SNP внутри STR

[covex-nn]

Здравствуйте!
Я сегодня заказывал в YSEQ услугу Wish a SNP для Y197056, на что мне ответили, что этот снип находится внутри DYS714 repeat и посоветовали заказывать STR-маркер. Я заказал, чтобы посмотреть как это "работает в YSEQ".

Скажите, существует ли какая-то страница в интернетах, на основе которой я сам смог бы как-то это определить? Я бы хотел сопоставить свои приватные снипы и STR-мутации на этот счёт.

[NathanS]

Здравствуйте!
Я сегодня заказывал в YSEQ услугу Wish a SNP для Y197056, на что мне ответили, что этот снип находится внутри DYS714 repeat и посоветовали заказывать STR-маркер. Я заказал, чтобы посмотреть как это "работает в YSEQ".

Скажите, существует ли какая-то страница в интернетах, на основе которой я сам смог бы как-то это определить? Я бы хотел сопоставить свои приватные снипы и STR-мутации на этот счёт.

Позиции снипов легко найти в GeneticHomeland: https://www.genetichomeland.com/welcome/dnamarkerindex.asp?snp=Y197056&chromosome=Y
После этого можно посмотреть на YBrowse: https://ybrowse.org/gb2/gbrowse/chrY/?name=chrY%3A19985856..19985858

[covex-nn]

Спасибо! =)

[covex-nn]

Эх
В YSEQ не нашли мой снип Y197056 внутри STR DYS714 при заказе этого STR. Наверное у них там какая-то упрощённая процедура.
Написал им в почту с вопросом про снип, но они молчат (уже долго молчат). Напишу ещё раз.

[Valery]

а каким путем они делают этот STR? если у них разработан набор, показывающий длины по леддеру, то снип и не увидеть. Если же это прямой сиквенс, то могли просто не искать, но тогда попросите прислать обычную фасту, дело-то.

[Valery]

набор, показывающий длины по леддеру

технически это сэнгеровское секвенирование, но ввиду особенностей дизайна это по информативности - как форез

[covex-nn]

а каким путем они делают этот STR? если у них разработан набор, показывающий длины по леддеру, то снип и не увидеть. Если же это прямой сиквенс, то могли просто не искать, но тогда попросите прислать обычную фасту, дело-то.

Судя по результатам, они это делают также как в FTDNA (там также определили DYS714=26). А ещё вместо одного STR в YSEQ мне выдали результаты аж по девяти: DYS710, DYS485, DYS632, DYS495, DYS540, DYS714,DYS716, DYS717 (FTDNA PANEL 5 (68-75)) и DYS481 ещё. Значит это какой-то простой и дешёвый вариант.

[Valery]

DYS714 извлекабелен мультиплексом с недавних пор, так что вполне может быть и по старинке

[Val_Metov]

С SNP внутри STR я не сталкивался, но мне нравится, что YSEQ не округляют значения STR маркеров. Например у G-L1264 очень часто встречается DYS392 = 10.2. По сути одним маркером можно определить с высокой степенью достоверности, с учетом особенностей популяций конкретный, сразу 2 гаплогруппы. DYS392 = 10 - G2a1. DYS392 = 10.2 - G2a2 G-L1264.

[covex-nn]

С SNP внутри STR я не сталкивался, но мне нравится, что YSEQ не округляют значения STR маркеров. Например у G-L1264 очень часто встречается DYS392 = 10.2. По сути одним маркером можно определить с высокой степенью достоверности, с учетом особенностей популяций конкретный, сразу 2 гаплогруппы. DYS392 = 10 - G2a1. DYS392 = 10.2 - G2a2 G-L1264.

Yfull мне насчитал значение DYS714=26.a, FTDNA нашёл снип, но так и оставил DYS714=26, YSEQ вон тоже по простому насчитал, хотя другой DYS710 показал как 32.2, как и FTDNA, кстати.

Я с этим STR хотел "схитрить". В моём субкладе есть 3 снипа, которые я мог бы протестировать в YSEQ и вот ещё DYS714 со снипов внутри. Я нашёл четырёх человек с глубокими родословными, у которых предполагаю общего предка в районе 500-700 лет. При помощи двух STR и дополнительно трёх SNP получилось бы выяснить кто и от кого ответвился. Но система дала небольшой сбой =) Это не критично, наверное, для демонстрации результатов тоже сгодится. А там, глядишь, и кто-нибудь да сделает себе WGS+ =)

[Valery]

С SNP внутри STR я не сталкивался, но мне нравится, что YSEQ не округляют значения STR маркеров. Например у G-L1264 очень часто встречается DYS392 = 10.2.

Это микро-аллели, они могут быть на леддере, но чаще офф-леддер. То есть все равно толком не скажешь какой там метод.

[Valery]

Я с этим STR хотел "схитрить". В моём субкладе есть 3 снипа, которые я мог бы протестировать в YSEQ и вот ещё DYS714 со снипов внутри. Я нашёл четырёх человек с глубокими родословными, у которых предполагаю общего предка в районе 500-700 лет. При помощи двух STR и дополнительно трёх SNP получилось бы выяснить кто и от кого ответвился. Но система дала небольшой сбой =) Это не критично, наверное, для демонстрации результатов тоже сгодится. А там, глядишь, и кто-нибудь да сделает себе WGS+ =)

нет
для вашей цели нужны сиквенсы для всех 4 индивидов
и множественное выравнивание области инделов
иначе легко облажаетесь

и даже это не все - надо консультироваться с теми кто собаку на таких вещах съел, YFull конечно. Вдруг там есть реклохи/палиндромы/итд, от балды не решается этот вопрос.

Я не понял что вам надо поначалу. С этого кмт и надо было начинать.

Закажите у yseq сэнгеровский сиквенс этого участка для всех лиц.

[covex-nn]

нет
для вашей цели нужны сиквенсы для всех 4 индивидов
и множественное выравнивание области инделов
иначе легко облажаетесь

и даже это не все - надо консультироваться с теми кто собаку на таких вещах съел, YFull конечно. Вдруг там есть реклохи/палиндромы/итд, от балды не решается этот вопрос.

Я посчитал, что будет сложно добиться от людей денежных затрат без какой-нибудь небольшой саксесс-стори.
В моём случае есть два STR - DYS714=26.a и DYS716=29, люди в тех краях в основном R1a-Y5977+ и даже среди них такая пара STR - редкость среди сдавших тесты. Если получится что-то понять, то будет хорошо, если не получится, то затраты каждого будут не так велики. Но наверное всё получится - после двух STR закажем всем испытуемым по три дополнительных снипа. Они вроде бы годные, встречаются только в моём субкладе, все combBED и не входят в регионы, перечисленные здесь https://www.yseq.net/product_info.php?products_id=108

При помощи моего мини-исследования я смогу выдвинуть гипотезу о родстве множества разных людей по мужской линии, поткрепив её результатами исследования. Саму гипотезу можно будет доказать в дальнейшем только при помощи полных сиквенсов Y-хромосомы, да. Двое даже уже вроде бы согласились заказать WGS, но потом. Вобщем, я хочу это потом немного приблизить

Я не понял что вам надо поначалу. С этого кмт и надо было начинать.

Закажите у yseq сэнгеровский сиквенс этого участка для всех лиц.

Спасибо! Теперь я, как минимум, смогу сформулировать задачу перед YSEQ!

[Semargl]

С SNP внутри STR я не сталкивался, но мне нравится, что YSEQ не округляют значения STR маркеров. Например у G-L1264 очень часто встречается DYS392 = 10.2. По сути одним маркером можно определить с высокой степенью достоверности, с учетом особенностей популяций конкретный, сразу 2 гаплогруппы. DYS392 = 10 - G2a1. DYS392 = 10.2 - G2a2 G-L1264.

Yfull мне насчитал значение DYS714=26.a, FTDNA нашёл снип, но так и оставил DYS714=26, YSEQ вон тоже по простому насчитал, хотя другой DYS710 показал как 32.2, как и FTDNA, кстати.

Я с этим STR хотел "схитрить". В моём субкладе есть 3 снипа, которые я мог бы протестировать в YSEQ и вот ещё DYS714 со снипов внутри. Я нашёл четырёх человек с глубокими родословными, у которых предполагаю общего предка в районе 500-700 лет. При помощи двух STR и дополнительно трёх SNP получилось бы выяснить кто и от кого ответвился. Но система дала небольшой сбой =) Это не критично, наверное, для демонстрации результатов тоже сгодится. А там, глядишь, и кто-нибудь да сделает себе WGS+ =)

DYS714=26.a - ".a" так в YFull как раз отображают наличие SNP внутри STR. В данном случае в одном из повторов произошла замена T->A.
Y197056 положителен для всех пяти образцов в субкладе R-Y164342.

[covex-nn]

DYS714=26.a - ".a" так в YFull как раз отображают наличие SNP внутри STR. В данном случае в одном из повторов произошла замена T->A.
Y197056 положителен для всех пяти образцов в субкладе R-Y164342.

Понял!
Т.к. "а" - обозначение Yfull, то YSEQ и не должен был искать снип внутри. Их ответ 26 повторов - верен. А я, значит, дополнительно должен как-то протестировать эту же мутацию у других тестируемых.
Спасибо за пояснение =)