АвторТема: Как предсказывают гаплогруппу по STR-маркерам?  (Прочитано 1828 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AnikАвтор темы

  • Сообщений: 15
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1a

https://disk.yandex.ru/i/fIQa98UAzvnSfg
Простите за паузу и благодарю за внимание :D Эту картинку нужно понимать как мой гаплотип (верхняя строка) в ближайшем окружении ему подобных по убыванию? Тогда возвращаясь к началу обсуждения, как это по Вашему соотносится с возможным более глубоким субкладом, хотя бы следующим за M198. Можно ли как то его уточнить без доп.затрат? не окажутся ли эти траты лишними? и на много ли принципиально продвинутся мои знания об этом учитывая, что даже с ближайшими STR такая большая разница. Мне бы M417 зафиксировать, а то уже R1a Z282 выдают как доказанное. Мне интересно, из чего делается такой вывод? Можете изложить алгоритм доказательств?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17529
  • Страна: az
  • Рейтинг +6181/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Цитировать
Мне бы M417 зафиксировать, а то уже R1a Z282 выдают как доказанное. Мне интересно, из чего делается такой вывод? Можете изложить алгоритм доказательств?
Дражайший новичок, коллега чётко и бесплатно написал Вам вероятностный процент предикции. "Выдавать за доказанное" и прочую светотень здесь углядели только Вы сами.
Пройдите более глубокий тест - получите 100%-ную вероятность, без необходимости читать Вам лекции о принципах Y-STR предикции.

Оффлайн AnikАвтор темы

  • Сообщений: 15
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1a
Цитировать
Мне бы M417 зафиксировать, а то уже R1a Z282 выдают как доказанное. Мне интересно, из чего делается такой вывод? Можете изложить алгоритм доказательств?
Дражайший новичок, коллега чётко и бесплатно написал Вам вероятностный процент предикции. "Выдавать за доказанное" и прочую светотень здесь углядели только Вы сами.
Пройдите более глубокий тест - получите 100%-ную вероятность, без необходимости читать Вам лекции о принципах Y-STR предикции.
И Вам спасибо. Искренне говорю. Только не надо нервничать, не хотите "бесплатно" не отвечайте. Я не вижу "четко... вероятностный процент предикции" R1a Z282 (от нее предлагалось "чертить отдельную стрелку для себя"). Поэтому и спрашиваю. Как оно работает? "предикция" с поляком 79 и 95%? Почему надо тестить z645? Это из вашего опыта? Вы из картинки видите что все они Z280 поэтому моя ветка где то рядом? Почему программа этого не видит. И еще. Как вообще такое возможно? Если у них такой необычный гаплотип, но они все равно по снипу Z280! Для меня это открытие! Признаюсь, мои представления на этом перевернулись. Я когда читал того же Клесова часто видел этот базовый гаплотип Z280 и думал, что оно фиксировано, а отличия в каких то других маркерах. А оно вота чо!  ;D У ближайшего поляка R-FT216440 и с такими же первыми цифрами как у меня оно почему то входит и в R1a Z282 и даже R1a Z280!  ???

Оффлайн DELTA

  • Сообщений: 1124
  • Страна: ru
  • Рейтинг +419/-0
  • Y-ДНК: I2a-Y3120--PH908--FTT65; род деда N1a-L550
  • мтДНК: W6a4
Цитировать
Мне бы M417 зафиксировать, а то уже R1a Z282 выдают как доказанное. Мне интересно, из чего делается такой вывод? Можете изложить алгоритм доказательств?
Дражайший новичок, коллега чётко и бесплатно написал Вам вероятностный процент предикции. "Выдавать за доказанное" и прочую светотень здесь углядели только Вы сами.
Пройдите более глубокий тест - получите 100%-ную вероятность, без необходимости читать Вам лекции о принципах Y-STR предикции.
И Вам спасибо. Искренне говорю. Только не надо нервничать, не хотите "бесплатно" не отвечайте. Я не вижу "четко... вероятностный процент предикции" R1a Z282 (от нее предлагалось "чертить отдельную стрелку для себя"). Поэтому и спрашиваю. Как оно работает? "предикция" с поляком 79 и 95%? Почему надо тестить z645? Это из вашего опыта? Вы из картинки видите что все они Z280 поэтому моя ветка где то рядом? Почему программа этого не видит. И еще. Как вообще такое возможно? Если у них такой необычный гаплотип, но они все равно по снипу Z280! Для меня это открытие! Признаюсь, мои представления на этом перевернулись. Я когда читал того же Клесова часто видел этот базовый гаплотип Z280 и думал, что оно фиксировано, а отличия в каких то других маркерах. А оно вота чо!  ;D У ближайшего поляка R-FT216440 и с такими же первыми цифрами как у меня оно почему то входит и в R1a Z282 и даже R1a Z280!  ???

По STR маркерам идет лишь предположение ветви на основании совпадении (похожести) гаплотипа с гаплотипами в базе данных. В Вашем случае маркеров мало и нет хорошего совпадения с гаплотипами в базе. Поэтому в Вашем случае предположение по имеющимся STR маркерам не покажет желаемого результата, поэтому Вам надо тестировать SNP мутации для определения своей ветви и исключения других параллельных вариантов ветвей. Так как Вы относитесь к крымским грекам, то вероятность типичных славянских ветвей куда ниже и точность прогнозов заметно снижается.
У древних ветвей типа Z280 был гаплотип, который менялся от формирования до разделения; последующие потомки тоже имели свои мутации STR маркеров, но если у потомков протестировать SNP мутацию Z280, то она будет положительной, так как это очень древний предок.
У ветви Z280 https://www.yfull.com/tree/R-Z280/ можно посмотреть предполагаемый гаплотип, в строке ветви после TMRCA 4600 ybp есть белый блок info, нажав на который откроется окно и там будет вкладка STRs.
« Последнее редактирование: 08 Август 2023, 20:11:29 от DELTA »

Оффлайн AnikАвтор темы

  • Сообщений: 15
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1a
Спасибо за помощь. Я посмотрел по ссылке для z280, там уже 824 этих STR. Это и есть базовый гаплотип для субклада? Но что тогда значит "базовый"? Фиксированный для всех, входящих в него, или только для 99,99 и возможны исключения? В этом случае, классификация не точная, если такое допускает? Тогда проблема в том, что нюанс этот мало освещается, что и вводит в заблуждение. Если уже начиная с первых, самых стабильных 13-25-16... возникает такой перекос. И у "моего" поляка с его 13-26-17... выходит всё та же ветка в классификации z280! Я пока такую "кашу" не могу принять и по прежнему жду пояснительную бригаду :o

Оффлайн DELTA

  • Сообщений: 1124
  • Страна: ru
  • Рейтинг +419/-0
  • Y-ДНК: I2a-Y3120--PH908--FTT65; род деда N1a-L550
  • мтДНК: W6a4
Это средний гаплотип для Z280 на основании 1268 имеющихся образцов, эдакая "средняя температура по больнице". Гаплотип это один из инструментов для определения ветви гаплогруппы на основании сравнения с другими гаплотипами у которых также проверены и SNP мутации. То есть гаплотип сравнивается с гаплотипами из базы, допустим гаплотип похож на гаплотип условного Васи, у Васи ветвь условно 123, значит исследуемый гаплотип может иметь ветвь как у Васи с вероятностью допустим 80%, так как имеется генетическая дистанция в 5 шагов на 37 маркерах.
Гаплотип STR маркеров это инструмент прогноза ветви гаплогруппы, а тест SNP мутаций подтверждает или опровергает этот прогноз. Маломаркерные тесты лишь показывают базовую гаплогруппа R1a и может древние ветви. На основании этноса и территории можно делать дальнейшие прогнозы, опять лишь прогнозы. На основании Ваших маркеров можно пока предположить лишь древнюю ветвь Z645 типичную для индоевропейцев, а вот дальше вопрос, который можно разрешить лишь проверкой SNP мутаций. В целом для R1a даже минимально рекомендуют делать не менее 67 маркеров из за гомоплазии гаплотипов.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1205/-2
... по прежнему жду пояснительную бригаду :o

Ссылку на книгу Дэвида Вэнса о тестировании Y-ДНК я уже давал, но вот она еще раз: https://forum.molgen.org/index.php/topic,13858.msg555669.html#msg555669
Это если коротко, можете полный вариант прочитать на английском. 99,99% вопросов отпадут.
Он записал и 3 коротких видео, первое здесь: https://youtu.be/RqSN1A44lYU

В этом случае, классификация не точная, если такое допускает? Тогда проблема в том, что нюанс этот мало освещается, что и вводит в заблуждение. Если уже начиная с первых, самых стабильных 13-25-16... возникает такой перекос. И у "моего" поляка с его 13-26-17... выходит всё та же ветка в классификации z280! ...

Гаплогруппу определяет СНИП, а не STR. Вы исходите из того, что STR является основным для классификации, а это не так. Z280 это название снипа и гаплогруппы. По STR гаплогруппу можно предсказать с некоторой вероятностью и различия в значениях нескольких STR-маркеров у нескольких тысяч человек конечно есть, даже в самых медленных, или если хотите "основных". Если взять "адресную" аналогию Вэнса, то Z280 соответствует может городу Вологда, но это совершенно не означает, что у всех проживающих в этом городе один регистрационный номер машины или одна улица и дом. Гаплогруппу можно определить по 12 или 25 маркерам, иногда это не удается, но тут важна схожесть всего гаплотипа, а не один два маркера.

Оффлайн AnikАвтор темы

  • Сообщений: 15
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1a
Спасибо всем за просвещение, наконец дошло! Книжку также прочел и уточнил несколько нюансов, в т.ч. про базовый или модальный, т.е. тот, что у большинства. Понял почему пророчите z282, это на 5-6 мутаций отлично от ближайших совпаденцев с картинки, у которых всех определен z280. И это, вероятно, будет отдельная ветка. Что ж, все это разумно и в итоге я уже что-то получил. Это однозначно европейцы, может Балканы или Причерноморье, может даже ахейцы ;D.
Последний вопрос - где и по чем в России делают одиночные СНИП?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1205/-2
Последний вопрос - где и по чем в России делают одиночные СНИП?

Зачем вам одиночный снип - Z280 будете проверять? Снипы такого уровня нет особого смысла тестировать отдельно - они вам в плане информации ничего не дадут.
Одиночный снип имеет смысл делать только в проекте в котором много тестов или только для отбора кандидатов на более продвинутые тесты.
Сделайте аутосомный тест в Генотеке (российская компания) - получите данные для поиска родственников и общие Y- и митогаплогруппы. Z280 должна определятся в таком тесте, мне 23andme дал на шаг глубже, LivingDNA на два. Как FTDNA будет выдавать гаплогруппы пока не известно, но должно быть на том же уровне (технология теста одинакова). Если вас интересует только гаплогруппа высокого уровня, то этого будет достаточно.
А если цель глубоко закопаться в свою Y-ДНК, то сразу надо ориентироваться на BigY или полный геном.

Оффлайн AleksG

  • Maternal Y-DNA: R-L365->YP940>R-FT439430
  • Сообщений: 1011
  • Страна: 00
  • Рейтинг +438/-4
  • Y-ДНК: Q-PH2513
  • мтДНК: U5a1a1a
если происхождение из юго-западных регионов России (Порубежье) высока вероятность что это CTS3402.  Генотек его возьмет.

Оффлайн AnikАвтор темы

  • Сообщений: 15
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1a
Последний вопрос - где и по чем в России делают одиночные СНИП?

Зачем вам одиночный снип - Z280 будете проверять? Снипы такого уровня нет особого смысла тестировать отдельно - они вам в плане информации ничего не дадут.
Одиночный снип имеет смысл делать только в проекте в котором много тестов или только для отбора кандидатов на более продвинутые тесты.
Сделайте аутосомный тест в Генотеке (российская компания) - получите данные для поиска родственников и общие Y- и митогаплогруппы. Z280 должна определятся в таком тесте, мне 23andme дал на шаг глубже, LivingDNA на два. Как FTDNA будет выдавать гаплогруппы пока не известно, но должно быть на том же уровне (технология теста одинакова). Если вас интересует только гаплогруппа высокого уровня, то этого будет достаточно.
А если цель глубоко закопаться в свою Y-ДНК, то сразу надо ориентироваться на BigY или полный геном.
Это который «происхождение» стоит 7 тыс.? Может опять чо не понимаю? Посмотрел, так и не нашел сколько маркеров делают. Мне такое даром не нужно. За последние 300 лет (10 поколений) о себе я знаю несравненно больше, чем их фантазии, а дальше этого никакие аутосомы не помогут. Родственников я не ищу, неандертальцами не интересуюсь. Есть анализ отдельных мутаций, стоит 10 тыс. за одну. Наверно, это и будет одиночный СНИП? Тогда почему так дорого? Судя по цене общего, за эти деньги можно штук 10 заказать, чтоб наверняка. ;D

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1205/-2
Это который «происхождение» стоит 7 тыс.? Может опять чо не понимаю?

Да, его будет достаточно. Скидки на него сейчас редко бывают.

Посмотрел, так и не нашел сколько маркеров делают.

STR-маркеров они не делают. Для подтверждения гаплогруппы, даже на уровне Z280 нужен снип, а не STR-маркер. В аутосомный тест входит около 4000 снипов на Y-хромосоме (высокого уровня по всем гаплогруппам) - этого будет достаточно для определения снипа на том уровне, который вас пока интересует.

Есть анализ отдельных мутаций, стоит 10 тыс. за одну.

Думаю, что это другое, да и для клинических исследований по генетическим предрасположенностям.

Мне такое даром не нужно. За последние 300 лет (10 поколений) о себе я знаю несравненно больше, чем их фантазии, а дальше этого никакие аутосомы не помогут. Родственников я не ищу, неандертальцами не интересуюсь.

Это бонусом, может ваша родня не знает так глубоко свою генеалогию. Самое дешевое в плане отдельных снипов YSEQ (немецкая компания, щетки могут выслать по России, обратно в Германию обычным письмом) - 18$ за снип, но тогда уже лучше брать или панель (если очень глубоко не интересует), либо копить на полный геном, 400$. Если предположить, что простой аутосомный тест может определить хотя бы на шаг глубже Z280, то будет разумно сделать такой тест, а потом уже определяться, что делать дальше.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 605
  • Страна: hn
  • Рейтинг +311/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Полный геном несколько раз в год бывает по 199$.

Оффлайн Древ

  • Сообщений: 692
  • Страна: ru
  • Рейтинг +182/-2
  • Y-ДНК: I-PH1410
  • мтДНК: H5a1a*
Anik
Если вас интересует только и исключительно Y, ну так и сделайте на него глубокий тест.
NathanS вам верно пишет.
"обмануть систему" сделав самый дешёвый тест + предикция, не получится. 
Тест на снип хорош, когда у вас есть команда из 10 родственников, сделавших тесты и тогда да, вы и так примерно знаете где вы на древе и можете одним точечным анализом снипа удостовериться в этом.
А если вы, как большинство энтузиастов, первый в своём роду человек с тестом, ну так и станьте тем столпом на который смогли бы опереться другие. Сделайте BigY или ПГ.

Оффлайн AnikАвтор темы

  • Сообщений: 15
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: R1a
Это за 400$? У меня нет денег на эти цели. Моя большая семья не поймет «хобби» почти в половину папиной зарплаты.
Полный геном несколько раз в год бывает по 199$.
Так, для интереса. Можно узнать когда и где происходит такое событие? ;D

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.