АвторТема: Как перенести результаты BigY в YFull  (Прочитано 398 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн NathanSАвтор темы

  • Сообщений: 840
  • Страна: 00
  • Рейтинг +664/-2
Как перенести результаты BigY в YFull
« : 05 Август 2022, 15:40:43 »
Как перенести результаты BigY в YFull

Содержание
  • Краткое введение
  • Загрузка и перенос VCF-файла в YFull
  • Покупка и загрузка BAM-файла
  • Перенос BAM-файла в YFull
  • Перенос BAM-файла в YFull после анализа VCF-файла
  • Перенос CSV-файла с данными о STR-маркерах
  • Важные настройки аккаунта в YFull

Оффлайн NathanSАвтор темы

  • Сообщений: 840
  • Страна: 00
  • Рейтинг +664/-2
Re: Как перенести результаты BigY в YFull
« Ответ #1 : 05 Август 2022, 15:41:46 »
Краткое введение

YFull - российская компания, которая специализируется на анализе данных по продвинутым тестам Y-хромосомы, таких как Big Y в FamilyTreeDNA или тестов полногеномного секвенирования. Основной формат данных для анализа - BAM-файл, но для результатов теста Big Y можно перенести файл в формате VCF (он выдается бесплатно.) YFull определяет новые снипы и выделяет субклады в дереве Y-ДНК, а также рассчитывает возраст ближайшего общего предка, ВБОП или TMRCA. Так как компания принимает результаты полногеномных тестов из других лабораторий, например YSEQ, Nebula Genomics и Dante Labs, то ваш терминальный снип и субклад могут отличаться от определенных снипов и субкладов в FamilyTreeDNA.

После теста Big Y можно перенести следующие результаты:
  • VCF-файл - выдается бесплатно после теста, но содержит меньше генетических данных. STR-маркеры выделить нельзя, а выделение новых снипов может быть сложнее.
  • BAM-файл - необходимо выкупить в FTDNA, на момент написания это стоит 100$. BAM-файл содержит значительно больше генетических данных, что позволяет точнее выделить и определить “качество” выделенных снипов. Если после анализа VCF-файл субклад не выделился, то анализ BAM-файл может изменить ситуацию.
  • CSV-файл с данными по STR-маркерам. Это позволит заполнить значения STR-маркеров, которые невозможно или трудно надежно выделить из данных в BAM-файле.

Анализ в YFull стоит на момент написания 45€. Если вы сначала проанализировали данные в VCF-файле, то можно позже бесплатно загрузить BAM-файл. Если вы не оплатите анализ, то спустя месяц ваш результат не будет виден в дереве YFull и не будет участвовать в оценке возраста ближайшего общего предка.

В YFull можно перенести сразу BAM-файл, но можно поступить и иначе - загрузить сначала VCF-файл, а со временем выкупить BAM-файл и перенести его в YFull. Рекомендуется перенести также CSV-файл с данными по STR-маркерам.

В установках аккаунта укажите данные о регионе происхождения самого дальнего (древнего) известного мужского предка, его имя и даты жизни. Этническую принадлежность предка можно указать выбрав подходящий язык предка. На сайте YFull есть также гаплогруппные и фамильные проекты, в которые вы можете вступить.

Оффлайн NathanSАвтор темы

  • Сообщений: 840
  • Страна: 00
  • Рейтинг +664/-2
Как перенести VCF-файл в YFull?
« Ответ #2 : 05 Август 2022, 15:44:30 »
Как перенести VCF-файл?
Если вы решили не загружать BAM-файл или загрузить его позже, то вы можете следовать этой инструкции для загрузки VCF-файла.

  • Зайдите в ваш аккаунт в FamilyTreeDNA: https://www.familytreedna.com/sign-in.

  • Найдите раздел Big Y.


     
  • Найдите кнопку Results и кликните на нее.


  • В верхнем углу справа найдите кнопку Download Files и кликните на нее.


  • В появившемся меню найдите пункт Download VCF и кликните на него.


     
  • Под появившемся сообщением о загрузке VCF-файла кликните на кнопку Download VCF.


  • VCF-файл загрузится на ваш компьютер. Найдите его на вашем компьютере (вероятно это папка Downloads или Загрузки).


  • Зайдите на страницу заказа анализа в YFull: https://www.yfull.com/order/.


  • Заполните данные о себе - адрес электронной почты и ваше имя, выберите (кликните) на тип загружаемого файла - .VCF, и выберите (кликните) на название компании - FTDNA Big Y.


  • Кликните на Browse или Выбрать файл.


  • В открывшемся окне найдите файл на компьютере и кликните на него два раза.


     
  • Согалиситесь с условиями обработки данных и кликните на Заказать сейчас!


     
  • Вы увидите подтверждение загрузки файла. Ожидайте е-мэйл с подтверждением загрузки файла и паролем к вашему аккаунту в YFull. Ваш образец должен появиться в Y-дереве в YFull. Его положение, терминальный снип или субклад, может со временем измениться, когда анализ данных будет окончательно завершен и при поступлении новых результатов в вашем субкладе.

Оффлайн NathanSАвтор темы

  • Сообщений: 840
  • Страна: 00
  • Рейтинг +664/-2
Как выкупить BAM-файл
« Ответ #3 : 05 Август 2022, 15:54:06 »
Как выкупить BAM-файл, загрузить его и получить ссылку для переноса в YFull?
Если вы решили загрузить BAM-файл, то вам необходимо его выкупить - оплатить доступ к “сырым данным” теста BigY. Следуйте этой инструкции. Здесь будет показана оплата BAM-файла, загрузка файла на свой компьютер и получение ссылки для переноса на YFull.

  • Зайдите в ваш аккаунт в FamilyTreeDNA: https://www.familytreedna.com/sign-in.

  • Найдите раздел Big Y.


     
  • Найдите кнопку Results и кликните на нее.


  • В верхнем углу справа найдите кнопку Download Files и кликните на нее.


  • В появившемся меню найдите пункт Buy Raw Data и кликните на него.


  • На открывшейся странице с апгрейдами найдите строчку Big Y Raw Data и кликните на кнопку ORDER NOW.


     
  • Вы увидите сообщение о добавленном заказе в корзине покупателя. Кликните на кнопку View Cart.


     
  • В корзине покупателя вы удивите заказ “Big Y Raw Data”. На момент написания инструкции покупка “сырых данных” стоила 100$. Кликните на кнопку Proceed To Checkout.


     
  • Проверьте правильность личных данных - имени, фамилии, номер телефона, адреса электронной почты, почтового адреса, города, индекса и страны.


  • Заполните данные о банковской карте - имя на карте, номер карты, месяц и год действия карты, CVC-код, который вы найдете на обороте карты (обычно 3 цифры).


     
  • Для оплаты данных кликните на Place Order.


     
  • Дождитесь подтверждения оплаты - Your order is confirmed!


     
  • Немного обождите, возможно вам следует выйти из вашего аккаунта и зайти в него снова.

  • Перейдите на домашнюю страницу вашего аккаунта. Для этого кликните на Home слева вверху страницы.


  • Найдите раздел Big Y.


     
  • Найдите кнопку Results и кликните на нее.


  • В верхнем углу справа найдите кнопку Download Files и кликните на нее.


  • В появившемся меню найдите пункт Download BAM и кликните на него.


  • В появившемся сообщении вас информируют о том, что вы являетесь обладателем данных, или получили разрешение на загрузку данных, и загружая данные вы соглашаетесь с условиями предоставления услуг. Кликните на кнопку Generate BAM. Процесс создания BAM-файла будет запущен.


     
  • Вы увидите подтверждение создания BAM-файла.


     
  • Обычно процесс создания BAM-файла занимает 30-60 минут, но возможно вам придется подождать больше, официально до трех суток. Когда BAM-файл будет готов, вы получите е-мэйл.

     
  • Обновите страницу “Results” или зайдите в аккаунт позже и найдите эту страницу. В верхнем углу справа найдите кнопку Download Files и кликните на нее. В появившемся меню найдите пункт Download BAM и кликните на него.


  • Вы увидите сообщение с информацией о загрузке BAM-файла. Кликните на кнопку Download BAM для загрузки BAM-файла на ваш компьютер.


     
  • BAM-файл загрузится на ваш компьютер. Найдите его и перенесите в папку, где вы храните “сырые данные” тестов.


  • В дальнейшем вы можете использовать специальные программы для просмотра “сырых данных”, так вы можете самостоятельно проверить, какие снипы определены в вашем тесте, и при необходимости сможете самостоятельно сравнить свой результат с кем-то, кто не загрузил или не хочет загружать свои данные на разные сервисы. Для просмотра “сырых данных” можно воспользоваться программой IGV, Integrative Genomics Viewer. У этой программы есть онлайн-версия: https://igv.org/app/.

  • Для переноса данных на YFull вам потребуется ссылка на файл. Можно загрузить и без ссылки, но как вы будете делиться файлом и куда его загружать не рассматривается в данной инструкции.

  • Кликните на кнопку Share BAM, чтобы получить ссылку на BAM-файл. Она понадобится для переноса данных на YFull.


     
  • Кликните на кнопку Copy для копирования ссылки.


     
  • Переходите к загрузке BAM-файла для анализа или для апгрейда после анализа VCF-файла.

Оффлайн NathanSАвтор темы

  • Сообщений: 840
  • Страна: 00
  • Рейтинг +664/-2
Как перенести BAM-файл для анализа в YFull?
« Ответ #4 : 05 Август 2022, 15:56:23 »
Как перенести BAM-файл для анализа в YFull?
Если вы решили загрузить BAM-файл, то следуйте этой инструкции. Здесь будет показано, как можно загрузить BAM-файл на YFull, если вы решили сделать это сразу (то есть не загружая VCF-файл, а сразу полные данные для анализа). Вам будет необходима ссылка на файл для переноса данных на YFull.

  • Скопируйте ссылку на BAM-файл - это описано в предыдущем разделе.

     
  • Зайдите на страницу заказа анализа в YFull: https://www.yfull.com/order/.


  • Заполните данные о себе - адрес электронной почты и ваше имя, выберите (кликните) на тип загружаемого файла - .BAM, и выберите (кликните) на название компании - FTDNA Big Y.


  • Вставьте скопированную ссылку на BAM-файл в разделе Источник RAW-файла (.BAM/.CRAM). Кликните в поле Ссылка и нажмите на клавиатуре кнопки Ctrl и V, или кликните правой кнопкой мыши и выберите Вставить.


  • Согалиситесь с условиями обработки данных и кликните на Заказать сейчас!


     
  • Вы увидите подтверждение загрузки файла. Ожидайте е-мэйл с подтверждением загрузки файла и паролем к вашему аккаунту в YFull. Ваш образец должен появиться в Y-дереве в YFull. Его положение, терминальный снип или субклад, может со временем измениться, когда анализ данных будет окончательно завершен и при поступлении новых результатов в вашем субкладе.

Оффлайн NathanSАвтор темы

  • Сообщений: 840
  • Страна: 00
  • Рейтинг +664/-2
Как загрузить BAM-файл после анализа VCF-файла?
« Ответ #5 : 05 Август 2022, 15:58:56 »
Как загрузить BAM-файл после анализа VCF-файла?
Если вы решили загрузить BAM-файл после анализа VCF-файла, то следуйте этой инструкции. Вам будет необходима ссылка на файл для переноса данных на YFull.


  • Скопируйте ссылку на BAM-файл - это описано в предыдущем разделе.

     
  • Зайдите в ваш аккаунт в YFull по ссылке https://www.yfull.com/login/ или кликните Войти справа вверху главной страницы.


  • Найдите кнопку Мои заказы и кликните на нее для перехода к списку ваших образцов.


     
  • В списке заказов найдите ваш образец, возможно он единственный, и кликните на кнопку VCF>BAM… ₽0 для бесплатной загрузки вашего BAM-файла для данного образца.


  • В появившемся окне найдите поле Ссылка и вставьте скопированную ссылку на BAM-файл - нажмите на клавиатуре кнопки Ctrl и V, или кликните правой кнопкой мыши и выберите Вставить. Согласитесь с обработкой данных и кликните на кнопку Заказать.


  • Вы увидите подтверждение о том, что заказ на апгрейд принят.


  • Ожидайте е-мэйл о загрузке BAM-файла и результатов дальнейшего анализа данных в BAM-файле.

  • Когда BAM-файл будет загружен в YFull, в разделе Мои заказы вы увидите статус “В обработке” под пунктом Апгрейд для вашего образца.



Оффлайн NathanSАвтор темы

  • Сообщений: 840
  • Страна: 00
  • Рейтинг +664/-2
Как оплатить анализ VCF- или BAM-файла в YFull?
« Ответ #6 : 05 Август 2022, 16:03:18 »
Как оплатить анализ VCF- или BAM-файла?
Для доступа к результатам анализа, списку определенных у вас снипов, списку совпадений и для участия в расчетах оценки возраста ближайшего общего предка вам необходимо оплатить анализ “сырых данных” в YFull. Если анализ не будет оплачен в течение месяца, то ваш образец не будет виден в Y-дереве в YFull и не будет участвовать в расчетах возраста общего предка.

  • Зайдите в ваш аккаунт в YFull по ссылке https://www.yfull.com/login/ или кликните Войти справа вверху главной страницы.


  • Найдите кнопку Мои заказы и кликните на нее для перехода к списку ваших образцов.


     
  • В списке заказов найдите ваш образец, возможно он единственный, и кликните на кнопку Оплатить для оплаты анализа.


     
  • Заполните ваши личные данные и кликните на кнопку Сохранить.


     
  • Выберите удобный вам способ оплаты, например по банковской карте. На картинке показана оплата в евро по банковской карте.


     
  • Далее вы перейдете на страницу, где вам надо заполнить данные по банковской карте и оплатить.

  • Вы получите сообщение с подтверждением оплаты анализа.



  • Вы можете проверить статус оплаты в списке заказов.


  • В списке ваших заказов будет и ссылка для бесплатного апгрейда, если вы захотите загрузить BAM-файла для анализа.


     
  • Вы также получите е-мэйл от YFull с подтверждением оплаты.


     

Оффлайн NathanSАвтор темы

  • Сообщений: 840
  • Страна: 00
  • Рейтинг +664/-2
Как перенести CSV-файл с данными о STR-маркерах?
« Ответ #7 : 05 Август 2022, 16:08:28 »
Как перенести CSV-файл с данными о STR-маркерах?
После оплаты анализа вашего VCF- или BAM-файла вы можете загрузить CSV-файл с данными по STR-маркерам. Если вы загрузили BAM-файл, то вы можете посмотреть список совпадений по STR-маркерам в базе YFull. STR-маркеры могут быть важны для дальнейшего анализа в проектах, а также для развития предикторов гаплогрупп и субкладов по значениям STR-маркеров.

  • Зайдите в ваш аккаунт в FamilyTreeDNA: https://www.familytreedna.com/sign-in.

  • Найдите раздел Big Y.


     
  • Найдите кнопку Y-STR Results и кликните на нее.


  • Откроется страница результатов со значениями STR-маркеров.



     
  • Перейдите вниз страницы, найдите кнопку CSV и кликните на нее.


     
  • Файл CSV с данными о STR-маркерах загрузится на ваш компьютер. Найдите его на вашем компьютере (вероятно это папка Downloads или Загрузки).


     
  • Зайдите в ваш аккаунт в YFull по ссылке https://www.yfull.com/login/ или кликните Войти справа вверху главной страницы.


  • В меню слева найдите пункт Загрузить STRs и кликните на него.


  • В списке образцов, где ваш образец возможно единственный, найдите ваш образец и кнопку Меню. Наведите курсор мыши на кнопку Меню.


  • Кликните на появившийся пункт меню Загрузить STRs.


     
  • На открывшейся странице для загрузки CSV-файла найдите и кликните на кнопку Browse или Выбрать файл.


     
  • В открывшемся окне найдите ваш CSV-файл на компьютере и кликните на него два раза.


     
  • Убедитесь, что вы выбрали правильный файл и кликните на кнопку Подтвердить.


  • Дождитесь подтверждения удачной загрузки файла с данными о STR-маркерах.


     

Оффлайн NathanSАвтор темы

  • Сообщений: 840
  • Страна: 00
  • Рейтинг +664/-2
Важные настройки аккаунта в YFull
« Ответ #8 : 05 Август 2022, 16:18:08 »
Важные настройки аккаунта в YFull
Для того, чтобы поиск совпадений по Y-ДНК и информация по субкладам в Y-дереве были наиболее полезны вам и другим участникам, следует заполнить некоторые пункты в настройках вашего аккаунта, или немного точнее в настройках для загруженного образца, если у вас есть несколько образцов с продвинутыми тестами Y-ДНК. Важно заполнить данные о наиболее дальнем (древнем) предке по мужской линии - его имя и фамилия (если таковая известна), место происхождения и даты жизни (если они известны), язык, который отображает этническое происхождения предка (если оно известно), координаты места происхождения, ваше имя и номер вашего набора в FamilyTreeDNA (его не видят другие участники).

Все это поможет сделать информацию о субкладе полезной для многих, даже тех, кто не участвует в анализе на YFull, а совпадение с вами наиболее информативным - возможно у вас будет совпадение по фамилии предка, а возможно регион происхождения поможет кому-то найти новое направление в своих генеалогических исследованиях. Такая информация, если пользователи YFull ее заполнили, возможно поможет вам тоже.

  • Зайдите в ваш аккаунт в YFull по ссылке https://www.yfull.com/login/ или кликните Войти справа вверху главной страницы.


  • Найдите в верхнем правом углу страницы кнопку Настройки и кликните на нее.


     
  • В списке образцов найдите ваш, или нужный вам образец, и найдите кнопку Настройки справа в строке для вашего образца. Наведите курсор мыши на кнопку Настройки.


  • Появится меню с настройками для выбранного образца.


  • Кликните в меню на пункт Самый дальний предок.


     
  • В появившемся окне заполните данные о самом дальнем известном предке по мужской линии - коротко имя и/или фамилия, а также более подробные данные - имя, фамилия, известные годы жизни, известное место происхождения. Кликните на кнопку Сохранить.


     
  • После сохранения данных, закройте окно с настройками о самом дальнем предке.


  • Перейдите к меню настроек и кликните на пункт Страна происхождения.


     
  • В появившемся окне выберите страну и область происхождения самого дальнего предка по мужской линии. Кликните на кнопку Сохранить.


     
  • Вы увидите подтверждение сохранения данных о стране и области происхождения.


  • После сохранения данных, закройте окно с настройками о самом дальнем предке.


  • Перейдите к меню настроек и кликните на пункт Язык.


     
  • В появившемся окне начните набирать название языка на английском, выберите подходящий язык из списка и кликните на кнопку Сохранить. В примере показан выбор русского языка. Как правило, язык наиболее дальнего мужского предка должен соответствовать его этническому происхождению (если оно известно).


     
  • Вы увидите подтверждение о сохранении данных о языке наиболее дальнего мужского предка.


     
  • После сохранения данных, закройте окно с настройками о самом дальнем предке.


  • Перейдите к меню настроек и кликните на пункт Добавить координаты.


     
  • В появившемся окне вы увидите карту и указатель на карте. Передвиньте мышью указатель в нужное место - место происхождения наиболее дальнего известного предка по мужской линии. Воспользуйтесь кнопками “+” и “-” для увеличения или уменьшения масштаба карты. Кликните на кнопку Подтвердить, чтобы сохранить выбранные координаты.


     
  • Вы увидите подтверждение о сохранении данных.


     
  • После сохранения данных, закройте окно с настройками о самом дальнем предке.


  • Перейдите к меню настроек и кликните на пункт Настройки конфиденциальности..


     
  • Проверьте настройки конфиденциальности для выбранного образца. Для большинства пользователей подойдет вариант с проставленными галочками, согласием, по всем пунктам. Кликните на кнопку Сохранить.


  • Вы увидите подтверждение о сохранении настроек конфиденциальности для выбранного образца.


     
  • После сохранения настроек конфиденциальности, закройте окно с настройками.


  • Перейдите к меню настроек и кликните на пункт Имя.


     
  • В открывшемся окне введите ваше имя, или имя человека, для которого вы загрузили данные. Кликните на кнопку Сохранить. Это особенно важно в случае, если вы загрузите данные нескольких человек в ваш аккаунт. Вам будет проще разобраться, кому принадлежат образцы в списке “Мои заказы”.


  • Вы увидите подтверждение о сохранении имени для выбранного образца.


  • После сохранения имени, закройте окно с настройками.


  • Перейдите к меню настроек и кликните на пункт набор#. Сохранение номера набора, Kit Number в FamilyTreeDNA, также помогает разобраться, кому принадлежат данные, если у вас в аккаунте будет несколько образцов.


     
  • В открывшемся окне введите ваш номер набора, Kit Number, в FamilyTreeDNA. Кликните на кнопку Сохранить.


  • Вы увидите подтверждение о сохранении номера вашего набора.


     
  • После сохранения номера набора, закройте окно с настройками.


  • Если вы администрируете данные другого человека, то вы можете поделиться с ним результатами. Вы также можете поделиться результатами с другим пользователем YFull.
    Кликните на закладку Настойки обмена в разделе Мои настройки.


     
  • Кликните на кнопку Поделиться справа в строке с нужным образцом.


  • Введите адрес электронной почты и кликните на кнопку Поделиться.


     
  • Вы увидите подтверждение о том, что вы поделились образцом с другим пользователем.


  • Закройте окно с настройками.



Настройки для вашего аккаунта, или выбранного образца, завершены.

Оффлайн NathanSАвтор темы

  • Сообщений: 840
  • Страна: 00
  • Рейтинг +664/-2
Re: Как перенести результаты BigY в YFull
« Ответ #9 : 05 Август 2022, 16:18:44 »
Тему можно запинить и закрыть.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.