АвторТема: Полногеномный сиквенс (WGS), где и как использовать результаты?  (Прочитано 9798 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн MikSa

  • Сообщений: 297
  • Страна: by
  • Рейтинг +59/-2
  • Соколовские герба Холева
  • Y-ДНК: I-А2423
Понятно, спасибо!

Оффлайн MikSa

  • Сообщений: 297
  • Страна: by
  • Рейтинг +59/-2
  • Соколовские герба Холева
  • Y-ДНК: I-А2423
Насколько я понял, достаточно хранить CRAM у себя, необязательно FastQ?
Пока не понятно про небольшие индексные файлы для CRAM  и для VCF.

Оффлайн MikSa

  • Сообщений: 297
  • Страна: by
  • Рейтинг +59/-2
  • Соколовские герба Холева
  • Y-ДНК: I-А2423
Установил WGSExtractv4, выбираю свой CRAM файл в поле "Выбрать BAM/CRAM" и программа выдает ошибку "Error processing the BAM File Header" - что-то с заголовком моего файла.

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 740
  • Страна: ru
  • Рейтинг +227/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1ct и H5b*
Попробуйте перекачать. И все мелкие файлы подложите в ту папку.
Лучше со скрином.


Оффлайн MikSa

  • Сообщений: 297
  • Страна: by
  • Рейтинг +59/-2
  • Соколовские герба Холева
  • Y-ДНК: I-А2423
Еще есть два файла FastQ - из них как-то можно получить правильный BAM/CRAM?


Оффлайн Georg

  • Сообщений: 740
  • Страна: ru
  • Рейтинг +227/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1ct и H5b*
Еще есть два файла FastQ - из них как-то можно получить правильный BAM/CRAM?
Написано, что можно. Но я тут не подскажу. Или подождите тут ответ или в теме Nebula

Оффлайн MikSa

  • Сообщений: 297
  • Страна: by
  • Рейтинг +59/-2
  • Соколовские герба Холева
  • Y-ДНК: I-А2423
Оказалось сам экстрактор криво стал - после удаления его папок и новой установки вроде все пошло.
Спасибо за помощь!
Если не рановато пишу )))

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.