уменьшает перекос.

Вполне можно, при нынешнем наличии данных и развитии технологий (это я про древнюю ДНК), считать неизменными как скорость мутаций, так и соответствующий им временной интервал. То есть использовать современные, опытным путем полученные данные, для  исторических реконструкций.

[Mich Glitch]

Поясню примером.
Допустим, по современным (на глубину до 400 лет) архивным поискам мы получили средний поколенный интервал 33.3 года. То есть три поколения на 100 лет.
Также предположим, что протестировав группу потомков документально подтвержденных предков, мы получили скорость мутаций 0.002 мутации на маркер на поколение.
Т.е. для группы из трёх потомков общего предка, жившего 400 лет назад, и протестированных по 67 маркерам имеем (400 / 33.3) * 67 * 0.002 * 3 около 5 одношаговых мутации. Точнее, 4.83.

Данные скорость мутации и величину поколенного интервала можно использовать, скажем, на глубину до 1000 лет. Т.е. проводить расчет TMRCA для сходной группы, к примеру, в 3 человека из того же самого региона с дюжиной одношаговых мутаций.

Теперь, допустим, мы предполагаем, что 1000 лет фамильный уклад был отличный от исследованного. В качестве гипотезы принимаем величину в 25 лет.
Так вот, если принять в расчет уменьшение количества мутаций с уменьшением возраста отца, то скорость 0.0015 при поколенном интервале 25 лет означает то же самое, что и скорость мутаций 0.002 при поколенном интервале в 33.3 года. Речь идёт о простой пропорции: 33.3 / 25 = 0.002 / 0.0015.

Понятное дело, что несмотря на конкретные исследования по взаимосвязи мутаций и возраста отцовства, мы не можем утверждать что уменьшение поколенного интервала и скорости мутаций происходят на одну и ту же процентную величину.
Но в том, что направление этих уменьшений совпадают - сомнений нет.

[aklyosov]

Фантастическое непонимание основ ДНК-генеалогии в ее расчетной части.

Уважаемый M-G, если попросите, объясню, а нет - так и помрете в непонимании основ.

Меня вообще поражает эта совковость. За годы советской власти испортили людей тем, что они поверили. что каждая кухарка может действительно управлять государством. Наш M-G в хамских тонах говорит с профессионалом, автором учебников по скоростям реакций, и ему и в голову не приходит, что он влезает в область, в которой ничего не понимает.

Этот комментарий вовсе не  намерение обидеть M-G. Но желание указать ему, что у профессионалов смиренно просят пояснить. А не нахраписто нести чушь.   

Вообще я не понимаю, зачем постоянно на ровном месте переходить на личности, причем не в прямой дискуссии, а за глаза. И, повторяю, в хамском варианте. Это тоже советское наследие?     

Короче, попросите - объясню, потому что у вас действительно фундаментальное непонимание предмета. Вы не один. Недавно я пять раз объяснял рецензенту мой текущей статьи. Наконец он понял. И написал, что он impressed. Но он, не понимая, не хамил. Есть разница.

 

[Grigoriev]

Уважаемый Анатолий, давайте я попрошу.
Мне действительно интересно знать - каким образом корректнее всего считать TMRCA, какие использовать скорости мутаций и т.п. Меня интересует подробный пример расчета с цифрами.
Сразу хочу сказать, что за все время моего "знакомства" с ДНК-генеалогией, я так и не освоил методоы расчета времени общего предка и тп.
Единственная просьба, давайте создадим специальную тему, например "Расчет времени до общего Предка (TMRCA) - А.Клесов" в разделе http://forum.molgen.org/index.php/board,49.0.html

То, что я предложил включить в заголовок темы ваше имя и фамилию, так это потому что, со временем, думаю, появятся и другие "согласные" и "несогласные", или "новаторы" - что очень хорошо (для калибровки), а тут - сразу понятно - кто курирует тему. К тому же - вы - один из основных специалистов в этой области в нашем сообществе.

А еще лучше, создать тему, примерно с таким заголовком:
"Расчет времени до общего Предка (TMRCA). Скорости мутаций. - А.Клёсов"

Что скажете?

[Mich Glitch]

Меня вообще поражает эта совковость. За годы советской власти испортили людей тем, что они поверили. что каждая кухарка может действительно управлять государством. Наш M-G...

Далее M-G заменяем на АК и продолжаем по тексту.

Анатолий, Вы ведь и есть та самая пресловутая совковая кухарка.

И просить мне у Вас ничего не надо.
Прочитал. Разобрался. Понял, что хреновата Ваша вата.
Как там на Валтасаровом пиру? Оценил. Взвесил. Понял, что мало весите.
Несмотря на все Ваши многочисленные ля-ля - не Айс. ©

Ну, а за смирением и почитанием, так это на родство. К своей недумающей и глотающей всё на веру пастве.

Вы меня конечно не спросите, а что надо делать. Самопровозглашенный академический сан не позволяет.

Не для Вас, для других скажу. Помимо очевидных сопоставлений с уже накопленными историческими, археологическими, лингвистическими данными (Вам говорят - Вы слушаете; пытаетсь в меру своего разумения разобраться, почему есть нестыковочки; а не наоборот - яйца кур учат). Так вот, помимо сопоставления своих дилетанстских, любительских выкладок с мнением профессионалов, необходимы следующие, чисто ДНК-генеалогические действия.
Не замыкаясь, на подкупающей своей простотой  (я бы даже сказал, примитивизмом) Y-STR методе, активно сопоставлять данные с мито- (или у Вас мальчики отдельно, а девочки отдельно мигрировали?); с аутосомными STR данными и (самое перспективное) с данными по мультиснип-панелям.

Успехов!