Полногеномные данные средневековых немецких евреев

[dima75]

Arthwr, по моему, это я и загружал данные ашкеназа E-Y6923, чьи родители из Пинской и Днепропетровской областей.

[Arthwr]

Arthwr, по моему, это я и загружал данные ашкеназа E-Y6923, чьи родители из Пинской и Днепропетровской областей.

Ну да, это Вы мне прислали этот файл

[Arthwr]

Arthwr, по моему, это я и загружал данные ашкеназа E-Y6923, чьи родители из Пинской и Днепропетровской областей.

Ну да, это Вы мне прислали этот файл

Кстати, Вы заметили, что у Вас в совпаденцах (на карте не видно, ибо не поместился Египет, карта увеличивается по клику) имеются два египтянина:

Late Period Ancient Egypt   650 BC   JK2911

mtDNA: M1a1   Y-DNA: J2b1 (CTS9100)
Shared DNA:  (Sample Quality: 5)
2 SNP chains (min. 60 SNPs) / 14.65 cM
Largest chain: 180 SNPs / 12.69 cM

You are a top 96 % match to this sample! This makes your relationship to this individual exceptional.

1. Palestinian (8.337)
2. Samaritian (9.216)
3. Coptic_Egyptian (10.21)
4. Egyptian (10.53)
5. Jordanian (10.80)
6. Libyan_Jewish (12.25)
7. Tunisian_Jewish (13.48)
8. Bedouin (14.32)

Ptolemaic Egypt   50 BC   JK2888

mtDNA: U6a2   Y-DNA: E1b1b1a1b2-V22
Shared DNA:  (Sample Quality: 2)
1 SNP chain (min. 60 SNPs) / 6.58 cM
Largest chain: 129 SNPs / 6.58 cM

Your raw DNA is 67 % closer than other matching users

1. Palestinian (2.754)
2. Jordanian (4.363)
3. Samaritian (6.795)
4. Syrian (8.666)
5. Lebanese (9.590)
6. Egyptian (9.924)
7. Druze (10.34)
8. Jew_Syria (11.93)

Оба из этой работы https://www.nature.com/articles/ncomms15694

[dima75]

Ancient Middle Helladic Elati-Logkas Greece   1861 BC будет намного ближе. 142,65 сМ, наибольший блок 74,74 сМ. Прямо как троюродный или четырёхюродный брат.

[Arthwr]

Ancient Middle Helladic Elati-Logkas Greece   1861 BC будет намного ближе. 142,65 сМ, наибольший блок 74,74 сМ. Прямо как троюродный или четырёхюродный брат.

Да, у меня тоже есть эти гречанки:

Ancient Middle Helladic Elati-Logkas Greece   1861 BC   Log02_wgs

Shared DNA:  (Sample Quality: 96)
8 SNP chains (min. 60 SNPs) / 155.03 cM
Largest chain: 271 SNPs / 56.83 cM

Your raw DNA is 93 % closer than other matching users

Ancient Middle Helladic Elati-Logkas Greece   1861 BC   Log04_wgs_trim5bp

Shared DNA:  (Sample Quality: 94)
6 SNP chains (min. 60 SNPs) / 77.21 cM
Largest chain: 345 SNPs / 20.26 cM

Your raw DNA is 88 % closer than other matching users

Они отсюда https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421003706

Непонятно, почему им не указали гаплогруппы.

Log02   H55a   
Log04   J1c+16261   

[dima75]

Может, там какой-то участок, который редко рекомбинирует?

[Arthwr]

Ашкеназы из статьи в интерпретации MyTrueAncestry (близость к современным популяциям):

Код: [Выделить]

I13861    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. West_Sicilian (5.963)
2. South_Italian (6.818)
3. East_Sicilian (8.085)
4. Italian_Abruzzo (8.109)
5. Central_Greek (8.978)
6. Italian_Jewish (9.564)
7. Tuscan (10.29)
8. Greek_Islands (10.93)

I13862    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. Kosovar (10.22)
2. Greek (10.30)
3. Albanian_Tosk (12.86)
4. Bulgarian (13.17)
5. Greek_Islands (13.66)
6. Central_Greek (15.12)
7. Italian_Abruzzo (15.29)
8. Greek_Thessaly (15.48)

I13863    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. West_Sicilian (8.697)
2. Tuscan (9.552)
3. Italian_Abruzzo (11.28)
4. East_Sicilian (12.09)
5. South_Italian (12.85)
6. Central_Greek (13.21)
7. Italian_Jewish (13.34)
8. Ashkenazi (14.40)

I13865    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. Maltese (9.877)
2. West_Sicilian (10.09)
3. Tuscan (12.46)
4. Italian_Abruzzo (13.04)
5. South_Italian (13.43)
6. East_Sicilian (13.81)
7. Greek_Islands (14.33)
8. Central_Greek (15.01)

I13868    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. Tuscan (9.561)
2. North_Italian (9.912)
3. Albanian_Tosk (10.34)
4. Kosovar (11.43)
5. Greek_Thessaly (12.97)
6. Bulgarian (13.89)
7. Romanian (14.27)
8. Greek (14.65)

I13869    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. North_Italian (8.575)
2. Tuscan (9.123)
3. Spanish_Andalucia (12.32)
4. Spanish_Extremadura (12.41)
5. Spanish_Murcia (13.23)
6. Portuguese (13.99)
7. Spanish_Castilla_Y_Leon (14.08)
8. Spanish_Castilla_La_Mancha (14.31)

I14736    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. Italian_Abruzzo (9.923)
2. Tuscan (10.50)
3. West_Sicilian (10.52)
4. East_Sicilian (10.59)
5. Central_Greek (11.54)
6. South_Italian (12.08)
7. Ashkenazi (12.39)
8. Greek_Thessaly (12.80)

I14737    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. West_Sicilian (12.49)
2. Italian_Jewish (12.55)
3. East_Sicilian (13.19)
4. South_Italian (13.74)
5. Tuscan (14.00)
6. Italian_Abruzzo (14.01)
7. Central_Greek (14.37)
8. Ashkenazi (14.56)

I14738    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. Romanian (6.509)
2. Bulgarian (7.642)
3. Kosovar (8.225)
4. Macedonian (8.619)
5. Serbian (9.511)
6. Bosnian (9.663)
7. Albanian_Tosk (10.81)
8. Greek_Thessaly (12.07)

I14739    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. West_Sicilian (9.697)
2. Italian_Jewish (10.01)
3. Algerian_Jewish (10.96)
4. South_Italian (11.29)
5. East_Sicilian (12.82)
6. Italian_Abruzzo (13.12)
7. Maltese (13.45)
8. Central_Greek (14.03)

I14740    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. Bulgarian (5.263)
2. Kosovar (6.135)
3. Macedonian (6.820)
4. Albanian_Tosk (6.938)
5. Romanian (7.555)
6. Greek_Thessaly (7.707)
7. Greek (7.947)
8. Bosnian (8.947)

I14847    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. Greek (8.444)
2. Kosovar (8.743)
3. West_Sicilian (8.847)
4. Tuscan (8.850)
5. Albanian_Tosk (9.305)
6. Italian_Abruzzo (9.871)
7. Greek_Thessaly (11.67)
8. Central_Greek (12.53)

I14850    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. Kosovar (12.85)
2. Albanian_Tosk (12.99)
3. Tuscan (13.59)
4. Greek (14.73)
5. North_Italian (15.40)
6. West_Sicilian (15.43)
7. Italian_Abruzzo (15.90)
8. Bulgarian (16.10)

I14852    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. Tuscan (9.448)
2. North_Italian (11.72)
3. West_Sicilian (12.05)
4. Italian_Abruzzo (13.99)
5. Spanish_Andalucia (16.09)
6. Spanish_Extremadura (16.25)
7. Spanish_Murcia (16.51)
8. East_Sicilian (16.72)

I14853    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. Tuscan (7.454)
2. West_Sicilian (9.851)
3. North_Italian (11.09)
4. Italian_Abruzzo (11.37)
5. Albanian_Tosk (12.18)
6. Greek (13.87)
7. East_Sicilian (14.23)
8. Central_Greek (14.41)

I14898    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. North_Italian (15.41)
2. Spanish_Andalucia (15.79)
3. Tuscan (16.77)
4. Spanish_Valencia (17.18)
5. Spanish_Murcia (17.38)
6. Spanish_Extremadura (18.17)
7. Spanish_Castilla_La_Mancha (18.70)
8. West_Sicilian (18.95)

I14903    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. South_Italian (7.862)
2. East_Sicilian (8.547)
3. Central_Greek (9.225)
4. Italian_Jewish (9.283)
5. Italian_Abruzzo (9.420)
6. West_Sicilian (9.954)
7. Ashkenazi (11.78)
8. Algerian_Jewish (12.12)

I14904    Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany (1350 AD)

1. North_Italian (10.31)
2. Tuscan (10.73)
3. Kosovar (12.33)
4. Spanish_Andalucia (13.25)
5. Spanish_Murcia (13.76)
6. Spanish_Extremadura (14.02)
7. Spanish_Valencia (14.08)
8. Spanish_Castilla_Y_Leon (14.68)
Похоже, что некоторые имеют недавнюю европейскую примесь, почти как у меня:

1. Bulgarian (6.431)
2. Romanian (6.610)
3. Bosnian (7.159)
4. Macedonian (8.635)
5. Kosovar (9.592)
6. Serbian (9.615)
7. Albanian_Tosk (13.46)
8. Moldavian (13.89)

Ancient DNA Samples (A - I)
Ancient DNA Samples (J - Z)

[dima75]

У MyTrueAncestry что-то не так с алгоритмом. Ашкеназы в совпадениях только у нескольких образцов и на последних местах в списке. У авторов статьи на PCA древние образцы близки к современным ашкеназам, а часть образцов - также к сефардам.

[Arthwr]

У MyTrueAncestry что-то не так с алгоритмом. Ашкеназы в совпадениях только у нескольких образцов и на последних местах в списке. У авторов статьи на PCA древние образцы близки к современным ашкеназам, а часть образцов - также к сефардам.

Дмитрий, позволю себе не согласиться )

На этом PCA  из Вашего сообщения только 5 из 24-х эрфуртских образцов находятся рядом с современными ашкеназами. При этом эти 5 настолько же близки и к сицилийцам с южными итальянцами. Современные ашкеназы на этом PCA  находятся в облаке сицилийцев, южных итальянцев и мальтийцев.



Так что наговариваете Вы на нашу семью на MTA , грех это

[Arthwr]

На MTA сейчас уже доступны для создания китов свыше 20 ашкеназов из этой статьи.
Попробую сделать сегодня одну обзорную публикацию по всем им с картами и диаграммами, но без списков матчей.

[dima75]

Всё равно очень странно, что у многих древних ашкеназов в начале списка совпаденцев косовары, болгары, румыны, португальцы и испанцы, а ашкеназов и близко нет. Ряд древних ашкеназов на PCA близки к турецким евреям, а где турецкие евреи на МТА?

[Arthwr]

На MTA сейчас уже доступны для создания китов свыше 20 ашкеназов из этой статьи.
Попробую сделать сегодня одну обзорную публикацию по всем им с картами и диаграммами, но без списков матчей.

Сделал:

Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany / MyTrueAncestry

Присутствуют пары отец-дочь и мать-сын, как заявлено в статье.

Не знаю (не изучал статью), не ошиблись ли авторы, но MTA как-то странно понимает связь родитель-ребёнок.

По сегментам отец и дочь друг у друга в лидерах, хотя и не большие сегменты (видимо, сказывается качество образцов).
А вот по дистанции у отца дочь на 3-м месте, а у неё отец на 5-м

Второй случай: мать и сын по сегментам друг у друга в лидерах (тоже маленькие сегменты из-за качества), а по дистанции у матери сын на 4-м месте, а у сына мать аж на 44-м

Может кто-нибудь из знатоков глянуть статью на предмет правильности выводов авторов о родстве I14904 (отец) и I13869 (дочь) и I14850 (мать) и I14853 (сын)?

Если авторы правы, тогда сможем оценивать степени родства по данным MTA.

[Arthwr]

Всё равно очень странно, что у многих древних ашкеназов в начале списка совпаденцев косовары, болгары, румыны, португальцы и испанцы, а ашкеназов и близко нет. Ряд древних ашкеназов на PCA близки к турецким евреям, а где турецкие евреи на МТА?

Может, турецкие и есть, но я не встречал.

Попадались Italian_Jewish, Algerian_Jewish, Tunisian_Jewish, Libyan_Jewish, Jew_Syria, Georgian_Jewish, Jew_Iraqi, Jew_Azerbaijan, Jew_Tat, Sephardic_Jewish, Jew-Uzbekistan, Kurdish_Jewish, Jew_Georgia, Yemenite_Jewish, Jew_Francestrale,  Jew_India, Iranian_Jewish,  Jew_Algeria, Jew_Romania,  Jew_Morocco.

[kapustin]

У MyTrueAncestry что-то не так с алгоритмом. Ашкеназы в совпадениях только у нескольких образцов и на последних местах в списке. У авторов статьи на PCA древние образцы близки к современным ашкеназам, а часть образцов - также к сефардам.

Дмитрий, позволю себе не согласиться )

На этом PCA  из Вашего сообщения только 5 из 24-х эрфуртских образцов находятся рядом с современными ашкеназами. При этом эти 5 настолько же близки и к сицилийцам с южными итальянцами. Современные ашкеназы на этом PCA  находятся в облаке сицилийцев, южных итальянцев и мальтийцев.



Так что наговариваете Вы на нашу семью на MTA , грех это

так авторы и пишут, что современная популяция ашкеназов - результат смешения 2 популяций, которые еще существовали к 14 веку (одна двигалась через Италию на Рейн- по видимому она близка к турецким евреям), а вторая через Балканы  и имела большую примесь Восточной Европы и еще монголоидный компонент.

[Arthwr]

Присутствуют пары отец-дочь и мать-сын, как заявлено в статье.

Не знаю (не изучал статью), не ошиблись ли авторы, но MTA как-то странно понимает связь родитель-ребёнок.

По сегментам отец и дочь друг у друга в лидерах, хотя и не большие сегменты (видимо, сказывается качество образцов).
А вот по дистанции у отца дочь на 3-м месте, а у неё отец на 5-м

Второй случай: мать и сын по сегментам друг у друга в лидерах (тоже маленькие сегменты из-за качества), а по дистанции у матери сын на 4-м месте, а у сына мать аж на 44-м

"Слегка" затупил

Если второй родитель будет иметь происхождение, отличающейся от происхождения первого родителя, то ребёнок будет находиться от обоих на некоторой дистанции и не должен занимать первое место в списке их ближайших матчей.

Так что тут всё объяснимо.

Ну а в списке совпадений по IBD-сегментам родственники первой степени родства друг у друга на первом месте, хоть и с малым количеством общих сегментов из-за низкого качества образцов.

То есть MTA, сортируя матчи по общим сегментам не по признаку наибольшего сегмента или по наибольшей сумме, поступает правильно и это действительно работает, как показывают эти результаты!

Игрушка игрушкой, но вычисляет правильно

Кстати, добавил в публикацию по эрфуртским евреям первые три матча по IBD-сегментам для каждого образца:

Late Medieval Ashkenazi Cemetery Erfurt Germany / MyTrueAncestry