Поиск общего предка

[Mc-simov]

Добрый день!
Подскажите, пожалуйста, ответ на такой вопрос:
Имеется генеалогическая база данных по определённой местности (что-то около 50000 имён). Все родословные восходят к XVII веку к 200-м прародителям. В базе учтено множество перекрёстных ссылок по женским линиям. Есть непреодолимое желание выйти за пределы классической генеалогии, дополнить исследование современными методами.
1) Возможно ли с помощью ДНК-тестирования выявить условного общего предка для этих двух сотен прародитедей, такого местрого Y-хромосомного Адама? Насколько точен может быть результат?
2) Возможно ли прояснить степень родства между некоторыми из двухсот прародителей на основание результатов тестов их нынеживущих потомков? Допустим, предполагается что двое из живших в XVII веке людей - братья. Известны их живые потомки. Что даст их ДНК-тестирование?
3) Вообще, что интересного можно получить из ДНК-тестирования респондентов из подобной базы данных? На что обратить внимание?
4) Ну и напоследок: к какому продавцу тестов лучше присмотреться для проведения подобного исследования?
Спасибо!

[Farroukh]

Добрый день и добро пожаловать!

1) Возможно ли с помощью ДНК-тестирования выявить условного общего предка для этих двух сотен прародитедей, такого местрого Y-хромосомного Адама? Насколько точен может быть результат?

Разумеется. Весь вопрос в том, кого Вы подразумеваете под "условным общим предком". Такой Y-предок, живший десятки тысяч лет назад, есть и у меня с Вами. Среди этих 200 линий наверняка выделятся внутренние кластеры, участники которых будут иметь ту или иную степень патернальной общности.

2) Возможно ли прояснить степень родства между некоторыми из двухсот прародителей на основание результатов тестов их нынеживущих потомков? Допустим, предполагается что двое из живших в XVII веке людей - братья. Известны их живые потомки. Что даст их ДНК-тестирование?

Теоретически - да. Это если все потомки этой общности из 200 человек жили полностью замкнуто и в их общину не попадали сторонние инклюзанты. В данном случае у потомков будет примерно общий аутосомный фон. Пропорциональные соотношения между Y-  и Mt- гаплогруппами у потомков этих 200 человек будут совершенно произвольными: у каких-то линий будет много потомков, у других - на грани вымирания.
Гарантированно различить потомков двух родных братьев пока крайне маловероятно, если только у одного из братьев не произошло характерной Y-SNP мутации.

3) Вообще, что интересного можно получить из ДНК-тестирования респондентов из подобной базы данных? На что обратить внимание?

Интересными качествами данное исследование наделяете Вы сами. Будет пример реконструкции генетико-генеалогической истории большой группы людей. По-моему, это интересно.

4) Ну и напоследок: к какому продавцу тестов лучше присмотреться для проведения подобного исследования?

Это зависит от нескольких разных факторов. Если кратко, то какие виды исследований нужны и каков общий бюджет?
По итогу ответов на эти вопросы Вы и сформируете облик лаборатории.

Удачи Вам!

[Древ]

1. Да. Но будьте готовы к тому, что часть людей вообще к общему предку относиться не будет: супружеские измены, усыновление и т.д. Если у вас какой-то развитый проект, реальность может кого-то обидеть.
Результат будет тем точнее, чем больше людей вы тестируете.
2. Конкретно в случае с двумя братьями - да. А вот с братом и сестрой - нет.
3. Прямая мужская линия и прямая женская линия - самые точные маркеры. Можно выйти за границы семейной генеалогии и по Y взглянуть на вопрос шире - узнать что-то о более древних предках. Например, предок может оказаться немецким колонистом, викингом, служивым татарином или потомком скифов, ассимилированным в славянскую следу. Ну вот, какие-то такие вещи. Женская линия малоинформативна.
4. Тут спорно - маркетинг вносит сумятицу. В основном, если есть свободные 400-500 баксов, то либо WGS от лаборатории Yseq, либо BigY+FF+mtfullseq от лаборатории ftDNA хотя бы себе-любимому и ещё двум людям. Если же с деньгами есть сложности, то выберите какой-то из продуктов ftDNA и постепенно докупайте остальное. Создав определённый "генетический каркас" из тестов нескольких людей, большинство остальных можно тестировать намного дешевле - на уже установленный, так сказать, "семейный маркер" и это будет уже порядка 150 баксов стоить. То есть, кто-то должен "проложить тропу в глубоком снегу", а кто-то просто "пройти по тропе".

[Farroukh]

Допустим, предполагается что двое из живших в XVII веке людей - братья. Известны их живые потомки. Что даст их ДНК-тестирование?

Ответ на этот вопрос скорее философский, чем технический. Если два брата жили в 17 веке, то их нынешние потомки будут иметь идентичные аллельные мотивы, и без документальной родословной гарантированно сказать, где потомок брата А, а где - брата Б будет нереально.
Можно, конечно, заказать BigY тест всем живым потомкам обоих братьев будет весьма накладно, но какие-то нисходящие снипы, разделяющие линии братьев, возможно, выявятся.

[Mc-simov]

Спасибо огромное!
Таким образом, для подобных нужд необходим именно Y-хромосомный тест, аутосомные исследования, как я понимаю, окажутся бесполезны.

[Павлов Сергей]

Вряд ли! По моим архивным изысканиям мее сейчас известно 489 моих непосредственных предков с начала 17 века. Но по моей ДНК (по отцовской линии) только 13 человек (поколений).

[Farroukh]

Закажите хотя бы игрек-тесты для целевой группы. Там потом видно будет. По-хорошему, есть два варианта, и оба с недостатками: FTDNA и Dante Labs.

[Древ]

Спасибо огромное!
Таким образом, для подобных нужд необходим именно Y-хромосомный тест, аутосомные исследования, как я понимаю, окажутся бесполезны.

Если вы только мужскую линию изучаете то да, Если и женскую, то нужен тест и по женской линии. А аутосомный призван хотя бы попытаться закрыть лакуны между прямой мужской и прямой женской линиями.

[Mc-simov]

Делать исследование по женским линиям кажется мне нецелесообразным, поскольку практика показывает, что рассматриваемая популяция имела значительный приток женщин (т.н. "выводных невест" из соседних вотчин), т.е. митохондриальное разнообразие будет большим, чем Y-хромосомное.
Направление для работы мне понятно: найти представителей популяции мужского пола, уговорить их сделать тест. Для достоверной выборки нужно будет исследовать хотя бы двоих мужчин из одного рода (желательно не самых близких родственников).
Самый популярный тест "Происхождение" от Генотек плане Y-тестирования ведь не очень подходит? Смущает акцент в рекламе на такие смутные вещи, как "вы на 70% русский и 30% поляк". Кажется, что это за уши притянуто всё. Это не то направление, в котором хотелось бы двигаться.

[Древ]

Делать исследование по женским линиям кажется мне нецелесообразным, поскольку практика показывает, что рассматриваемая популяция имела значительный приток женщин (т.н. "выводных невест" из соседних вотчин), т.е. митохондриальное разнообразие будет большим, чем Y-хромосомное.

Если происхождение этой части ваших родственников вас почему-то не интересует, то да.

Самый популярный тест "Происхождение" от Генотек плане Y-тестирования ведь не очень подходит?

На сколько я понимаю, там неглубокое исследование по Y, какое-то по мито и плюс аутосомное. При этом разделить эти данные на разные файлы дорого и тяжело. Поэтому он не очень подходит. Если кто-то из рода сделал тест в Генотеке, нужно просто понять, как этот тест использовать в рамках более масштабного проекта. Но основой проекта тест "происхождение" от Генотек быть неможет.
А вот "полный геном" от Генотека - может. Но он там стоит 100 т.р. А в yseq вдвое дешевле за аналогичный тест WGS.

Смущает акцент в рекламе на такие смутные вещи, как "вы на 70% русский и 30% поляк"

Это игра с результатами аутосомного теста. Этот акцент сделан потому, что людей это и вправду волнует. Генотек по части интерпретаций результатов аутосомного теста, по-моему, ЛУЧШИЙ.
Но тест можно делать и в другой лаборатории, а на Генотек просто залить результаты, чтобы поиграться.

Кажется, что это за уши притянуто всё.

Вот когда вы в 2-3 базы зальёте свой аутосомный тест, вы сами увидите. Так-то вы вроде бы и правы, но и лаборатории тоже эти свои результаты не от балды берут. Тут, на самом деле, очень важно своими собственными глазами это всё увидеть и вы сразу поймёте, что такое популяция "русские", "поляки", "финны" и т.д.

[Georg]

Делать исследование по женским линиям кажется мне нецелесообразным, поскольку практика показывает, что рассматриваемая популяция имела значительный приток женщин (т.н. "выводных невест" из соседних вотчин), т.е. митохондриальное разнообразие будет большим, чем Y-хромосомное.
Направление для работы мне понятно: найти представителей популяции мужского пола, уговорить их сделать тест. Для достоверной выборки нужно будет исследовать хотя бы двоих мужчин из одного рода (желательно не самых близких родственников).
Самый популярный тест "Происхождение" от Генотек плане Y-тестирования ведь не очень подходит? Смущает акцент в рекламе на такие смутные вещи, как "вы на 70% русский и 30% поляк". Кажется, что это за уши притянуто всё. Это не то направление, в котором хотелось бы двигаться.

Если сможете организовать, то берите полногеномное секвенирование от dante labs (или nebula, но тут чуть дороже из-за подписки на отчёты здоровья). От 180 евро/долларов

[Древ]

От 180 евро/долларов

500 долларов.
https://www.dantelabs.com/products/whole-genome-sequencing

[Valery]

Ну оно понятно: субтотальное типирование выборки такого размера чрезвычайно дорого, поэтому вопрос заведомо ограничивается интересными частностями.

Все зависит от акцентов, которые вы сами ставите. С научной точки зрения, применение молекулярки к крупной генеобазе может быть интересно сразу в нескольких аспектах, которые могут вылиться в статьи (прежде всего по мутабельности, на длинных генеалогиях это хорошо смотрится). Но ваши личные акценты не обязаны совпадать с научными, собственно, кто платит, тот и заказывает музыку  То есть грубо говоря, не все разумные с научной точки зрения точечные "тыки" могут быть интересны вам, и наоборот, не все интересные конкретному человеку интересны и науке. Скажем, сделать аутосомный портрет конкретного лица не представляет интереса для науки, если популяция, откуда он происходит, уже изучена - но самому лицу может это быть интересно, и даже с генео точки зрения оправдано, типа "есть некая частная гипотеза, которую хочу проверить".

Из генеалогических задач первая приходящая в голову - У-тестирование "пороговых" и "гипотетических" пар, то есть глубоких линий, где вы сами или не уверены в родстве, или строите интересные (вам) гипотезы. Дальнейшее - зависит от ваших интересов и возможно спонсорских, если таковые обнаружатся среди участников вашего проекта. То есть молекулярная картина по вашей генеобазе может (и будет скорее всего) пополняться благодаря отдельным любопытствующим - и в процессе такого пополнения вы сами уже будете нащупывать новые направления, войдете во вкус того чем занимаются на данном форуме.

Оно собственно так и в жизни и в науке: первые "тыки" нередко случайны, а открытия интересны и закономерны.

[Valery]

Из генеалогических задач первая приходящая в голову - У-тестирование "пороговых" и "гипотетических" пар, то есть глубоких линий, где вы сами или не уверены в родстве, или строите интересные (вам) гипотезы.

Типичное начало: 1) тестируют себя и ядерную семью, из результатов обычно только У-ки потом идут в дело 2) находят во всей доступной генеовыборке самые отдаленные У-пары и тестируют их (сначала по У-СТР, если надо то и бигУ). Потом могут подключиться участники из вашей же базы, согласные платить. Ессно что часть их интереса есть чисто личный интерес, но отдельные оплаченные ими тесты улучшают и общую картину.

Чисто научные задачи, разумеется, решаются иначе - сразу формируется подвыборка, тестирование которой отвечает на некий поставленный вопрос. Иногда с запасом и возможностью расширения, но характерная черта - на первом месте всегда конкретный отвлеченный и от личностей и от интереса к конкретной выборке вопрос (=номотетика, а не идеография).

[Valery]

Генотек по части интерпретаций результатов аутосомного теста, по-моему, ЛУЧШИЙ.
Но тест можно делать и в другой лаборатории, а на Генотек просто залить результаты, чтобы поиграться.

да, именно
если надо по-быстрому и в пределах России, то на вопрос участника из базы "а чо у меня там намешано хочу знать", по умолчанию ответ "Генотек", у них есть дешевый массовый продукт, заточенный под это дело и с хорошей базой.

Но в случае, если от участника требуется У на полное секвенирование, то более осмысленно переправить в FT и заказать сначала Файндер, который быстро делается, и потом уже Y. Альтернативные варианты - полный геном (см список где), выдергивание аутосомных снипов и их загрузка в базу компании, куда их популярно грузить. В России полный геном как уже говорилось дороже, а коммерческого таргетного У подобного бигУ - нет.