yMurMur - Web-обертка над Murka

[Daemon2017]

Привет, коллеги!

По заявкам трудящихся https://forum.molgen.org/index.php/topic,2881.msg573283.html#msg573283 сделал Web-обертку над Murka 1.4.1, которая автоматизирует процесс преобразования данных из MyMcGee Y-Utility в филогенетическое древо.

Ссылка на WebUI: https://daemon2017.github.io/yMurMur/
Ссылка на исходники: https://github.com/Daemon2017/yMurMur

Видеоурок на 20 сек:
https://recordit.co/qJpkdnvpPw

Древо можно получить в 3 форматах:
- TXT
- PNG
- PDF

Особенности:
- любое число маркеров (до 111 шт)
- выдача ВБОП в поколениях
- калькулятор ВБОП сам подстраивается под количество маркеров

Ограничения на уровне MyMcGee:
- порядок маркеров должен быть как у FTDNA
- формат маркеров должен быть как у FTDNA

Ограничения yMurMur:
- кушает не менее 2 гаплотипов (не считая модального)
- кушает не более 111 маркеров
- количество маркеров у всех образцов должно быть одинаковым
- не должно быть отсутствующих значений
- запрос не может выполняться дольше 10 сек, а иначе ответа не будет: по моим прикидкам, за 10 сек можно обработать ~30-35 образцов Y111, или ~30-70 образцов Y67. Формат TXT быстрее, чем PDF/PNG.

Как бороться с выбитыми значениями:
импутация на основе имеющихся значений;
импутация на основе приближенцев.

[Farroukh]

Круто! Вечером попытаюсь разобраться, отпишусь в теме для обсуждения.

[Farroukh]

Надеюсь, сегодня доберусь до ПК и займусь тестированием.

[Farroukh]

Хотелось начать, но что-то пошло не так



Сложновато это всё для дилетанта, если честно...

[Daemon2017]

Хотелось начать, но что-то пошло не так

Сложновато это всё для дилетанта, если честно...

Тут одно из 3-х:
1) не установлен Python (инструкция по проверке его наличия - сверху)
2) Python установлен, но не прописан в PATH: если Python только-только установили, то должен прописаться в момент перезагрузки, а если перезагрузка не помогла, то надо в Пуске найти "Изменение системных переменных среды" и в открывшемся окне нажать справа снизу "Переменные среды", после чего в разделе "Системные переменные" (снизу) найти в левой колонке Path и дважды тыкнуть на него, после чего в новом окне нажать справа "Создать" и добавить запись с путем к Python, например C:\Program Files\Python310\
3) Python установлен, но почему-то не виден модуль pip - можно обратиться к нему через python командой: python -m pip install -r requirements.txt

Согласен( Попробую в выхи сделать самоустановку Python и зависимостей.
Именно поэтому такой сервис должен жить в Web'е, чтобы не мучить людей лишними проблемами 

[Farroukh]

Попробую в выхи сделать самоустановку Python и зависимостей.

Мне лучше подождать до этого момента. Свою же электронную почту порой с пятью ошибками пишешь, а тут от количества движений с бубном мозг взрывается. И это я ещё до самой программы-то не дошёл

[Daemon2017]

Добавил возможность вертеть граф - на вкладке Headers надо изменить свойство "rankdir" на любое 1 из 4: TB (from Top to Bottom), LR (from Left to Right), BT, RL.
Добавил автоопределение количества маркеров по модальному гаплотипу: 12/25/37/45/67/111, да хоть 5, 39, 66 или 100 - главное, чтобы были в FTDNA'шной последовательности и без лишних палиндромов.
Добавил отображение количества использованных для расчетов маркеров в результирующем PNG/PDF.



Как устанавливать Py без участия пользователя, вроде, разобрался - на неделе сделаю.

[Daemon2017]

Добавил отображение количества гаплотипов, использованных при расчетах
Добавил проверку на основные ошибки ввода и уведомления об их возникновении:
- менее 2 гаплотипов
- гаплотипы разной длины
- длина гаплотипов >111
Добавил установщик Python 3.10 и Garphviz

Осталось добить запускатель серверной части)

[Farroukh]

Ждём релиза и сразу же приступаем к тестированию.

[Daemon2017]

Победил установщик-запускатор-удалятор.

ПКМ по install.ps1 -> "Выполнить с помощью PowerShell" скачает и установит зависимости
по run.ps1 запустит приложение
по uninstall.ps1 удалит все скачанное

Далее попробую запустить все это дело под Линем.

[Uruzaner]

Запили интерфейс на streamlit) быстро и гораздо юзерфрендли будет)

[Daemon2017]

Запили интерфейс на streamlit) быстро и гораздо юзерфрендли будет)

Приложуха под капотом - на плюсах(

[Uruzaner]

Запили интерфейс на streamlit) быстро и гораздо юзерфрендли будет)

Приложуха под капотом - на плюсах(

Так у тебя же API, какая разница на чем делать интерфейс) я поиграюсь с твоей отбой, если не против)

[Daemon2017]

Запили интерфейс на streamlit) быстро и гораздо юзерфрендли будет)

Приложуха под капотом - на плюсах(

Так у тебя же API, какая разница на чем делать интерфейс) я поиграюсь с твоей отбой, если не против)

Ок

[Farroukh]

Просьба к автору - сваять вариант программы для олдскульных юзеров среднеадвансного уровня. 
Скачал дистрибутив в виде одного файла, инстальнул в пару кликов уровня ОК/Далее и приступил к древопостроению.

Нынешний вариант для обывателя пока всё ещё представляет собой шайтански сложную вещь