Не исключено, что эти индийские, афганские или китайские R1a1 - на самом деле разные субклады. Их гаплотипы могут как отличаться, так и совпадать.
P. S. Я в своё время по незнанию смешивал в одной выборке гаплотипы разных субкладов E1b1b1. Возьмите смешанную выборку из E1b1b1c1 и E1b1b1a3. Получите винегретное древо, которое будет всякий раз меняться при изменении числа гаплотипов.