АвторТема: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК  (Прочитано 1018 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн G-ManАвтор темы

  • Сообщений: 639
  • Страна: ru
  • Рейтинг +581/-1
  • Y-ДНК: G-Z6702
Интересный препринт с большим объемом дополнительной информации

ancIBD - Screening for identity by descent segments in human ancient DNA

Длинные последовательности ДНК, общие для двух особей, известные как сегменты, идентичные по происхождению (IBD), являются мощным сигналом для идентификации близких и дальних биологических родственников, поскольку они возникают только тогда, когда у пары есть общий недавний предок. Существующие методы выявления сегментов IBD между современными геномами не могут быть прямолинейно применены к данным дДНК из-за низкого покрытия и высокой частоты ошибок генотипирования. Мы представляем ancIBD — метод идентификации сегментов IBD для данных дДНК человека, реализованный в виде пакета для Python.

Our approach is based on a Hidden Markov Model, using as input genotype probabilities imputed based on a modern reference panel of genomic variation. Through simulation and downsampling experiments, we demonstrate that ancIBD robustly identifies IBD segments longer than 8 centimorgan for aDNA data with at least either 0.25x average whole-genome sequencing (WGS) coverage depth or at least 1x average depth for in-solution enrichment experiments targeting a widely used aDNA SNP set ('1240k'). This application range allows us to screen a substantial fraction of the aDNA record for IBD segments and we showcase two downstream applications.

Во-первых, опираясь на тот факт, что биологические родственники до шестого колена, как ожидается, будут иметь несколько длинных IBD-сегментов, мы выявили родственные связи между 10156 древними евразийцами и зафиксировали доказательства миграции на большие расстояния, к примеру, определив пару двух родственников предположительно пятой степени родства, которые были похоронены в 1410 км друг от друга в Центральной Азии 5000 лет назад (речь об афанасьевцах).

Во-вторых, применяя ancIBD, мы раскрываем новые детали относительно распространения в Европу предков, связанных со степными скотоводами, 5000 лет назад. Мы обнаружили, что представители культуры шнуровой керамики имеют высокие показатели длинного IBD (12-25~cM) с ямными скотоводами Понтийско-Каспийской степи, что свидетельствует о сильном эффекте бутылочного горлышка и недавней биологической связи в пределах нескольких сотен лет, предоставляя доказательства того, что сами ямные являются основным источником степных предков у людей КШК.

Мы также обнаруживаем повышенный уровень обмена длинными IBD-сегментами между шнуровиками и людьми культуры шаровидных амфор (GAC) из Польши и Украины, которые были земледельцами медного века и не имели степных предков. Эти IBD-связи выявляются для всех групп шнуровиков в нашем анализе, указывая на большое демографическое влияние GAC на ранних стадиях адмиксов, давших начало различным группам КШК по всей Европе.

Эти результаты показывают, что выявление IBD-сегментов в дДНК может дать новые знания как на малом уровне, что важно для понимания истории жизни людей, так и на макроуровне, что важно для масштабных культурно-исторических событий.


https://i.ibb.co/FwN4xPZ/Shnuroviki.png
У фатьяновцев наибольшие пересечения со шнуровиками Германии и Швеции


В таблице доп.материалов есть данные по IBD-матчам всех 10 тыс. образцов.  Грубо говоря, Family Finder для древних

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 328
  • Страна: ru
  • Рейтинг +79/-0
  • Племянник vk511(Salme II-X)(XXVIII) и vk160
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (FGC70880-Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1 и H5b9
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #1 : 11 Март 2023, 10:18:27 »
Ну вот, а утверждали, что шнуровики к ямникам никто, а шнуровики чуть ли не центральноевропейцы.
А что там с Y гг было?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7324
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4041/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #2 : 11 Март 2023, 10:35:00 »
Ну вот, а утверждали, что шнуровики к ямникам никто, а шнуровики чуть ли не центральноевропейцы.
А что там с Y гг было?
Да почему, вроде бы идея о мощном степном компоненте у шнуровиков вполне мэйнстрим. Есть, конечно, и критики, но где без них?
Или речь о теориях в духе "шнуровики и ямники это продукт двух схожих, но происходивших совершенно независимо друг от друга процессов смешения"?

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 13320
  • Страна: id
  • Рейтинг +875/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #3 : 11 Март 2023, 10:40:37 »
Или речь о теориях в духе "шнуровики и ямники это продукт двух схожих, но происходивших совершенно независимо друг от друга процессов смешения"?
По сути же все компоненты так или иначе родственные. Вопрос в степени родственности. :(

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 328
  • Страна: ru
  • Рейтинг +79/-0
  • Племянник vk511(Salme II-X)(XXVIII) и vk160
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (FGC70880-Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1 и H5b9
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #4 : 11 Март 2023, 11:03:49 »
Ну вот, а утверждали, что шнуровики к ямникам никто, а шнуровики чуть ли не центральноевропейцы.
А что там с Y гг было?
Да почему, вроде бы идея о мощном степном компоненте у шнуровиков вполне мэйнстрим. Есть, конечно, и критики, но где без них?
Или речь о теориях в духе "шнуровики и ямники это продукт двух схожих, но происходивших совершенно независимо друг от друга процессов смешения"?
Не, я, наверное, слышал про попытки вывести шнуровую культуру и археологию из Центральной Европы, не отражая степное влияние.
Ладно, подожду обсуждения на одном наци-форуме.

Я то согласен с ямным импульсом, который создал шнуровиков и пассионарно разбросал от Волги до Скандинавии ( так как это укладывается в интересующую меня тему заноса I1 на запад и северо-запад)

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7324
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4041/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #5 : 11 Март 2023, 11:05:51 »
Не, я, наверное, слышал про попытки вывести шнуровую культуру и археологию из Центральной Европы, не отражая степное влияние.
Ладно, подожду обсуждения на одном наци-форуме.
Кажется, Клейн в этом духе рассуждал. Но меня его аргументы тогда не очень убедили в смысле генетики.

Оффлайн nwqrvt

  • Nógarðar
  • Сообщений: 208
  • Страна: is
  • Рейтинг +62/-8
  • Y-ДНК: ᚱ1a (L664>YP6501)
  • мтДНК: H6c-a
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #6 : 11 Март 2023, 12:42:27 »
> сами ямные являются основным источником степных предков у людей КШК



Оффлайн G-ManАвтор темы

  • Сообщений: 639
  • Страна: ru
  • Рейтинг +581/-1
  • Y-ДНК: G-Z6702
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #7 : 11 Март 2023, 20:14:31 »
Ямники действительно не могут быть прямыми предками шнуровиков из-за разницы в субкладах.

Некоторые пересечения с Ц.Европой демонстрируют афанасьевцы, среди которых обнаружены носители R1b-L52, а также Q-FT380500, в который попал шнуровик из Богемии. Выглядит так, что у них были близкие стартовые ареалы для расселения на запад и восток.

Оффлайн Камарицкий

  • Сообщений: 506
  • Страна: 00
  • Рейтинг +53/-4
  • Y-ДНК: z-92
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #8 : 11 Март 2023, 22:01:42 »
Доброго дня!

Вообще археологи выводили  шнуровиков из Центральной Европы за долго до анализов дДНК.
И в работах по Фатьяновской культуре  - направление Запад - Восток - был выявлен в середине прошлого века.
Как и то что Фатьяновцы не оставили потомков в восточной Европе.
И то что шнуровики не имеют отношения к ямникам.

Исследования ДДНК только подтвердило это все.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8301
  • Страна: ar
  • Рейтинг +873/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #9 : 11 Март 2023, 23:08:01 »
Ямники действительно не могут быть прямыми предками шнуровиков из-за разницы в субкладах.

Некоторые пересечения с Ц.Европой демонстрируют афанасьевцы, среди которых обнаружены носители R1b-L52, а также Q-FT380500, в который попал шнуровик из Богемии. Выглядит так, что у них были близкие стартовые ареалы для расселения на запад и восток.

Афанасьевцы - прямые потомки ямников, причем тут Центральная Европа?. Ямники - это восточная Европа

Оффлайн G-ManАвтор темы

  • Сообщений: 639
  • Страна: ru
  • Рейтинг +581/-1
  • Y-ДНК: G-Z6702
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #10 : 12 Март 2023, 19:21:59 »
Yurgan, я пишу о некоторых пересечениях афанасьевцев со шнуровиками в субкладах, которые не обнаружены у ямников. 

Никто не оспаривает близкое родство афанасьева и ямной

Оффлайн Æinal Gagloeff

  • Сообщений: 87
  • Рейтинг +3/-3
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #11 : 12 Март 2023, 21:25:49 »
Ну вот, а утверждали, что шнуровики к ямникам никто, а шнуровики чуть ли не центральноевропейцы.
А что там с Y гг было?
Да почему, вроде бы идея о мощном степном компоненте у шнуровиков вполне мэйнстрим. Есть, конечно, и критики, но где без них?
Или речь о теориях в духе "шнуровики и ямники это продукт двух схожих, но происходивших совершенно независимо друг от друга процессов смешения"?
Я читал у одного блогера, что Stepe_Maykop ближе к шнуровикам, чем шнуровики к ямной? Что думаете об этом? Он приводил свой анализ:

https://indo-european.eu/2019/11/steppe-ancestry-step-by-step-2019-mesolithic-to-early-bronze-age-eurasia/

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Gi_PF9fDOtwufdxrkFlnaMmnbZ9f72ID2P_kfNnFWjc/htmlview

Если это так, то это было бы феноменально важно.


Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7324
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4041/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #12 : 15 Март 2023, 13:01:30 »
Я читал у одного блогера, что Stepe_Maykop ближе к шнуровикам, чем шнуровики к ямной? Что думаете об этом?
Да нет, у Steppe Maykop слишком восточный вариант степного компонента, ямники лучше подходят.

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 1290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1154/-33
  • Y-ДНК: r1b
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #13 : 15 Март 2023, 13:48:47 »
Этот блогер обычный фрик, сами первоисточники/статьи надо читать, а из пересказчиков самый лучший Личман aka babuin.

Оффлайн Eiport

  • Сообщений: 433
  • Страна: pl
  • Рейтинг +57/-2
  • Y-ДНК: R1a-YP380
Re: Выявление IBD-сегментов в древней ДНК
« Ответ #14 : 15 Март 2023, 16:39:51 »
У фатьяновцев наибольшие пересечения со шнуровиками Германии и Швеции

Fatjanovo culture = South-Eastern Poland CWC =Germany CWC =Sweden BAC.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.