АвторТема: Проекты полногеномного секвенирования  (Прочитано 3607 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AVBazАвтор темы

  • Сообщений: 171
  • Страна: ru
  • Рейтинг +125/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y35 (YP582+, YP1079+)

Хотел бы затронуть тему спонсируемых полногеномных исследований большого охвата.
- Недавно сообщалось о программе бесплатного полногеномного тестирования для сотрудников Норникель.
- Запущена также похожая программа, спонсируемая компанией Роснефть. Заявленно о 100 000 образцов полногеномных тестов.
Цитировать
Цель Инициативы – определить генотипы 100 000 россиян из разнообразных географических регионов и из разных популяций для поиска генетических вариантов, которые встречаются на территории России, обобщения их сходства и выявления различий. <...> Инициатива "100000+Я" разработана совместно с ПАО "НК "Роснефть". Работники Компании, их совершеннолетние родственники (до семи человек) могут стать участниками пилотной части проекта - сдать кровь для анализа и получить его результаты

Не указывается, будет ли возможность у участников исследования получить полную расшифровку своего генома, как это делается в Норникеле. Если это будет организовано, то мне кажется, что стоит ещё раз подумать над этим:

3) Выравнивание в YFull. Такой услуги сейчас нет. Сервис просто не заточен под это направление. Но поступает много просьб, поэтому в дальнейшем возможно рассмотрим этот вариант. Пока нет.

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 707
  • Страна: ru
  • Рейтинг +219/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1ct и H5b*
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #1 : 14 Март 2023, 12:24:57 »
Эх, как бы среди сотрудников Норникеля и Роснефти провести пропагандистско-разъяснительную работу по построению генетического древа.
Интересно даже просто распределение Y гг получить, в том числе и от Генотека


Может Сбербанк созреет когда-нибудь. Уж он то себя гораздо ближе к ИТ и биотеху позиционирует.

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 430
  • Страна: cs
  • Рейтинг +364/-7
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #2 : 14 Март 2023, 12:33:03 »
А что толку от этого.
Результаты не доступны для общего просмотра, а протестированным по фиг чтобы их размещать где-то.
Эти результаты сгниют, как гниют архивы.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1243
  • Страна: ru
  • Рейтинг +913/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #3 : 14 Март 2023, 12:34:55 »
Любое что-то лучше чем ничего.

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 707
  • Страна: ru
  • Рейтинг +219/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1ct и H5b*
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #4 : 14 Март 2023, 12:39:30 »
А что толку от этого.
Результаты не доступны для общего просмотра, а протестированным по фиг чтобы их размещать где-то.
Эти результаты сгниют, как гниют архивы.
Анонимизированно хотя бы.
В принципе раньше народ так и доставал материалы для диссертаций - по связям получал доступ к данным и гордо рапортовал о "новизне и уникальности".

Теперь не "сгниют", а просто сотрут. Это ж 50-100 Гб ценного и дорогого места

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #5 : 14 Март 2023, 13:13:06 »
Эх, как бы среди сотрудников Норникеля и Роснефти провести пропагандистско-разъяснительную работу по построению генетического древа.

какая-то часть пропрется, другую как всегда масоны облучают, но большей части - пофиг
облучаемая часть конечно невелика тк иначе бы не сдавали, но по вопросу поделиться с кем-то - многие посоветуются с облучаемыми родствениками и родственниками как бы чего не вышло, итог понятен

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #6 : 14 Март 2023, 13:15:15 »
Вообще с cheremis'ом поговорите. Ему конъюнктура и спектр лучше известны.

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 430
  • Страна: cs
  • Рейтинг +364/-7
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #7 : 14 Март 2023, 14:07:29 »
Да.... мозги людям промывают, один тут отказался назвав причину, что его ДНК попадёт к американцам и они отравят именно его специальным газом, который изобретут по его ДНК, причем это он пришел к такому выводу посовещавшись с женой (учительницей на пенсии).
А живут в глухой деревне, где осталось человек 20 стариков и самый молодой человек 65 лет

Оффлайн cheremis

  • Сообщений: 580
  • Страна: ru
  • Рейтинг +91/-7
  • Y-ДНК: N1a2b-N-FT256675
  • мтДНК: I1a1a
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #8 : 14 Март 2023, 14:16:17 »
А что толку от этого.
Результаты не доступны для общего просмотра, а протестированным по фиг чтобы их размещать где-то.
Эти результаты сгниют, как гниют архивы.
мои же не сгнили - но пришлось просить помочь на форуме =) а результаты то интересные - по здоровью (аналитический склад ума , ген долгожительства , отсутствие предрасположенности ко всем видам рака, и предраспаложенность к сахарному диабету второго типа), две консультации - по здоровью и происхождению. Это Норникель по полису ДМС. 100 процентное секвинирование в красивейшей упаковке и флешке. Периодически программу хотят свернуть. Ну и многие остановились на предоставленной информации - чисто гаплотип и указание к каким народам он ближе.
Жена как про ген долгожительства узнала - говорит - доживёшь до пенсии сына значит =) он в 40 лет у меня родился
« Последнее редактирование: 14 Март 2023, 14:30:21 от cheremis »

Оффлайн Навля

  • R1a-Y2902
  • Сообщений: 430
  • Страна: cs
  • Рейтинг +364/-7
  • Y-ДНК: R1a-Z645-Z280-Y2902-Y35272
  • мтДНК: HV4a1-a*
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #9 : 14 Март 2023, 17:07:24 »
А что толку от этого.
Результаты не доступны для общего просмотра, а протестированным по фиг чтобы их размещать где-то.
Эти результаты сгниют, как гниют архивы.
мои же не сгнили - но пришлось просить помочь на форуме =) а результаты то интересные - по здоровью (аналитический склад ума , ген долгожительства , отсутствие предрасположенности ко всем видам рака, и предраспаложенность к сахарному диабету второго типа), две консультации - по здоровью и происхождению. Это Норникель по полису ДМС. 100 процентное секвинирование в красивейшей упаковке и флешке. Периодически программу хотят свернуть. Ну и многие остановились на предоставленной информации - чисто гаплотип и указание к каким народам он ближе.
Жена как про ген долгожительства узнала - говорит - доживёшь до пенсии сына значит =) он в 40 лет у меня родился
Таких как Вы если будет 1%, то хорошо. Вы пока один из тысяч!

У меня родня по одной линии гос. награды родственника просто выбросили в помойку, хотя могли просто отдать в музей,
просто не знали что с ними делать, так и с этим тестированием будет.... в помойку
« Последнее редактирование: 14 Март 2023, 17:15:21 от Навля »

Оффлайн AVBazАвтор темы

  • Сообщений: 171
  • Страна: ru
  • Рейтинг +125/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y35 (YP582+, YP1079+)
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #10 : 15 Декабрь 2023, 22:15:00 »
А вот и первая ласточка:
Это по программе "Национальная генетическая инициатива «100 000+Я»" , там в основном по медицине исследование, и как дополнение есть пункт "Происхождение"

Оффлайн AVBazАвтор темы

  • Сообщений: 171
  • Страна: ru
  • Рейтинг +125/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y35 (YP582+, YP1079+)
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #11 : 23 Январь 2024, 17:29:34 »
В рамках программы "100000+Я" участники могут получить цифровые копии своих геномов, но лаборатория просит заполнить заявление и указать формат файла:
Цитировать
«Прошу выдать мне файл, содержащий генетические данные, которые были получены из биоматериала, переданного мною в рамках участия в Национальной генетической инициативе «100 000+Я», в формате _указать формат__»
Я с полногеномными тестами не работал, подскажите, пожалуйста, какой формат нужно указать? Достаточно FASTQ?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Проекты полногеномного секвенирования
« Ответ #12 : 23 Январь 2024, 19:54:13 »
В рамках программы "100000+Я" участники могут получить цифровые копии своих геномов, но лаборатория просит заполнить заявление и указать формат файла:
Цитировать
«Прошу выдать мне файл, содержащий генетические данные, которые были получены из биоматериала, переданного мною в рамках участия в Национальной генетической инициативе «100 000+Я», в формате _указать формат__»
Я с полногеномными тестами не работал, подскажите, пожалуйста, какой формат нужно указать? Достаточно FASTQ?

Думаю, что FASTQ будет самое лучшее - почти полностью исходные данные, которые уже потом можно выровнять под любой необходимый референсный геном.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.