АвторТема: Определение времени до общего Предка (TMRCA)  (Прочитано 78665 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Sawromat

  • лотханкуенпай
  • Сообщений: 39
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-7
    • Страничка на ю-тубе
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #225 : 26 Ноябрь 2012, 22:18:34 »
Savromat, по пяти гаплотипам, по которым вы считали, возраст 265 лет. Правильно?
Общий предок согласно архивам родился или в 1715 или 1717 гг.

Наиболее верный результат выдала формула Клёсова-Рожанского, у них получилось что предок жил всего 360 лет назад, т.е. погрешность составила всего 65 лет.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #226 : 26 Ноябрь 2012, 22:19:49 »
Правильнее же использовать кумулятивные вероятности.
Михаил, абсолютно с Вами согласен, если речь идёт о генеалогических глубинах(до 600-800 лет). На чуть больших возрастах возможны ошибки. А на больших ошибки будут обязательно.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #227 : 26 Ноябрь 2012, 22:23:41 »
Savromat, по пяти гаплотипам, по которым вы считали, возраст 265 лет. Правильно?
Общий предок согласно архивам родился или в 1715 или 1717 гг.

Наиболее верный результат выдала формула Клёсова-Рожанского, у них получилось что предок жил всего 360 лет назад, т.е. погрешность составила всего 65 лет.
Так у меня то точнее!. ;D И это я ещё Ваших гаплотипов не видел. Если бы ещё гаплотипы дали, может ещё точнее посчитал бы.

Оффлайн Sawromat

  • лотханкуенпай
  • Сообщений: 39
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-7
    • Страничка на ю-тубе
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #228 : 26 Ноябрь 2012, 22:28:13 »
Теперь о форме представления.
Клёсов с математикой не дружит. Это факт, если Вы не знали.
Поэтому может осмыслить только представления, типа, 1000±100.
Правильнее же использовать кумулятивные вероятности.

Простой пример. Два 43 маркерных гаплотипа с одним отличным. В поколениях по-клёсовски получим что-то вроде 5±1 (в годах 160±32).
В это представление никак не укладывается естественная минимальная мутационная разница между отцом и сыном (где-то один случай из 5).
А вот если сказать, что с кумулятивной вероятностью в 80% общий предок для этой пары жил не далее 5 поколений назад - то всё просто здорово.

:)

Интересует результат.

Люди придумали формулу, и она у них оказалась наиболее верной. Три другие расчёта оказались менее верными. Конечно все формулы расчета мне неизвестны, кто-то может ещё более точную формулу изобрёл или изобретёт. Но факт остаётся фактом,.

P.S. Пока будем расчеты делать, опираясь преимущественно, на формулу К-Р.

Оффлайн Sawromat

  • лотханкуенпай
  • Сообщений: 39
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-7
    • Страничка на ю-тубе
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #229 : 26 Ноябрь 2012, 22:31:23 »
Так у меня то точнее!. ;D И это я ещё Ваших гаплотипов не видел. Если бы ещё гаплотипы дали, может ещё точнее посчитал бы.
А мы к вам обращались, но у нас как-то не получилось общение. Но впереди ещё будут расчеты по другим гаплотипам, обратимся обязательно ещё раз.

С уважением.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #230 : 26 Ноябрь 2012, 22:34:10 »
Savromat, по пяти гаплотипам, по которым вы считали, возраст 265 лет. Правильно?
Общий предок согласно архивам родился или в 1715 или 1717 гг.

Наиболее верный результат выдала формула Клёсова-Рожанского, у них получилось что предок жил всего 360 лет назад, т.е. погрешность составила всего 65 лет.
Если предок родился в 1715-1717г., то почему Вы считаете возраст предка пяти гаплотипов 295 лет? Разве тестировавшиеся родились в этом году. Если сейчас этим пяти в среднем около 30 лет, то и получается 265 лет. Мой расчёт самый точный.

Оффлайн Sawromat

  • лотханкуенпай
  • Сообщений: 39
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-7
    • Страничка на ю-тубе
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #231 : 26 Ноябрь 2012, 22:38:57 »
Если предок родился в 1715-1717г., то почему Вы считаете возраст предка пяти гаплотипов 295 лет? Разве тестировавшиеся родились в этом году. Если сейчас этим пяти в среднем около 30 лет, то и получается 265 лет. Мой расчёт самый точный.
По вашей формуле получается ему уже 30 лет было: 1717 - (2012-265) = -30.


« Последнее редактирование: 26 Ноябрь 2012, 22:59:45 от Sawromat »

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #232 : 26 Ноябрь 2012, 22:53:18 »
Если предок родился в 1715-1717г., то почему Вы считаете возраст предка пяти гаплотипов 295 лет? Разве тестировавшиеся родились в этом году. Если сейчас этим пяти в среднем около 30 лет, то и получается 265 лет. Мой расчёт самый точный.
По вашей формуле получается ему уже 30 лет было: 1717 - (2012-265) = -30.
Нет, возраст считается между рождением общего предка и средним годом рождения тех, кто тестировался, т.е. носителей гаплотипов, (иначе весь смысл любой формулы теряется). 1717+265=1982г. - средний год рождения людей, чьи гаплотипы обсчитывались.

Оффлайн Sawromat

  • лотханкуенпай
  • Сообщений: 39
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-7
    • Страничка на ю-тубе
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1 (L342.2+)
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #233 : 26 Ноябрь 2012, 23:00:45 »
Нет, возраст считается между рождением общего предка и средним годом рождения тех, кто тестировался, т.е. носителей гаплотипов, (иначе весь смысл любой формулы теряется). 1717+265=1982г. - средний год рождения людей, чьи гаплотипы обсчитывались.
Всё понял. Извиняюсь не сразу дошло до меня, что вы хотели сказать. :)

2) Т.е. получается, в вашей формуле нужно в конце ещё прибавлять средний возраст тестируемых, подсчитанный от их г.р.? Если так, то да, ваш расчет попадает в точку, средний возраст 5 гаплотипов (подсчитанный от их г.р.) - 30 лет.

P.S. Вам скину ещё гаплотипы, для подсчета возраста, для другого рода. Но пока там только 2 человека с 67 маркерами. Как будет третий - напишу вам в приват. Время общего предка этого рода также известно по архивным документам. Если ваш расчет окажется самым верным и для другого рода, будем расчеты делать по вашей формуле, но пока для нас самая верная - это формула К-Р.

С уважением.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #234 : 27 Ноябрь 2012, 12:56:15 »
Правильнее же использовать кумулятивные вероятности.
Михаил, абсолютно с Вами согласен, если речь идёт о генеалогических глубинах(до 600-800 лет). На чуть больших возрастах возможны ошибки. А на больших ошибки будут обязательно.

Я не совсем об этом.
Выражение, типа, 1000±150 претендует на то, что охватывает все возможные варианты.
На самом деле это не так, и за рамками представления, остаётся тот факт, что данный ± имеет в свою очередь какую-то пиковую (т.е. событийную) и кумулятивную вероятности.
Поэтому на мой взгляд, и на взгляд, к примеру, ФТДНА (извиняюсь за дважды повторенную незатейливую шуткульку  :-X ) лучше (в смысле, методически правильнее) использовать просто кумулятивную вероятность.
Но держим крепко в уме, что даже при 99% вероятности остаётся один процент (т.е. всего навсего 1 к 100) того, что ВБОП выбивается за рамки предикта.
Клёсовцы (произносится презрительно, подобно тому, как параллелы произносят популяционные генетики :) ) ничтоже сумнящеся (я думаю, что всё-таки по присущему большинству из них разной степени недоумия) берут наибольшую пиковую вероятность и вокруг неё облепляют ±.
Это работает когда наиболее вероятное событие в процентном отношении ярко выраженное. Т.е. в графическом представлении имеем вытянутый вероятностный колокол.
В случаях же, когда пиковая вероятность меньше 3% и ближайшая к ней событийная вероятность отличается всего лишь третьим знаком после запятой, нужно и должно брать кумулятивную вероятность.

Резюмирую: ± используется для простоты и доходчивости; кумулятивная вероятность используется в том случае, если хочется говорить правильно, профессионально, если хотите.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #235 : 27 Ноябрь 2012, 14:13:19 »
Действительно мы немного о разном, но с вышесказанным я в основном согласен.Я правда при расчётах использую не кумулятивные вероятности, а распределение вероятностей. В скрипте, на который Вы ссылались это левая колонка. И считаю немного по-другому. Но смысл и конечно результат примерно такие же.
Я просто хотел предостеречь от использования этого метода на больших глубинах. На двух гаплотипах, в силу нескольких факторов, это приводит к существенным искажениям. На большем количестве гаплотипов эти факторы тоже никуда не деваются, но там уже появляется статистика. Чем больше статистика, тем ярче выражена пиковая вероятность. И эти гаплотипы  можно обрабатывать другими методами. Наилучшим является метод МВП Адамова-Каржавина. Там нужно только подправить методику расчёта и правильно применять скорости по парам отец-сын (в применении этих скоростей тоже есть свои подводные камни). Скорости по калибровке по известным геналогиям я категорически не признаю.   

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #236 : 27 Ноябрь 2012, 20:45:45 »
Я просто хотел предостеречь от использования этого метода на больших глубинах.
На больших глубинах - ни-ни. :)
Полностью с Вами согласен.

Оффлайн romano_rat

  • Сообщений: 29
  • Рейтинг +4/-0
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #237 : 10 Декабрь 2012, 00:10:16 »






Выходит 390 вместо 850 в статье. Где я ошибся?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2348
  • Рейтинг +724/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #238 : 10 Декабрь 2012, 13:23:23 »
Выборка состоит из 111 17-маркерных гаплотипов европейских цыган Н1а-М82. Ключевым является определение предкового гаплотипа. В представлении YHRD (локусы DYS 19, 389I, 389II-389I, 390, 391, 392, 393, 385a,b, 438, 439, 437, 448, 456, 458, 635, GATAH4) он выглядит следующим образом:

15-14-16-22-10-11-12-15,17-9-11-14-19-15-18-20-12.

Это наиболее часто встречающийся гаплотип, в исследуемой выборке обнаружено 32 штуки.

Далее рассчитаем возраст выборки по логарифмической формуле (общая скорость мутаций для 17-маркерного гаплотипа 0.0439):

TMRCAlog = ln(111 /32) / 0.0439 = 28.3 поколения. 

Для поколенного интервала 30 лет возраст равен 28.3 * 30 = 850 лет.

Оффлайн romano_rat

  • Сообщений: 29
  • Рейтинг +4/-0
Re: Определение времени до общего Предка (TMRCA)
« Ответ #239 : 10 Декабрь 2012, 16:33:20 »
15-14-16-22-10-11-12-15,17-9-11-14-19-15-18-20-12.

Это наиболее часто встречающийся гаплотип, в исследуемой выборке обнаружено 32 штуки.
Понял, значит "количество предковых гаплотипов в выборке" означает сортировку всей матрицы 111*17 по строкам (а не постолбцовую сортировку в матрице), с последующим выведением количества совпадающих с предковым гаплотипом значений.

Остальное понятно. Средняя скорость равна 2.576х10-3, но здесь берётся Σλj, равная 0.0439, скорость по YHRD.org,  2011 и  Burgarella C.&Navascues M., 2011.

Дорабатывать нет времени, переезжаем. Боюсь, что теперь и весь декабрь не будет времени на толковые ответы в цыганской теме.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.