yMurMur - Web-обертка над Murka

[Valery]

А вот пот с разработкой никаким облаком не решить(

Потому народ нашел давно выход: весь базовый функционал бесплатно, куча умных консольных средств - собирай руками, настраивай и все заработает. На любой вкус, с подробнейшими инструкциями и бесплатными консультациями в близких к теме соо. Но если кому из коробки - извольте немножко заплатить. В той мере, в какой будет расходовано время на коробку.

[Daemon2017]

Выкатил обновление, где проблема палиндромов решается автоматически:
- если это палиндром в непалиндромном маркере, то используется MAX-стратегия: DYS393=13-13-15, делаем DYS393=15
- если это гиперпалиндром, то используется MIN-MAX-стратегия: DYS464=12-13-15-15-16-16? делаем DYS464=12-13-16-16 (т.е. взяли 2 минимальных и 2 максимальных).

[Daemon2017]

Получил непонимание и осуждение простыней STR'ов, выводящихся в древе, а также огромных пузырей, из-за которых даже 10 гаплотипов занимают много места.
Выкатил новую версию, где нет вывода отличающихся STR'ов и их значений, а также пузырики занимают минимум места:

[Semargl]

Получил непонимание и осуждение простыней STR'ов, выводящихся в древе, а также огромных пузырей, из-за которых даже 10 гаплотипов занимают много места.
Выкатил новую версию, где нет вывода отличающихся STR'ов и их значений, а также пузырики занимают минимум места:

Плюсую! За упорство и интересный продукт.
Я сам любитель выкатить побольше инфы в графе и даже умудрялся запихивать в "пузырики" полную инфу по предкам + по узлам возраст и мутации STR)))

[Daemon2017]

Плюсую! За упорство и интересный продукт.
Я сам любитель выкатить побольше инфы в графе и даже умудрялся запихивать в "пузырики" полную инфу по предкам + по узлам возраст и мутации STR)))

Спасибо!
Потребителям что-то не зашло: хотят маленький график без излишеств, чтобы были только датировки - ну я и убрал) Доверительный интервал тоже просят убрать, как и букву "y" в конце датировки, но это, кажется, неубираемые вещи

[Daemon2017]

Выкатил еще одну обнову:
* убрано построение консенсусного древа - никто не понимал, что с ним делать, т.к. оно без датировок
* в UI-форму добавлены поля для изменения количества лет на поколение (сейчас 33) и средней скорости мутации STR (сейчас 0.0024)
* вывод в поколениях заменен на вывод в годах - я предпочитаю поколения, но те немногие пользователи, которые есть, не очень понимают, что делать с поколениями

[Valery]

букву "y" в конце датировки, но это, кажется, неубираемые вещи

если я прицеплю к новой версии скриптовую настройку печати отчетов (как в коллере ngsconv) то будут убираемые ))

[Daemon2017]

Выкатил обновление с исправлениями:
- для TXT был отключен вывод датировок (флаг AGE): исправлено
и доработками:
- просили, чтобы можно было получить сырой DOT и оформить его самостоятельно: сделано, в выпадашку добавлен вариант .dot
- просили, чтобы результат был воспроизводимым: сделано, добавлены флаги RSW и RWS, а также файл murka.rs, содержащий зерно =42

Вроде бы, с хотелками потребителей покончено Остались 2 мои хотелки:
- не должно быть такого, что один образец выводится как предок для другого: планирую вмешиваться в DOT-файл и править его так, чтобы для "предка" создавалась боковая ветвь
- не должно быть такого, что у нижележащего узла датировка была древнее, чем у вышележащего: пока без идей, как с этим бороться.

[Valery]

- не должно быть такого, что один образец выводится как предок для другого: планирую вмешиваться в DOT-файл и править его так, чтобы для "предка" создавалась боковая ветвь

это называется там TREEFIXUP, но для gv как раз не употребляется ))
в новой версии есть везде

[Semargl]

- не должно быть такого, что один образец выводится как предок для другого: планирую вмешиваться в DOT-файл и править его так, чтобы для "предка" создавалась боковая ветвь

Тоже резануло в графе который был выше, сначала даже начал писать вопрос, а потом решил не придираться. )

[Daemon2017]

Выкатил еще одно обновление:
* исправлена ошибка, из-за которой отрисовывалась фантомная нода справа сверху (это косяк pydot, пришлось подставить костыли)
* максимальное допустимое время обработки поднято с 10 с до 30 с
* исправлено отображение одного из наборов в качестве предка (теперь я вмешиваюсь в код .dot-файла и перемещаю "предка" в дочернюю ноду)
* убран вывод доверительного интервала

Пример (раньше ноду *28 всегда запихивало в отцы к *23):

D393,D390,D19,D391,D385,D426,D388,D439,D389i,D392,D389ii,D458,D459,D455,D454,D447,D437,D448,D449,D464,D460,YGH4,YCAII,D456,D607,D576,D570,CDY,D442,D438,D531,D578,D395S,D590,D537,D641,D472,D406S,D511,D425,D413,D557,D594,D436,D490,D534,D450,D444,D481,D520,D446,D617,D568,D487,D572,D640,D492,D565,D710,D485,D632,D495,D540,D714,D716,D717,D505,D556,D549,D589,D522,D494,D533,D636,D575,D638,D462,D452,D445,YGA10,D463,D441,Y1B07,D525,D712,D593,D650,D532,D715,D504,D513,D561,D552,D726,D635,D587,D643,D497,D510,D434,D461,D435


modal
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,11,10,19-23,15,16,18,19,33-36,13,11,11,8,17-17,8,12,10,8,9,10,12,20-22,15,10,12,12,14,8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15,9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10,9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13,9,10,19,15,19,11,22,14,15,15,24,12,23,19,10,15,17,9,11,11
1
144438
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,11,10,19-23,15,16,18,19,33-36,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,13,12,10, 9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13, 9,10,19,15,19,11,22,14,14,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
BP55923
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,11,10,19-23,15,16,18,20,33-36,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13, 9,10,19,15,19,11,23,14,15,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
BP55948
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,32,13-16-16-16,11,10,19-23,15,16,18,19,33-36,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,14,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,33,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13, 9,10,19,15,19,11,22,14,14,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
BP55925
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,15,10-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,11,10,19-23,15,16,18,19,33-36,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13, 9,10,19,15,19,11,22,14,15,16,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
BP55922
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,11,10,19-23,15,16,18,19,33-36,13,11,11, 8,17-17, 8,13,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13, 9,10,19,15,19,11,22,14,15,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
BP55949
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,34,13-16-16-16,11,10,19-23,15,16,18,19,33-36,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,33,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13, 9,10,19,15,19,11,22,15,15,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
SI10976
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,11,10,19-23,15,16,18,19,33-37,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13, 9,10,19,15,20,11,22,14,15,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
329713
13,25,16,10,12-13,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,10,10,19-23,15,16,18,20,33-36,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,31,12,13,24,13, 9,10,18,15,19,11,22,14,15,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
531185
13,25,16,10,12-13,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,11,10,19-23,15,16,18,20,33-36,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,31,12,13,24,13, 9,10,18,15,19,11,22,14,14,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
523926
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,11,10,19-23,15,16,18,20,34-36,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,14,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13, 9,10,19,15,19,11,22,14,15,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
BP55928
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,15,9-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,11,10,19-23,15,16,18,19,33-36,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13, 9,10,19,15,19,11,23,14,15,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1
BP55926
13,25,16,10,11-14,12,13,10,12,11,28,17,9-10,11,11,24,14,20,33,13-15-16-16,11,10,19-23,15,16,18,19,33-36,13,11,11, 8,17-17, 8,12,10, 8, 9,10,12,20-22,15,10,12,12,14, 8,13,23,21,12,12,11,13,11,11,12,13,32,15, 9,15,12,25,27,19,12,12,12,12,10, 9,12,11,10,11,11,30,12,13,24,13, 9,10,19,15,19,11,22,14,15,15,24,12,23,19,10,15,17, 9,11,11
1

Еще пример:


А вот победить ситуацию, где у потомка 309 y.a., а у предка 275 y.a. - не получилось. Колдовал со всеми флагами MURKA, но не преуспел
Возможно, что где-то ошибка и за "предка" берется не тот предок - тогда стоит отрывать стрелочку от предка 275 y.a. и подключать к предку 423 y.a., но уверенности у меня нет.

[Valery]

при отрисовке у меня стрелочка указывала на узел, который внизу таблицы таксонов обозначен как mrca
он может отличаться от корня
кажется это тупо lca всех узлов, для которых не запрещен подсчет возраста

[Daemon2017]

при отрисовке у меня стрелочка указывала на узел, который внизу таблицы таксонов обозначен как mrca
он может отличаться от корня
кажется это тупо lca всех узлов, для которых не запрещен подсчет возраста

Ааа, т.е. на датировку всех узлов, кроме корневого, можно забить?

[Daemon2017]

Сделал еще одну версию:
* возвращено отображение доверительного интервала, т.к. некоторым они оказались важны, а кому не нужны - пусть берет формат .dot и выпиливает интервалы сам
* удаляются и не отдаются пользователю файлы nw_all.dot и nw_mp_all.dot - у них нет датировки, но как их создание отключить через флаги - не нашел, так что удаляю их уже после генерации
* добавлено выравнивание образцов, т.к. логично, что раз все образцы - современники, то и должны они стоять на одной линии

Возможно, что в будущем сделаю масштабирование и выравнивание по столетиям для промежуточных узлов, чтобы было совсем красиво.

[Valery]

Ааа, т.е. на датировку всех узлов, кроме корневого, можно забить?

нет, почему, они осмыслены
просто стрелочка указывает на узел, который датирует подпись ко всему дереву в текстовых таблицах
эту величину можно усреднять по разным деревьям (ессно, она распределена нормально вокруг "ро", хотя ро может быть лажей))))