Evogen

[NathanS]

Персональные данные, включающие кодированную информацию
То есть данные позволяющие идентифициировать человека (отпечатки, например если труп или просто имя-фамилия если известны) + дополнительная информация из генома. А не сама кодированная информация.

В определении геномной информации как персональных данных нет никаких указаний на ФИО или отпечатки.
rs1234 GA - вот вам кодированная информация о фрагменте ДНК.

[AleksG]

Персональные данные, включающие кодированную информацию
То есть данные позволяющие идентифициировать человека (отпечатки, например если труп или просто имя-фамилия если известны) + дополнительная информация из генома. А не сама кодированная информация.

В определении геномной информации как персональных данных нет никаких указаний на ФИО или отпечатки.
rs1234 GA - вот вам кодированная информация о фрагменте ДНК.

Вы ссылаетесь на закон 2008 года о геномной информации. Как он связан с ФЗ о ПД?
e-by14150 - вот вам снип, идентифицируйте человека ?

[Valery]

rs1234 GA - вот вам кодированная информация о фрагменте ДНК.

Тогда скажем при p(A)=freq(A)=0.95 и выполненном Харди-Вайнберге имеем в 10 раз бОльшую вероятность виновности Васи, чем средняя виновность в популяции, если и на месте преступления и у Васи rs1234 GA. О том и речь.

[Valery]

e-by14150 - вот вам снип, идентифицируйте человека ?

аллель этой штуки может апостериорно менять вероятность какого-то события радикально

В реальных российских судах перепалки на эту тему приглашенных сторонами генетиков - уже давно не редкость (если кто не в курсе). Это в телевизоре а-ля каменный век. Но не в СМЭ 

[NathanS]

Вы ссылаетесь на закон 2008 года о геномной информации. Как он связан с ФЗ о ПД?
e-by14150 - вот вам снип, идентифицируйте человека ?

Вы путаете генеалогический поиск и сложности генеалогиских поисков с идентификацией по закону.
Генетическая информация - персональные данные, например данные о ДНК. Это получается правовой статус.
То, что по снипу нам сложно определить какие-то линии, другая история. Органы вас найдут, если им надо будет, и снипы не понадобятся.

[Valery]

YSEQ Крана базируется в Германии, а в ЕС довольно строгие законы о персональных данных. Но как-то там они же оформили передачу в YFull? значит, можно и по российским законам сделать подобное. Но это очевидно требует явного согласия клиента. Фиг знает, что при этом требуется от самой yFull. Это персональные данные.

[AleksG]

Вы путаете генеалогический поиск и сложности генеалогиских поисков с идентификацией по закону.
Генетическая информация - персональные данные, например данные о ДНК. Это получается правовой статус.
То, что по снипу нам сложно определить какие-то линии, другая история. Органы вас найдут, если им надо будет, и снипы не понадобятся.

Мы говорим о разных плоскостях одной проблемы )
Суть закона о ПД - не в том чтобы не дать органам установить кого надо. И не о том как эти ПД использовать в судебно-медицинской криминалистике.
О том как к ПД получают доступ по закону - другой вопрос. Суть ФЗ о ПД в том что регулировать вопросы доступа к ПД тем кто такого права по закону не имеет.

Условно говоря, если посторонний Вася Пупкин - может на основе каких-то данных (из утечки) персонализировать конкретного человека - это проблема. Если не может - нет проблемы.
Еще как пример, если условный генотек или эвоген сольет базу гаплогрупп своих клиентов условному Яндексу - и тот как-то сможет на основе этих данных персонализировать людей и слать спам с рекламой - это проблема. Ну или там страховая начнет вам премиум за страховку повышать, потому что у вас (конкретно у вас) риск инфаркта повышен.

А каким образом данные о наличии мутаций в игреке могут идентифицировать человека - я ума не приложу.

[Valery]

А каким образом данные о наличии мутаций в игреке могут идентифицировать человека - я ума не приложу.

Если апостериорная вероятность события с данными хотя бы об одном маркере индивида (снипе, инделе итп) отличается от априорной - то по правилам судебной генетики такая информация является идентифицирующей. Вопрос о достаточном или недостаточном определении - это количественный вопрос о дискриминирующей силе маркера. Качественно, это все части индивидуализирующей информации.

[Valery]

Может и правда лучше класть клиенту на флешку Y bam + мт фасту.
Договориться с YFull можно, но чтобы клиент все сам своими ручками предоставлял.

У них юристы есть, пусть сами и думают за зп 

[Valery]

Кстати мт bam предпочтительнее фасты, по кр мере в некоторых тонких случаях. Ведь мт фаста - это грубая консенсусная фаста.

[NathanS]

А каким образом данные о наличии мутаций в игреке могут идентифицировать человека - я ума не приложу.

Индетификация по закону - это подтвердить, что вы это вы. Технология будет вторична - пароль тоже является вашими персональными данными, форма лица, паспорт и т.д. Можно подтвердить по ДНК данным, что вы это вы - да. Достаточно пару снипов по Y-ДНК в комбинации с парой снипов по мито. Снипы по Y уже выделяют малую группу - брат, отец, сын, дед, внук, а в комбинации с мито, то все прочее пожно исключить.

Идентификация в генеалогии зависит от хорошей базы данных. Сделав тесты Y-ДНК и FamilyFinder ваш брат сможет точно установить, что вы его брат. Далее сложнее, о чем мы тут и пишем и надеемся на совпаденцев.

Законы же определяют правовые рамки. Если вы даете свое согласие (а вы его даете письменно в FTDNA, в других компаниях в цифровом виде) на поиск совпаденцев, то проблем нет. Всякие там утечки - это не основная форма доступа, а разбазаривание генетических данных наказывается по закону. Соглашаясь на ДНК тестирование, вы соглашаетесь и на такой риск, что ваши данные попадут не туда, куда надо. Если в одном законе генетические данные определены как персональные, то это должно распространяться и на другие законы. Я просто привел пример закона, в котором было четко прописано, что генетические данные являются персональными.

Если вы взяли булочку и не заплатили - это кража по закону. По практике и по морали это может быть весьма благородным действием. Практика и законодательство не всегда имеют одно правильное решение. Перенос генетических данных именно такой момент - с одной стороны, правовой, вас можно идентифицировать, с другой стороны, генеалогической, может быть сложно.

[Valery]

Идентификация в генеалогии зависит от хорошей базы данных.

Можно даже усилить это утверждение. В аутосомной идентификации используется набор маркеров некой удовлетворительной полиморфности и мутабельности (=> это STR). Идентификация индивида лишь минорно зависит от базы частот маркеров в популяциях, меняя вероятность в среднем менее чем на порядок. Маркеры должны быть независимо наследуемы, то есть расстояние между ними на хромосоме должно быть велико, что ограничивает и само количество маркеров. Грубо говоря, база частот по набору локусов - это тензорное произведение баз по отдельным локусам.

Идентификация по Y и мт напротив, радикально зависит от базы. Так как все локусы - в абсолютном сцеплении. База должна содержать информацию не по отдельным локусам, а по полным гаплотипам, как можно более подробным. Эта база не есть тензорное произведение никаких вменяемым образом определяемых пространств, она - новый эмпирический объект.

По базам Y и мт считается две статистики. Если совпадение найдено, то на уровне 0.95 или 0.99, по желанию, рассчитываются нижняя и верхняя граница частоты. Если не найдено, то на тех же уровнях считается верхняя частота. Из этих величин получают апостериорную вероятность ошибки судебного заключения. В обоих случаях речь идет о гаплотипе, а не составляющих его маркерах.

[Valery]

Интуитивно, разный тензорный ранг указанных объектов хорошо согласуется с наличием или отсутствием рекомбинации. Неразложимость Y и мт как "тензоров" объясняется одновременной эволюцией всех маркеров сразу на некоем воображаемом 1-многообразии в пространстве маркеров (то есть на дереве).

Это некая геометрическая, некорректная с т.зр. статистики, но интуитивно приемлемая регулярная модель явления. Но она имеет совершенно очевидные статистические следствия. Поэтому скажем объясняя суть явления физикам, для которых этот язык наиболее прост, я бы в первую очередь давал указанную картинку.

[Valery]

Грубо говоря, база частот по набору локусов - это тензорное произведение баз по отдельным локусам.

но к сожалению, произведение многочленов частот по K локусам, каждый из N аллелей, не раскрывается так же, как K-ый дифференциал функции N переменных, тк это многочлены от разных наборов переменных (тогда как дифференциал лежит в тензорной степени одного пространства)

[Valery]

То есть аутосомы по K локусам это тензорное произведение неких K пространств, каждое из которых есть симметрический квадрат своих Ni аллелей (в духе Харди-Вайнберга). Частоты гаплотипов соответствуют элементам этого произведения.

Даже близко ничего подобного этой алгебре нет у однородительских локусов. Там можно найти совершенно иного рода структуры, связанные с филогенетикой. Они сложнее алгебраически и классической математикой не описываются.