АвторТема: Совпадение маркёров. Когда же жил общий предок?  (Прочитано 15521 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17515
  • Страна: az
  • Рейтинг +6169/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
В статье Дмитрия Адамова «Расчёт возраста общего предка по мужской линии для «чайников»» есть следующие утверждения о зависимостях ВБОПа от длины совпавших гаплотипов:

12 маркёров: 1-77 поколений назад.
17 маркёров: 1-54 поколений назад.
67 маркёров: 1-14 поколений назад.

В статье Анатолия Клёсова «Се- человек» есть следующие утверждения:

12 маркёров: 1-29 поколений назад.
25 маркёров: 1-13 поколений назад.
59 маркёров: 1-5 поколений назад.

Как видим, судя по 12-маркёрным гаплотипам, данные Клёсова омолаживают предка втрое по сравнению с Адамовым.

Кроме того, в статье Клёсова упоминаются статистические таблицы, описывающие все варианты генеалогических шагов в сторону при любом числе маркёров, и как это сказывается на вероятности нахождения общего предка любое количество лет назад.

Вопросы:
1) В чём причина столь значительных отличий?
2) Где можно посмотреть упомянутые таблицы?

)Добавлю, что в обоих случаях речь о 95% вероятности(

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9639
  • Страна: kz
  • Рейтинг +945/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Cе-человек писался на основе одного метода расчета, а Адамов там вроде два метода использует.
П.С. по ТРМСА плаваю, надеюсь поняли что хотел сказать.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17515
  • Страна: az
  • Рейтинг +6169/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Асан, верить-то кому? Вот найду я совпаденца по 12 маркёрам. 77 и 29 - слишком разные цифры. На какую опираться?

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 596
  • Страна: il
  • Рейтинг +123/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
FTDNA даёт разные цифры:
1. для скорости мутаций 0.002 95% Confidence Interval 1-77.
2. для скорости мутаций 0.004 95% Confidence Interval 1-38.
3. для скорости мутаций 0.004 95% вероятность (не Confidence Interval ) 29 или 31.
http://nitro.biosci.arizona.edu/ftdna/12-0-0.html
http://www.familytreedna.com/faq-markers.aspx
« Последнее редактирование: 27 Апрель 2010, 08:34:58 от dima75 »

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9639
  • Страна: kz
  • Рейтинг +945/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Cе-человек писался на основе одного метода расчета, а Адамов там вроде два метода использует.
П.С. по ТРМСА плаваю, надеюсь поняли что хотел сказать.
Больше доверяю Дмитрию. ИМХО, так как по ТРМСА не разбираюсь на хорошем уровне.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8458
  • Страна: ar
  • Рейтинг +965/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
В статье Дмитрия Адамова «Расчёт возраста общего предка по мужской линии для «чайников»» есть следующие утверждения о зависимостях ВБОПа от длины совпавших гаплотипов:

12 маркёров: 1-77 поколений назад.
17 маркёров: 1-54 поколений назад.
67 маркёров: 1-14 поколений назад.

В статье Анатолия Клёсова «Се- человек» есть следующие утверждения:

12 маркёров: 1-29 поколений назад.
25 маркёров: 1-13 поколений назад.
59 маркёров: 1-5 поколений назад.

Как видим, судя по 12-маркёрным гаплотипам, данные Клёсова омолаживают предка втрое по сравнению с Адамовым.

Кроме того, в статье Клёсова упоминаются статистические таблицы, описывающие все варианты генеалогических шагов в сторону при любом числе маркёров, и как это сказывается на вероятности нахождения общего предка любое количество лет назад.

Вопросы:
1) В чём причина столь значительных отличий?
2) Где можно посмотреть упомянутые таблицы?

)Добавлю, что в обоих случаях речь о 95% вероятности(
Все относительно.
На 67 маркерах, как показывает статистика, действительно, может быть одна мутация на 14 поколений, если сравниваются люди, предок которых жил не более 400 назад. Но может быть и две.
А вот для лиц, предок которых жил лет 750  (как Гедиминовичи) или 950 (как Мономашичи) в среднем 3,5 поколения.
Этоя проверил также на Макдональдах и других родах.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 1756
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Асан, верить-то кому? Вот найду я совпаденца по 12 маркёрам. 77 и 29 - слишком разные цифры. На какую опираться?

Не заморачивайтесь, Фаррух. 1 и 77 ещё более разные цифры, чем 29 и 77.  :)
 
А различие возникает потому, как предполагаются разные модели распределения. В первом случае (77) - пуассоновское, а во втором (29) очевидно, нормальное, причём, считаемое от  предка, а не между двумя современными гаплотипами, как положено. На самом деле, для наблюдаемых (а не реально произошедших) мутаций не верно ни то - ни другое.
 
Но в данном случае ближе к истине - Пуассон. Причем если учесть что при совпадении гаплотипа не исключается возможность возвратных и параллельных мутаций в ветвях до общего предка, то 95-процентный квантиль отодвинется ещё дальше.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17515
  • Страна: az
  • Рейтинг +6169/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Сводная таблица

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 596
  • Страна: il
  • Рейтинг +123/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Сводная таблица
Это модель ФТДНА для скорости мутаций 0,004. Тот же Клёсов принимает скорость, близкую к 0,002,

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2403
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
В статье Дмитрия Адамова «Расчёт возраста общего предка по мужской линии для «чайников»» есть следующие утверждения о зависимостях ВБОПа от длины совпавших гаплотипов:

12 маркёров: 1-77 поколений назад.
17 маркёров: 1-54 поколений назад.
67 маркёров: 1-14 поколений назад.

В статье Анатолия Клёсова «Се- человек» есть следующие утверждения:

12 маркёров: 1-29 поколений назад.
25 маркёров: 1-13 поколений назад.
59 маркёров: 1-5 поколений назад.

Как видим, судя по 12-маркёрным гаплотипам, данные Клёсова омолаживают предка втрое по сравнению с Адамовым.

Кроме того, в статье Клёсова упоминаются статистические таблицы, описывающие все варианты генеалогических шагов в сторону при любом числе маркёров, и как это сказывается на вероятности нахождения общего предка любое количество лет назад.

Вопросы:
1) В чём причина столь значительных отличий?
2) Где можно посмотреть упомянутые таблицы?

)Добавлю, что в обоих случаях речь о 95% вероятности(

Расчет для 12, 17 и 67 локусов был сделан Адамовым по модели IAM (Infinite Alleles Model, Walsh, 2001). Скорость мутаций была принята равной 0.002. Ясно, что это упрощенная модель, основанная на распределении Пуассона. Целью было показать характерную ширину распределения. Если считать с учетом возвратных мутаций (SMM - Stepwise Mutational Model), то доверительный интервал еще более увеличится (расширится).

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17515
  • Страна: az
  • Рейтинг +6169/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Да, я также ориентируюсь на данные Адамова.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17515
  • Страна: az
  • Рейтинг +6169/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Совпадение маркёров. Когда же жил общий предок?
« Ответ #11 : 13 Сентябрь 2011, 13:22:01 »
Одной из важных целей прохождения теста на Y-ДНК является поиск совпаденцев - людей, с которыми у вас совпадает хотя бы первая панель маркёров.

FTDNA с вероятностью 95% так распределяет совпадения, и, соответственно время жизни ближайшего общего предка (в поколениях):

10 из 10 маркёров - 0...72 поколения назад
12 из 12 маркёров - 0...29 поколений назад
25 из 25 маркёров - 0...13 поколений назад
37 из 37 маркёров - 0...7 поколений назад
67 из 67 маркёров - 0...6 поколений назад

Допустим, у двух поциентов совпало 67/67. То есть их ближайший общий предок приходится им самое ранее прапрапрапрадедом (1 поколение - отец, 2 поколения - дед, 3- прадед, 4 - прапрадед, 5 - прапрапрадед, 6 - прапрапрапрадед).

У меня вопрос. Кто-нибудь сверял эту ситуацию по Макдональдам? Основатель клана МакДональдов Джон МакДональд Лорд Островов родился в 1386 г. (см. древо клана МакДональдов). То есть 625 лет назад или примерно 25 поколений назад.

Однако у современных мужчин этого клана совпадают первые 25 маркеров:
13-25-15-11-11-14-12-12-10-14-11-31-16-8

что по таблице FTDNA даёт всего лишь 13 поколений назад, т. е. омолаживает ВБОП вдвое.

И как же быть? Может, составить другую таблицу?
« Последнее редактирование: 13 Сентябрь 2011, 15:35:54 от Farroukh »

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 596
  • Страна: il
  • Рейтинг +123/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Совпадение маркёров. Когда же жил общий предок?
« Ответ #12 : 13 Сентябрь 2011, 14:28:41 »
Да. ФТДНА очень оптимистична при расчёте ВБОП. Хотя на другой странице
http://nitro.biosci.arizona.edu/ftdna/12-0-0.html
они дают уже нормальные цифры для скорости мутаций 0,002 на маркер.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17515
  • Страна: az
  • Рейтинг +6169/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Совпадение маркёров. Когда же жил общий предок?
« Ответ #13 : 13 Сентябрь 2011, 15:37:54 »
Дим, может составим скорректированную таблицу по МакДональдам?

P. S. Освой Мурку и построй в ней древо своего кластера.

Оффлайн Камарицкий

  • Сообщений: 736
  • Страна: et
  • Рейтинг +75/-6
  • Y-ДНК: z-92
Re: Совпадение маркёров. Когда же жил общий предок?
« Ответ #14 : 13 Сентябрь 2011, 18:17:16 »
пользуются теми моделями распределения - которые общеизвестны и есть в любом учебнике элементарной статистики.
На сколько это репрезентативно характеризует реальное распроделение - никто не задается вопросом, а надо бы.
По факту необходимо оценить - сколько наблюдений должно быть выполнено для получения репрезентативности выборки хотябы при применении стандартного распределения, про вычисление корреляционных связей я уже молчу.
Собственно пока для исследований не будет применен классический алгоритм статичтических иследований, хотябы в рамках 3 курса любого вуза биологической направленности, о чем то серьезном речь не может идти вообще.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.