АвторТема: SNP внутри STR  (Прочитано 2827 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1250
  • Страна: ru
  • Рейтинг +929/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: SNP внутри STR
« Ответ #15 : 06 Ноябрь 2022, 18:39:18 »
YSEQ считывает SNP тесты участками по 500 позиций. Можно попытаться и STR и SNP уместить в эти 500 позиций, но цена уже не 11 а 18$. В прошлом году небольшой эксперимент проверили. Одним SNP проверили сразу 2 гаплогруппы G и R1a. Схема рабочая.

Оффлайн covex-nnАвтор темы

  • Сообщений: 103
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-0
  • SI12160→YF104030
    • Geni
  • Y-ДНК: R1a-Y164342
  • мтДНК: H
Re: SNP внутри STR
« Ответ #16 : 06 Ноябрь 2022, 19:23:24 »
YSEQ считывает SNP тесты участками по 500 позиций. Можно попытаться и STR и SNP уместить в эти 500 позиций, но цена уже не 11 а 18$. В прошлом году небольшой эксперимент проверили. Одним SNP проверили сразу 2 гаплогруппы G и R1a. Схема рабочая.
https://ybrowse.org/gb2/gbrowse/chrY/?name=chrY%3A19985821..19986014 - а ведь DYS714 короче, чем 500 позиций! Напишу в YSEQ, спрошу можно ли протестировать участок вокруг середины маркера и какой будет результат =) Да и если середина этих пятиста позиций будет в Y197056, то DYS714 уберётся весь целиком два раза!

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1250
  • Страна: ru
  • Рейтинг +929/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: SNP внутри STR
« Ответ #17 : 06 Ноябрь 2022, 22:15:32 »
YSEQ считывает SNP тесты участками по 500 позиций. Можно попытаться и STR и SNP уместить в эти 500 позиций, но цена уже не 11 а 18$. В прошлом году небольшой эксперимент проверили. Одним SNP проверили сразу 2 гаплогруппы G и R1a. Схема рабочая.
https://ybrowse.org/gb2/gbrowse/chrY/?name=chrY%3A19985821..19986014 - а ведь DYS714 короче, чем 500 позиций! Напишу в YSEQ, спрошу можно ли протестировать участок вокруг середины маркера и какой будет результат =) Да и если середина этих пятиста позиций будет в Y197056, то DYS714 уберётся весь целиком два раза!
Не факто что смогут праймеры подобрать, но шансы есть.
На этой неделе они что-то плохо отвечали. Периодически такое бывает.

Оффлайн covex-nnАвтор темы

  • Сообщений: 103
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-0
  • SI12160→YF104030
    • Geni
  • Y-ДНК: R1a-Y164342
  • мтДНК: H
Re: SNP внутри STR
« Ответ #18 : 02 Декабрь 2022, 16:30:41 »
https://ybrowse.org/gb2/gbrowse/chrY/?name=chrY%3A19985821..19986014 - а ведь DYS714 короче, чем 500 позиций! Напишу в YSEQ, спрошу можно ли протестировать участок вокруг середины маркера и какой будет результат =) Да и если середина этих пятиста позиций будет в Y197056, то DYS714 уберётся весь целиком два раза!
Не факто что смогут праймеры подобрать, но шансы есть.
На этой неделе они что-то плохо отвечали. Периодически такое бывает.
Со второй покупки Wish SNP праймер всё таки подобран!
Надеюсь, что теперь снип получит 3 звезды, чтобы попасть в дерево Yfull, чтобы заказывать не 3 других снипа по одному, а сразу R1a-Z93 Panel, чтобы результат панели поместить на китайский theytree :)

Оффлайн cheremis

  • Сообщений: 650
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-7
  • Y-ДНК: N1a2b-N-FT256675
  • мтДНК: I1a1a
Re: SNP внутри STR
« Ответ #19 : 14 Март 2023, 14:28:52 »
что вообще значит общие снипы ? Вот с старинными носителями тюркозвучащих фамилий фамилий из 17 века у меня по 33-37 общих снипов и ближайший предок 1100 и 1500 лет назад , все общие снипы с одним из них - 48 . эта информация для чего нужна ?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17430
  • Страна: az
  • Рейтинг +6100/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: SNP внутри STR
« Ответ #20 : 14 Март 2023, 15:54:41 »
Там где 33/37 - это не снипы, а аллели :)
Читаем мануалы для чайников. Ссылка - в подписи.

Оффлайн covex-nnАвтор темы

  • Сообщений: 103
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-0
  • SI12160→YF104030
    • Geni
  • Y-ДНК: R1a-Y164342
  • мтДНК: H
Re: SNP внутри STR
« Ответ #21 : 14 Март 2023, 17:14:10 »
cheremis, STR - это Short Tandem Repeats, SNP - это Single-nucleotide polymorphism (и то и другое можно нагуглить =); SNP внутри STR - иключительная ситуация, у меня так совпало.

Общие снипы - это такие снипы, которые возникли у общего предка, в комплексе позволяют более-или-менее точно определять время жизни общего предка. Похожесть наборов STR (это те, что 33/37) позволяет определять тоже самое время жизни общего предка, значительно менее точно и менее затратно. Но нужно читать мануалы, да.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1250
  • Страна: ru
  • Рейтинг +929/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: SNP внутри STR
« Ответ #22 : 14 Март 2023, 19:41:55 »
Маркеры это штуки которые есть у всех. Они все время меняются. Бывают разные случайные совпадения или наоборот, уход в даль близких совпаденцев. Бюджетный вариант.

Снипы хорошо когда они все есть. Если только часть то это иногда бесполезно. У них есть иерархия, до определенного уровня. Получив свежий снип получаем и все старые. Количество общих снипов не так вожно как количество индивидуальных. Но узнать это все можно только при глубоком тесте.

Часто по маркерам есть недоделанные которые потенциально будут ближе при углублении ими своего теста. По сути это единственная польза от ваших маркерных совпаденцев.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.