АвторТема: Интерпретация результатов размещенных на ГедМатч  (Прочитано 325 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SiberianАвтор темы

  • Сообщений: 50
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: R0
Есть один интересный кейс. Может кто-то из форумчан даст пояснения. Я сделал себе два FF теста. Первый был сделан в ФТДНА, второй - в 23&me. Результаты разместил на ГедМатч. Совпали по номерам первые 7 "совпаденцев". Это мой  тест и шесть тестов близких родственников, которых я и тестировал. Дальше все "поплыло". Я сделал 2 процедуры сравнения результатов на ГедМатч. Сначала взял первые сто по «рейтингу» из теста ФТДНА и, используя электронные адреса, проверил наличие этих адресов в тесте, сделанном в 23&me. Выписал только те пары, которые совпали как по адресам, так и по своим «шифрам». Оба теста были настроены на выгрузку 3000 результатов. Получилось, что из первых ста результатов в тесте, сделанном в ФТДНА, в результатах 23&me было обнаружено 17 совпадений. Этот набор пар чисел будет показывать рейтинг «ФТДНА» – рейтинг «23&me». Вот что получилось 1-1, 2-2, 3-3, 4-4, 5-5, 6-6, 7-7, 9-10, 11-2154, 12-239, 13-2298, 21-15, 39-2237, 49-57, 79-702, 82-23, 99-1525. Следующий набор пар чисел будет показывать обратное сравнение рейтинг «23&me» - рейтинг «ФТДНА»  1-1, 2-2, 3-3, 4-4, 5-5, 6-6, 7-7, 10-9, 11-491, 15-21, 23-82, 31-2639, 35-1833, 62-280, 73-1934, 85-181, 92-1925. Также 17 пар совпадений. Но никакой иной закономерности я не увидел. Первое, что приходит в голову – огромный уровень ошибки при интерпретации результатов разными алгоритмами. Что подтверждает вывод, что эта наука дает довольно точные результаты на глубину до 5-6 поколений. Или есть другая интерпретация?

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4036
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1541/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Смотрите, тут сразу вопрос:

По какому критерию выбраны были 100   позиций? Объективно их может быть не менее двух. Самые простые - по общему пересечению, по наибольшему сегменту, по количеству значимых сегментов. Можно и глубже копнуть.

Оффлайн SiberianАвтор темы

  • Сообщений: 50
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: R0
Total cM

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7913
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4474/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
На это можно посмотреть с другой стороны бинокля )) Условно, пусть по тесту из FTDNA с персоной Н насчитали 99.4% несовпадающей ДНК, и 0.6% возможно, совпадающей. А по тесту из 23andMe 99.7% несовпадающей, и 0.3% возможно, совпадающей. Формально по второму показателю тут огромная разница в два раза, но по первому-то одно и то же: неопределённо далёкое родство, поскольку подавляющая часть ДНК не совпадает и достаточной информации для оценки уровня родства уже просто не осталось.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 16647
  • Страна: az
  • Рейтинг +5568/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Цитировать
Первое, что приходит в голову – огромный уровень ошибки при интерпретации результатов разными алгоритмами. Что подтверждает вывод, что эта наука дает довольно точные результаты на глубину до 5-6 поколений. Или есть другая интерпретация?
В ряде редких случаев - до 8 поколений. А дальше начинаются бесконечные попытки уловить мелодии Моцарта в шуме прибоя :)

Оффлайн SiberianАвтор темы

  • Сообщений: 50
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: R0
На счет "прибоя" у меня сомнений нет, но если речь идет об интерпретации результатов анализа образцов, то хотелось бы понимать и математическую составляющую. В том числе то, что называется "доверительный интервал"
Сразу фиксирую, что относительная "работоспособность" этой науки мною проверена эмпирическим путем и особых сомнений не вызывает. Вопрос именно в "абсолютных величинах", применимости моделей и т.д.
Вот еще один кейс 
(размеры и число "кусочков" пока не привожу, дабы не перегружать информацией).
Мой тест FF, хоть и сделан в ФТДНА, размещен также и на МН (насколько я знаю тесты МН анализируются в лаборатории ФТДНА). Есть совпаденец, назовем его W1. Он сделал тест себе и еще своей матери W2. Оба теста размещены на МН, откуда они "перекочевали" на ГедМатч. В моем "рейтинге" МН тест W1 имеет номер 8. Тест W2 в моем рейтинге отсутствует... Но тест W2 есть рейтинге моей тетки за номером 31 все в том же МН. Тест W1 в рейтинге тетки тоже есть, за номером 102
Теперь смотрим мой ГедМатч. Сначала перенесенный с ФТДНА. Там тест W2 в наличие и занимает номер 83, а тест W1 занимает номер 182... Теперь смотрим сравнение с моим тестом, перенесенным с 23&me Тест W2 занимает номер 23, а тест W1 занимает номер 85.
У тетки на ГедМатч оба теста логично занимают номера 11 W2 и 27 W1
Еще у одной родственницы по этой линии на ГедМатч оба теста занимают номера 17 W2 и 28 W1. Но с тестом W2 у нее совпадений на МН нет,
Это что - ошибка программы МН? Кто-нибудь сталкивался с подобной ситуацией?
« Последнее редактирование: 14 Август 2023, 10:10:26 от Siberian »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7913
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4474/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
На счет "прибоя" у меня сомнений нет, но если речь идет об интерпретации результатов анализа образцов, то хотелось бы понимать и математическую составляющую. В том числе то, что называется "достоверный интервал"
Достоверный интервал чего? Этот параметр ведь должен сначала применяться к первичным измерениям, верно? Которые вы решили здесь не приводить, чтобы не перегружать информацией :) Распространённый подход (к сожалению), но в данном случае это не страшно, потому что примерно и так можно предположить, что там намерили.

А в ранжировании измерений по списку и подсчёте получившихся мест какой может быть универсальный достоверный интервал? Если провели тысячу измерений почти одинаковых значений и их отсортировали, это одно. Если провели шесть измерений значительно отличающихся значений - другое.

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 531
  • Страна: ru
  • Рейтинг +157/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1 и H5b9
-приборы
-5
-что 5?
-а что приборы?

У вас 2 отличающихся результата тестов - 23 и mh/ftdna, потому что чипы с наборами снипов разные.
И 3 прибора (методики/алгоритма) сравнения и ранжирования.
О каких одинаковых массивах может быть речь.

Оффлайн SiberianАвтор темы

  • Сообщений: 50
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: R0
Вопрос скорее (для меня) методологический. Если МН по какой-то причине совпадение между тестами А и В не показал, то откуда возникли эти совпадения на Гедматч, если тесты А и Б были (в виде неискаженной матрицы?) перенесены именно с МН. Полагаю, что в этом аспекте величина цифр в См пока не важна. Я связался с совпаденцем. Предки происходят из одной округи
ЗЫ. в этом кейсе 23 вообще можно вынести за скобки. Здесь "чистый эксперимент". Тест, сделанный в МН на базовой платформе совпадение не показывает. А на "вторичной" (платформе- коллекторе) совпадения определены

Онлайн Древ

  • Сообщений: 450
  • Страна: ru
  • Рейтинг +113/-2
  • Y-ДНК: I-PH1410
  • мтДНК: H5a1a*
Siberian
Накину для информации.
Разные сайты понятие "совпаденец" трактуют по-разному. Гедматч славится тем, что улавливает крошечное совпадение, докидывает туда всякую всячину из этнофона и получает некий "солидный" результат, а на деле там ни общих фамилий, ни общих регионов - вообще никакой связи.
МХ и фтДНА тоже совпаденца чаще показывает, даже если по факту это просто этнофон. Вот Генотек намного жёстче к этому.
У меня примерно 70% совпаденцев, которых я уговорил залиться на Генотек, там в числе совпаденцев не появились.

Я бы на вашем месте изменил в принципе методологию исследования и фильтровал бы по наибольшему сегменту, а не по тоталу. Скорее всего, тогда результаты станут более схожими у фтДНА и 23ми.

Оффлайн SiberianАвтор темы

  • Сообщений: 50
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: R0
За почти 10 лет я убедился в том, что найти близкого родственника через любой FF это большая удача. Мне условно повезло только один раз - выскочил совпаденец с 2,5%, я успел написать письмо. Но он (или она) тут же аккаунт закрыл и на письмо не ответил... У меня остался только один праздный интерес - попробовать проследить путь миграции линий семьи отца. Слишком много "нелогичных" совпадений по этой линии. А так родство можно подтвердить только через архивный поиск. На МН нашел 5-ти юродную сестру (без теста, просто в базе "переписчиков"). Но она тут же перестала отвечать.  Мне удалось найти 2-х потенциальных очень дальних родственников. В одном случае возможный общий предок жил в середине 18 века, а в другом - вообще в середине 17. Но с первым в силу определенных обстоятельств связь оборвалась. И второй, хоть относительно "свежий", но тоже пропал со связи. Даже если они и найдутся, не факт, что станут делать тест.
Что касается ГедМатч и МН, в моем случае обратная картина: для теста, с которым у меня есть совпадение (сын, W1) МН насчитал 56/ 29 См (общий/ больший), а вот ГедМатч "насчитал" для этого же теста 27.3/27.3 и 31.6/31.6 Вот я, как профессиональный зануда,  могу понять, почему сравнивая 2 мои образца с одним и тем же образцом W1 ГедМатч дает разные цифры. А вот почему МН для 2-х тестов не дает совпадений с матерью этого совпаденца (W2) для меня загадка. У МН дурная форма обратной связи. А звонить с мобильного за бешенные деньги с цель попытки разобраться - как-то в лом
« Последнее редактирование: 14 Август 2023, 12:11:57 от Siberian »

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8403
  • Страна: ar
  • Рейтинг +936/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Несколько дней назад увидел в гедматч новое близкое сопадение. Оказалось, это образец мой троюродной племянницы. Связи наших семей потеряны были лет 70 назад. Если бы она не разместила родословную, я бы, наверное, не обратил внимания
« Последнее редактирование: 14 Август 2023, 21:14:47 от Yurgan »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.