WGS vs [FamilyFinder|MH|others]

[grimsvotn]

Самый убой в том, что есть, скажем, матчи, которые имеются у меня и деда, но нет у отца, или есть у меня и бабки, но нет у матери (и т.п.)

Что тоже настораживает) хотя, у меня для тестов некоторых родичей разные чипы от разных же лабораторий, вероятно ещё дело в качестве прочтения

[Srkz]

У родителей данной персоны нет никаких матчей. Так что весь этот 0.8% - сплошной фейк, но система уже радостно верещит, что это 4th cousin

Самый убой в том, что есть, скажем, матчи, которые имеются у меня и деда, но нет у отца, или есть у меня и бабки, но нет у матери (и т.п.)
Что тоже настораживает) хотя, у меня для тестов некоторых родичей разные чипы от разных же лабораторий, вероятно ещё дело в качестве прочтения

Парни, ну когда нет матчей в отображении, это же не обязательно значит, что там совсем ничего нет. Это значит, что имеющиеся совпадения не прошли фильтры для того, чтобы их добавили в список. Может, там 0,01% длины сегмента не хватило Да хоть бы и 30% не хватило, 70% то остаётся. Или формально не хватает нужного числа снипов при сравнении между двумя чипами, хотя сегмент на месте.

[grimsvotn]

Согласен. Либо по количеству снипов, либо по разнице в длине не прошел

Плюс, замечал и другое (в МХ). Матч есть у меня, но нет ни у кого из четырёх ближайших родичей. Однако, при скрупулезном разборе выясняется, что у данного ghost-сэмпла по in common with есть в матчах те же люди, что и у кого-то из родичей, и у родича с ними матч в той же самой геномной позиции. 

Однако, меня настораживает и другое: имхо, процентов 50% матчей - это устойчивые сегменты, география которых не позволяет утверждать, что тут есть хотя бы элементарный намёк на генеалогический период. Их, устойчивых, уж очень много: геномная позиция (и RSID) одна, а кузены там сидят от Испании до Финляндии. В 90% случаев такие матчи почему-то характерны для (условно) северных народов: шведов, норвежцев, финнов. Что это, наследие мезолитических охотников-собирателей, законсервировавшееся в геноме? Одной только ДНК каких-либо средневековых племён (балтов, германцев, финно-угорских) едва ли объяснишь (да и объяснишь ли?)
Это тоже в некоторой степени нивелирует значимость  autosomal DNA тестов. Лично за себя и ближайшую родню говорю, вероятно, у других форумчан иная ситуация

В общем, благодаря этому, я немного разочаровался в аутосомных тестах, необходимость которых (лично для меня) осталась только в G25 и рассмотрением в контексте близости с aDNA сэмплами (где также миллион нюансов и вопрос в том, что с седых времен ещё могло сохраниться, чтобы хотя бы элементарно матчить в 4-5 см)

[Древ]

Что это, наследие мезолитических охотников-собирателей, законсервировавшееся в геноме?

Верую, что мы просто очень однородная популяция.

[grimsvotn]

Что это, наследие мезолитических охотников-собирателей, законсервировавшееся в геноме?

Верую, что мы просто очень однородная популяция.

Воистину так

[gecube_ru]

Srkz
Я не согласен насчет фильтров. В том плане, что там не «немного не дотянуло», потому что в общем MH и более отдаленную степень родства якобы находит с меньшим размером сегментов. Скорее всего либо артефакт анализа, или обработки….

[Srkz]

Да не так важно, много или немного недотянуло, понятно, что в разных случаях по-разному. По-моему, это артефакт обработки/анализа и есть