АвторТема: Палеогеномика европейских охотников верхнего палеолита и неолита (Posth 2023)  (Прочитано 3764 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн G-ManАвтор темы

  • Сообщений: 679
  • Страна: ru
  • Рейтинг +647/-1
  • Y-ДНК: G-Z6700
Palaeogenomics of Upper Palaeolithic to Neolithic European hunter-gatherers

Современные люди населяют Европу уже более 45000 лет. Однако наши знания о генетическом родстве и структуре древних охотников-собирателей ограничены из-за скудости и плохой молекулярной сохранности человеческих останков того периода. Здесь мы анализируем 356 геномов древних охотников-собирателей, включая новые геномные данные 116 человек из 14 стран западной и центральной Евразии, живших в период 35 000 — 5 000 лет назад.

Мы выявили генетический профиль предков у людей, связанных с граветтскими коллекциями верхнего палеолита из Западной Европы, который отличается от групп, связанных с этой археологической культурой в Центральной и Южной Европе, но напоминает профиль предшествующих людей, связанных с ориньякской культурой. Этот профиль предков сохранился во время последнего ледникового максимума (25 000-19 000 лет назад) в человеческих популяциях из юго-западной Европы, связанных с солютрейской культурой и с последующей магдаленской культурой, которая вновь распространилась на северо-восток после последнего ледникового максимума.

И наоборот, мы выявили генетический оборот в Южной Европе, свидетельствующий о локальной замене человеческих групп около времени последнего ледникового максимума, сопровождавшейся расселением с севера на юг популяций, связанных с эпиграветтской культурой. По крайней мере, 14 000 лет назад предки, связанные с этой культурой, распространились с юга по всей остальной Европе, в значительной степени заменив генофонд, связанный с магдаленцами. После периода ограниченного смешения, который охватывает начало мезолита, мы обнаруживаем генетическое взаимодействие между западными и восточными европейскими охотниками-собирателями, которые также характеризовались заметными различиями в фенотипически значимых вариантах.


Sample     Site     Country     Age_BP     MtDNA     Y_haplogroup
TTK001    Tutkaul Tajikistan 8222,5 U7 Q1b2a F4674/Y6774/Z19231
JAZ001 Yazykovo Russia 7241 U5a2b2
KVH001 Karavaikha Russia 8377 U5a1 R1 M173
KVH002 Karavaikha Russia 8300,5 U5a1d2
MN2001 Minino II Russia 10544,5 U4 R1a M420
MN2002 Minino II Russia 10662,5 U4a1 R1a1 M459
MN2003 Minino II Russia 10533,5 U5a2 R1b1a1 P297
MNN001.002 Minino I Russia 8527 U5a1
MNN003 Minino I Russia 7560,5 U4a1 CT n/a
MNN004 Minino I Russia 7590 U2e1 R1 M173
MNN005 Minino I Russia 10513,5 U4a1
MNN006 Minino I Russia 10661,5 U4
MNN007 Minino I Russia 10907,5 U5a2
MUR001 Murzihinskiy II tomb Russia 6423,5 U2e2a CT n/a
MUR002 Murzihinskiy II tomb Russia 6578,5 U4a1
MUR005 Murzihinskiy II tomb Russia 6423,5 U5a2b2 Q1a1 F746/NWT01
MUR007 Murzihinskiy II tomb Russia 6423,5 U2e2a Q1a1 F746/NWT01
MUR017 Murzihinskiy II tomb Russia 6423,5 U5a2b2 Q1a1 F746/NWT01
MUR021 Murzihinskiy II tomb Russia 5752 U2e2a Q1a1 F746/NWT01
UOO004 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8053 R1b R1 M173
UOO012 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8125 U4 R1a2~ YP4141
UOO015 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8125 U5a1
UOO023 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8125 U4a2
UOO025 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8125 U2e1e
UOO029 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8125 U2e1
UOO033 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8289 U5a2 Q1b1 L53
UOO035.056 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8155,5 U2e1 Q1a1 F746/NWT01
UOO037 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8125 U5a1
UOO047 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8190 U4
UOO049 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 7952 U5a2d J1 L255
UOO051 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8125 R1b R1a M420
UOO052 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8125 U2e1 Q1a1 F746/NWT01
UOO053 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8125 U4 Q1a1 F746/NWT01
UOO059 Yuzhniy Oleniy Ostrov Russia 8125 R1b J1 L255
IGR001 Igren' 8 Ukraine 7584 U5a1i Q1b M346
VO1001 Vovnigi I Ukraine 7463 U5a2d I2a1b M436
VO1003 Vovnigi I Ukraine 7463 U4a1 I2a1b2 FGC29562
VO1004 Vovnigi I Ukraine 7463 U5a2 I2a1b1 M223
VO1005 Vovnigi I Ukraine 7463 U4d I2a1b1 M223
VO2001 Vovnigi II Ukraine 7510 U5b2 R1b1b V88
VSL002 Vasilievka I Ukraine 10482,5 U4a1 I2a1a P37.2/PF4004
VSL003 Vasilievka I Ukraine 10482,5 K1 I2 M438/P215/PF3853/S31
VSL004 Vasilievka I Ukraine 10482,5 U5a1d R1b1b V88
WOL001 Wöllersdorf Austria 8795 U5a2 I2a1a P37.2
AAT001 Abri des Autours Belgium 10841,5 U5a2
GOY001 Goyet Belgium 27462 U2 n/a n/a
GOY007 Goyet Belgium 27819 U2 C n/a
GOY009 Goyet Belgium 26152 U5
GOY014 Goyet Belgium 27980 U2+152
GoyetQ376-19 Goyet Belgium 27509 U2
GoyetQ376-3 Goyet Belgium 34844,5 M C n/a
GoyetQ53-1 Goyet Belgium 28081,5 U2
MPR001 Malonne Petit Ri Belgium 10466,5 U5b2a
WCX002 Waulsort Caverne X Belgium 10477,5 U5b1a
WCX004 Waulsort Caverne X Belgium 10441 U5a2
DLV005 Dolní Věstonice II Czechia 31006,5 U5 I M170/PF3715
DLV006 Dolní Věstonice II Czechia 30977,5 U5 C1a2 V20
ACR001 Achères France 9142,5 U5b1b I M170
Chaudardes1 Cuiry-lès-Chaudardes (Les Fontinettes) France 8193 U5b1b F M89/PF2746
FRL006 Fournol France 28737,5 M C1a2 V20
FRM001 Farman France 10124,5 U5a2
LMA001 La Marche France 18073 U2'3'4'7'8'9 CT n/a
LPI002 Le Piage France 23475 U8 CT n/a
LRO001 La Rochette France 27637 M CT n/a
MAF001 Maisons-Alfort France 8864,5 U5b1b I2a1a2 M423
ORM001 Ormesson (Les Bossats) France 30902,5 U5
PIN004 Pincevent France 15200,5 U2'3'4'7'8'9
Rigney1 Rigney France 15458,5 U2'3'4'7'8'9
Bockstein Bockstein Germany 8391 U5b1d1
Brillenhohle Brillenhöhle Germany 14796 U8a CF n/a
BRM001 Weyhe-Dreye Germany 5778,5 U5b3b I2a1a2 M423
Burkhardtshohle Burkhardtshöhle Germany 14619 U8a CT n/a
CRW001 Criewen Germany 6705,5 U4b1b1
DOB001 Urdhöhle (Döbritz) Germany 9437,5 U4b1a I2a1a2 M423
DRI001 Drigge Germany 7180 U5b2b I2a1a2 M423
GFW001 Gross Fredenwalde Germany 7800 U5b1a I2a1b2 FGC29562/Y10705
GFW002.003 Gross Fredenwalde Germany 7877 U5b2b I2a1a2 M423
GFW004 Gross Fredenwalde Germany 8325 U5b1b
GFW005 Gross Fredenwalde Germany 7053 U5b2a I2a1a P37.2/PF4004
GFW007 Gross Fredenwalde Germany 8046,5 U5b1a CT NA
GFW008 Gross Fredenwalde Germany 7952 U5b1a I M170
GFW009 Gross Fredenwalde Germany 8082 U5b1 I M170
HohleFels10_79 Hohle Fels Germany 14678,5 U8a I2a1a P37.2/PF4004
HohleFels49 Hohle Fels Germany 15130,5 U8a I2 M438/P215/PF3853/S31
OKL001 Oberkassel Germany 13945 U5b1
OKL002 Oberkassel Germany 13457,5 U5b1 I2a1a2 M423
OST001 Ostorf Germany 5393,5 H1+16189
OST002 Ostorf Germany 5244,5 H I2a2a1b S6596
OST003 Ostorf Germany 5183 J1c3j I1 M253
AC16 Arene Candide Italy 12774,5 U5b1
PA12 Paglicci Italy 28891 U8c
Paglicci133 Paglicci Italy 32964 U8c C M130
PRD001 Pradis Italy 12993,5 U5b1d I2a1a P37.2/PF4004
RIP001 Riparo Tagliente Italy 16743 U2'3'4'7'8'9 I2a1b M436
STO001 San Teodoro Italy 13462 U2'3'4'7'8'9
DON005 Donkalnis Lithuania 8376 U5a2d n/a n/a
DON006 Donkalnis Lithuania 6619 U5b2c1 F NA
DOG001 Doggerland, Eurogeul Netherlands 9608 U5b1b I2a1b1 M223
DOG002 Doggerland, West of Brown Bank Netherlands 10279,5 U5b2a1a I2a1a2 M423
DOG003 Doggerland, Noordhinder trenches Netherlands 10789,5 U5a2d CT n/a
DOG004 Doggerland, Brown Bank Netherlands 10065,5 U5b1b I M170/PF3715
DOG006 Doggerland, Sand Motor Netherlands 8544 U5b2a1a F M89/PF2746
DOG007 Doggerland Netherlands 9338,5 K1e I2a2a PF6915
DOG009 Doggerland, Maasvlakte 2 Netherlands 8816 U5a2c I M170/PF3715
DOG010 Doggerland, Maasvlakte 2 Netherlands 8763 U
KRZ001 Krzyż Poland 10063,5 U5b2
MAZ001 Maszycka Poland 18385 U2'3'4'7'8'9 CT n/a
MAZ003 Maszycka Poland 15555,5 U2'3'4'7'8'9 C M130
CIO001 Cioclovina Romania 32653,5 U CT n/a
AMI001 Ḥou Amieva (Llanes) Spain 6748 U5b1
AMI002 Ḥou Amieva (Llanes) Spain 7130 U5a2a
CRN001 Casa Corona Spain 7884 U5b1 I2a1a1b S21825
CRN002 Casa Corona Spain 7939,5 U5b1 I2a1a1b2 L1294
GER002 Reclau Viver (Girona) Spain 26147 U8b'c C M130
GER003 Mollet III (Girona) Spain 27199 M C M130
RIE002 La Riera Spain 20868 U2'3'4'7'8'9 n/a n/a


Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6485
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2714/-13
  • мтДНК: H1b
Архив тут https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB51862
Очень интересно. 116 новых образцов.
« Последнее редактирование: 02 Март 2023, 08:20:46 от пенелопа »

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6777
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Интересно, выходит R-V88 в Африку из Европы попали, либо все таки боковая линия какая-то.

Оффлайн Павлов Сергей

  • Сообщений: 127
  • Страна: ru
  • Рейтинг +28/-0
Архив тут https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB51862
Очень интересно. 116 новых образцов.
А как можно посмотреть эти 116 новых? Не знаю как такой архив открыть.
Спасибо!

Онлайн Georg

  • Сообщений: 665
  • Страна: ru
  • Рейтинг +208/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1ct и H5b*
Архив тут https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB51862
Очень интересно. 116 новых образцов.
А как можно посмотреть эти 116 новых? Не знаю как такой архив открыть.
Спасибо!
Generated FASTQ files
скачиваете ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR106/005/ERR10693105/ERR10693105.fastq.gz
любой архиватор формат gzip понимает.
потом играетесь с файлом fastq - преобразуете в bam и дальше, например, в WGSE что-то из него вытаскваете.

но большая часть работы уже сделана - определены гапогруппы - в табличке в первом посте.
аутосомы тоже, вроде, вытащили и построили PCA диаграммы - их в статье анализировали

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Коллеги! А нет ли из этих новых 116 известных Y в более простой доступности?
Терминальные снипы ведь указаны в первом сообщении. Заходите на дерево YFull и ищете снип поиском по названию. А подробности типа отрицательных нижележащих снипов это уже более сложными путями.

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 959
  • Страна: am
  • Рейтинг +387/-1
  • J1-Z1842
Прародина кластера Вилабрана WHG является Балканы. Предсказуемо.

----

 In addition, our phylogeographic analysis points to northeastern Italy as the possible entry point of the Epigravettian-associated gene pool in the Italian peninsula. This finding, in conjunction with the genetic affinity of the Villabruna cluster to ancient and present-day Near Eastern ancestries4,15,16 (Supplementary Information, section 8, Supplementary Fig. 18 and Supplementary Data 2.O), suggests the Balkans as a source of the incoming Epigravettian-associated population. The LGM could thus have created a corridor south of the Alps for east-to-west human movements that genetically connected hunter-gatherer populations from the Balkans to Iberia, possibly also via dispersals along existing lower-sea-level coasts32.

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 959
  • Страна: am
  • Рейтинг +387/-1
  • J1-Z1842
Кластеру Сиделкино EHG дали возраст 14.000
Маловато. Возраст R1-a побольше

The Sidelkino ancestry also emerged around 14 ka with its first direct evidence in eastern Europe43 dated to 13 ka.

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 959
  • Страна: am
  • Рейтинг +387/-1
  • J1-Z1842
Нету H2 в палеолите. Гаплогруппа I впервые появляется с граветской культурой.

Гаплогруппа J1 в Сиделкино. Евразиаты?




Оффлайн cybernomad

  • Сообщений: 6
  • Страна: 00
  • Рейтинг +3/-0
Цитировать
MN2001   Minino II   Russia   10544,5   U4   R1a   M420
MN2002   Minino II   Russia   10662,5   U4a1   R1a1   M459
MN2003   Minino II   Russia   10533,5   U5a2   R1b1a1   P297

"Эрбин" в компании "ариев" в вологодском лесу. Что на это скажет Анатолий Алексеевич?

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Он - броня, потому что имеет сверхценную идею. Это не лечится))

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 959
  • Страна: am
  • Рейтинг +387/-1
  • J1-Z1842
Мда
В Такиджистане 8000 лет назад практически не было иранского неолита.
На ПСА близок к Афонтова горе к ANE.

Оффлайн Kambic

  • Сообщений: 1460
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1513/-34
  • Y-ДНК: r1b
  • мтДНК: H
Мда
В Такиджистане 8000 лет назад практически не было иранского неолита.
На ПСА близок к Афонтова горе к ANE.
Есть и современный научный образец с Таджикистана  https://www.yfull.com/tree/Q-Y147574/ ну сибиряки же тоже на югах кости греют )

Оффлайн AleksG

  • Maternal Y-DNA: R-L365->YP940>R-Y110693
  • Сообщений: 875
  • Страна: 00
  • Рейтинг +389/-4
  • Y-ДНК: Q-PH2513
  • мтДНК: U5a1a1a
Первые два образца из статьи уже на Yfull
https://www.yfull.com/samples-from-paper/710/
будут ли еще ?


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.