RSRS употребляется в основном в FTDNA по историческим соображениям - его придумал Дорон Бехар п пору когда был научным руководителем направления мт в этой компании.
1) если разбираешься в разновидностях мт, то rCRS лучше тк привычнее, вряд ли много людей могло иметь шанс получить опыт, используя RSRS. В некоторых отраслях знания, например судебной, употребим только референс rCRS.
2) rCRS при записи евразийских (неафриканских) сиквенсов компактнее. Поскольку к северу от Сахары живет более 90% людей, это мейкс сенс. С другой стороны, это не очень политкорректно.
Итак, если соображения - понять истину без программ, на глаз, по памяти и при этом не запутаться - тогда только rCRS. Если пречисленное не важно, то можно рассматривать и преимущества RSRS, из которых отмечу в первую очередь политкорректность.