Аборигены Австралии

[Михаил Подгайный]

С общебиологической точки зрения отсутствие гибридизации между популяциями разошедшимися полмиллиона (и даже полтора) лет назад выглядит парадоксальным и требует специальный спекулятивных предположений (хромосомных перестроек и т. п.). Всеобщее убеждение генетиков в невозможность такого рода гибридизации всегда выглядело как своего рода религиозное убеждение, не имеющее под собой никаких разумных оснований. И сейчас (и пять, и десять, и двадцать лет назад) отсутствие молекулярнобиологических свидетельств о гибридизации архантропов и палеоантропов с неоантропами никак не указывало на то, что такие свидетельства не будут обнаружены в будущем. Напротив, известные и в то время морфологические свидетельства о такого рода гибридизации имели абсолютный характер; их невозможно было ни обойти, ни дезавуировать. Генетики просто игнорировали их без комментариев. Например, лопатовидные нижние резцы с загнутыми внутрь боковыми краями известны у всех восточноазиатских архантропов и у современных восточных азиатов (и их потомков в Америке); такая форма зубов уникальна для древних и современных азиатских популяций и не встречается больше нигде в мире. Аргумент лопатообразных резцов стопудово свидетельствует о гибридизации пекинских людей с пришлыми африканскими неоантропами. То же, с несколько меньшей степенью убедительности, можно было сказать и о морфологических признаках гибридизации неоантропов с яванскими людьми, проявляющимися у современных австралийских аборигенов. К ним относится скругленный гребень по нижнему краю глазниц, специфический гребень на скуловой кости и др. Давно известны и специфические морфологические признаки неандертальцев, унаследованные современными европейцами. Например, костный мостик над входом в отверстие канала нижнечелюстного нерва. Так что ничего необычного не произошло. Молекулярные свидетельства гибридизации неандертальцев и неоантропов уже обнаружены. Безусловно, в будущем будут найдены и такого рода свидетельства для пекинских и яванских архантропов. Но уже сейчас (как и двадцать лет назад) морфологические данные не оставляли сомнений в участии архантропов в происхождении людей современного типа.

[I2a1a]

Молекулярные свидетельства гибридизации неандертальцев и неоантропов уже обнаружены. Безусловно, в будущем будут найдены и такого рода свидетельства для пекинских и яванских архантропов. Но уже сейчас (как и двадцать лет назад) морфологические данные не оставляли сомнений в участии архантропов в происхождении людей современного типа.

Вы статью внимательно читали?
В драфте статьи рассматривались все варианты появление параллелизмов между -от модели параллельных мутаций до гибридизации. В итоге сошлись на промежуточной модели генного трансфера.
А пресса раструбила об этом именно как о гибридизации, как абсолютно доказанном факте (хотя авторы при написании статьи использовали на удивление осторожные выражения в сослагательном наклонении).

Вот и Вы повелись на дешевую сенсанцию.

Что доказано?

Доказано, что между геномом неандера и  геномом современного сапиенса имеется генетическое сходство 0,14% при обшем количестве совпадающих генов от 1-до 4%

Что недоказано с филогенетической точки зрения?
 
Абсолютно немотивирована модель появления параллелизма, выбран компромиссный вариант, который как бы с одной стороны исключае массовость и глобальность случаев гибридизации, с другой - полностью не отрицает. Говорят просто - о генном трансфере.


Учитывая корявость методологии исследования, при тех же равных условиях эволюции с той же степенью вероятности гены человека могли попасть в популяцию неандертальцев.

[Игрок]

еще статья по теме (подробная, на русском языке)

http://elementy.ru/news/431316

[I2a1a]

Возможные сценарии встреч неандертальцев с сапиенсами, в результате которых геном евразийского населения обогатился генами неандертальцев. Ученые остановились на сценарии 3. Его преимущество — логичное присутствие неандертальских генов у жителей Папуа Новой Гвинеи. Сценарий 2 (скрещивание поздних неандертальцев с ранними европейцами и последующий дрейф генов) менее вероятен, так как неандертальцы одинаково близки и с европейцами, и с азиатами, и с папуасами.

Геном неандертальцев и современных людей отличается на 0,16%. С одной стороны, отличия невелики. С другой, можно увидеть, какие именно отличающиеся гены составляют нашу «разумную» сущность — иными словами, какие гены имеются у современных людей, но отсутствуют и у шимпанзе, и у неандертальцев. Это гипотетические элементы, которые не унаследованы от общего предка и появились только после расхождения ветвей современного человека и неандертальца. Таких сугубо современных элементов — нуклеотидных замен в генах — нашлось 78. Некоторые из этих нуклеотидных замен могут быть нейтральными (они могли закрепиться в результате обычных демографических процессов, бутылочных горлышек и т. д.), другие же могут иметь и адаптивное значение.

Насчет достоверности реконструкции гипотетических элементов, я уже делился соображениями в другой теме. На самом деле было не 78 нуклеотидных субституций, а гораздо больше, но их посчитали синонимическими и выкинули.

Оценивались различия между генами неандертальцев и одной из народностей, скажем европейцами, и между неандертальцами и следующей народностью, например китайцами (азиатами). Затем вычисляли различия между выбранной парой современных людей (в данном примере — между европейцами и азиатами). После оставалось оценить разницу между неандертальцами и современными людьми, с одной стороны, и выбранной современной парой, с другой. Если продвинутые гены встречаются с одинаковой частотой у неандертальцев и двух других народов и не отличаются от уровня различий между современной парой, то общий уровень различий будет равен 0. Если неандертальцы больше отличаются от одного из народов, чем от другого, то общий уровень различий отклонится от нуля в сторону пары, включающей эту народность.

Такой метод анализа применялся впервые и дал замечательные результаты. Оказалось, что продвинутых аллелей больше у неандертальцев, европейцев и азиатов и папуасов. А вот африканцы продемонстрировали меньше сходства со всеми этими выборками. Так что жители современной Евразии имеют примерно 1–4% неандертальских генов, а в геноме африканцев неандертальских следов существенно меньше.

Такой метод попарного сравнения дистанций действительно применяется впервые, но результаты его применения противоречивы.

[Centurion]

Основное резюме какое?

Гибридизация сапиенсов и неандертальцев могла происходить через неандерталок в основном, но  прямые мито линии пресеклись со временем, и в наше время их НЕТ, но есть 1-4% аутосомного вклада. Есть ли проблема в том, что секвенирование было сделано не мужских а женских особей? Выпадает важный элемент - Y-хромосома.

[I2a1a]

Основное резюме какое?

Гибридизация сапиенсов и неандертальцев могла происходить через неандерталок в основном, но  прямые мито линии пресеклись со временем, и в наше время их НЕТ, но есть 1-4% аутосомного вклада. Есть ли проблема в том, что секвенирование было сделано не мужских а женских особей? Выпадает важный элемент - Y-хромосома.

Я не понял, почему в русском переводе были упомянуты только женские особи. В другой статье о неандератальцах из этого же сборника, где рассматривался вопрос о контоминации X-хромосомы из останков неандертальцев, человеческим генным материалом -прямо говориться, что часть исследуемых
фрагментов X-ДНК принадлежала неандертальцам-"мужских особей".

Про Y неандреталов в первой статье вообще не слова. Во второй - только в плане контаминации Y-хромосомы соответствующим человеческим генным материалом.

[I2a1a]

Возможные сценарии встреч неандертальцев с сапиенсами, в результате которых геном евразийского населения обогатился генами неандертальцев.

Почему в русской статье нет комментариев по поводу 1 и 4 варианта сценария.
Упомянуты только 2 и 3:

Ученые остановились на сценарии 3. Его преимущество — логичное присутствие неандертальских генов у жителей Папуа Новой Гвинеи. Сценарий 2 (скрещивание поздних неандертальцев с ранними европейцами и последующий дрейф генов) менее вероятен, так как неандертальцы одинаково близки и с европейцами, и с азиатами, и с папуасами.

Впрочем, как видно из привиденной таблицы, этих вариантов объяснения в первоначальном манускрипте статьи (свыше 100 страниц) было не 2, и даже не 4, а целых 8

[Clavis]

А Вы монетки покидайте: выживет гибрид или не выживет, чтобы оставить прямую материнскую или отцовскую линию.

А потом, просто краем глаза взгляните на возраст Евы - 150 000 лет и на возрас тАдама - 70 000 лет.
И предствьте себе, сколько же миллионов линий прервалось между временем жизни Евы и Адама.

А вот к естественному отбору гибриды были приспособлены на-а много меньше, чем основная масса наших предков.
Кто ж без слёз посмотрит на габридку?
Кто ж без блыжник взглянет на гибрида?

А давайте от одной умозрительной схемы перейдем к другой. Допустим, что HS и неандер в девственно чистом виде практически не встречались. Между их ареалами существовала широкая буферная зона, где проживали метисы с разным соотношением двух исходных генофондов. Поэтому в лесах Европы встречались не Ромео-неандер с Джульеттой-HS, а Ромео-на 63%-неандер с Джульеттой-на 58%-неандер. Вряд ли их жизнь омрачали какие-то расовые предрассудки.
При этом метисы постоянно теснили чистокровных неандеров, а их в свою очередь теснили чистокровные кроманьонцы. А чистокровных кроманьонцев почти начисто вытеснили их братья по виду HS с южных концов Европы и Ближнего востока (это уже выразилось в исчезновении кроманьонского расового типа). При этом зачистили и следы гибридизации.
В защиту такой модели напомню, что и в ближневосточных пещерах (Кафзех) костные останки говорят в пользу гибридизации (но потом их вытеснили более чистокровные неандеры, время HS еще не наступило), и ранние Костенки населяли видимо тоже гибриды, причем предполагают, что они пришли из Крыма, то есть и там отметились.
В таком случае неандер из Загребского музея, изученный Сванте Паабо, уже мог иметь небольшую примесь HS, потому что жил несколько позже (38-39 тыс.л.н.?), чем предполагаемые гибриды в Костенках (от 45 тыс.л.н.?),  .

[Игрок]

Если "HS и неандер в девственно чистом виде практически не встречались", то откуда взядись те самые "метисы с разным соотношением двух исходных генофондов"

[I2a1a]

Если "HS и неандер в девственно чистом виде практически не встречались", то откуда взядись те самые "метисы с разным соотношением двух исходных генофондов"

Это зависит от того, как понимают эволюцию между двумя видами - как дискретный, или как континтуальные процесс.

[Clavis]

Если "HS и неандер в девственно чистом виде практически не встречались", то откуда взядись те самые "метисы с разным соотношением двух исходных генофондов"

Прослойка метисов могла образоваться еще при первой попытке HS выйти из Африки (не через Аденский пролив как 70 тыс.лет назад, а через территорию Израиля). Даже если взять как первую дату 70 тлн, а последнюю 24 тлн (исчезновение последней популяции в Испании), то весь этот длительный период она подпитывалась с одной стороны за счет неандеров, с другой за счет  HS и имела шанс стать нынешним человечеством, но..

[Игрок]

...но исследователи указали время,  когда прошла метисация HS с неандерами, и это скорее "вторая волна" ...

[I2a1a]

...но исследователи указали время,  когда прошла метисация HS с неандерами, и это скорее "вторая волна" ...

Возраст метисации спорный, т.к. этот возраст был откалиброван дважды - первый раз по возрасту предполагаемой точки рассхождения предка орангутанга и общего предка шимпанзе и HS, второй -  по возрасту точки рассхождения предка HS и предка шимпанзе. Однако в данный момент, ни по одному из калибровочных возрастов нет научного консенсуса.

[I2a1a]

Собственно, авторы статьи не исключали такой вариант ( у них он обозначен как сценарий A), согласно которому низкая степень дивергенция между референсными геномами современного человека и геномом неандера обусловлена тремя причинами: 1) генеалогическая ветвь HS короче, чем предпологалось ранее 2) степень и "время" дивергенции шимпанзе выше, 3) скорость мутации гомининов ниже,  чем предпологалось ранее.

[Игрок]

show must go on!

http://lenta.ru/news/2010/05/12/interbred/

http://www.newscientist.com/article/mg20627603.600-neanderthals-not-the-only-apes-humans-bred-with.html