АвторТема: Почему древо мтДНК так плохо ветвится?  (Прочитано 1038 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Почему древо мтДНК так плохо ветвится?
« Ответ #15 : 24 Июль 2023, 10:32:10 »
Простой человек способен на это повлиять?
Например, как писал NathanS люди редко заливаются в генбанк... а может быть генбанк выделил бы новую ветвь и тогда её выделил бы и YFULL.

Если вы посмотрите на другую часть написанного NathanS, то увидите, что даже если будут много заливать, особого толку не будет, тк нет толпы желающих с этим работать. Монополистами являются FT (ничего не публикуют с 2012г) и YFull. Я прекратил работать в 2013, Маннис - в 2016.

И даже если целый полк будет работать, см главную причину в то же посте NathanS: молекула короткая, мутаций мало.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Почему древо мтДНК так плохо ветвится?
« Ответ #16 : 24 Июль 2023, 10:34:58 »
А на деле может быть 5000 лет назад?)

может
но скорее чуть помоложе

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Почему древо мтДНК так плохо ветвится?
« Ответ #17 : 24 Июль 2023, 11:13:41 »
И то большое число, и это.

Здесь может иметь значение, что основной рост человеческой популяции пришелся на последние тысячелетия. Пусть есть мт и У клады древностью 6000 лет скажем. Разрешения У хватает на это вполне, и мы видим наибольшую кустистость (высокую среднюю степень вершин) в последние 3000 лет, тогда как в мт мы толком не знаем когда в ней что выскочило: в первые или последние 3000 лет. С т зр Пуассона по барабану когда ждать, важно сколько ждать. Большинство веток невидимого нам истинного дерева (по суммарной длине длине которых мы исчисляем вероятность мутации) должны прийтись на последние 3000 лет. Но это отразится как скопление привата у корня: приват этот скорее всего пришелся на последние 3000 лет, но мы не умеем это доказать ни для какой конкретной линии с приватной мутацией, а можем только из соображений роста численности людей датировать бОльшую часть привата последними 3000 годами. Тогда как на дереве У мы видим явным образом клады моложе 3000 лет. Будь молекула мт длиннее, мы видели бы ту же самую картину и на мт дереве.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Почему древо мтДНК так плохо ветвится?
« Ответ #18 : 24 Июль 2023, 11:26:00 »
Да, с ростом количества образцов будут продолжать выделяться новые ветви. Но ещё долгое время на каждую такую выделившуюся ветвь, с которой один образец "ушёл из базальников", будет успевать появиться несколько образцов, которые к базальникам прибавились, и их общая куча только вырастет. Плюс, часть из них окажется без приватных снипов, то есть не сформирует отдельную ветвь вообще никогда.

Да, я имел в виду ровно то же, тк эмпирически более половины образцов имеет приват по отношению к ближайшему общему предку с наиболее близким родственником на дереве.

Но основная причина отличия от У - короткая молекула мт. В У-хромосоме мы имеем практически идеальные сниповые часы с тиком 10мб  ~ 1 раз на 136 лет (при некоем фиксированном коллинге). Это не считая тиков 300 СТР, которые вообще различают всех от и до.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1381/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Почему древо мтДНК так плохо ветвится?
« Ответ #19 : 24 Июль 2023, 11:34:27 »
Калькулятор возраста мт улучшится только после насыщения набора гаплотипов: будет известна относительная населенность каждого листика, и тогда для каждого региона мира (то есть типа демографии) возраста листиков можно будет калибровать по каким-то модельным случаям.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.