АвторТема: Какой иструмент позволяет восстанавливать геном родителя по геномам 3 детей?  (Прочитано 418 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн R1a1a1b1a2a1Автор темы

  • Сообщений: 79
  • Страна: ru
  • Рейтинг +24/-0
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a2a1c2 Y20653 или YP569
  • мтДНК: H2a2a1
В начале года прошла новость, что появился новый инструмент, позволяющий восстанавливать геном родителя по геномам 3 детей. Без ссылок, названий и ключевых слов, поэтому не смог нагуглить подробности.

Что на вход подавать - 3 bam-а (или vcf), что на выходе? Есть ли в свободном доступе код?
Полнородные сиблинги должны быть или не обязательно? Четверо-пятеро детей улучшат качество реконструкции и если да, то насколько (кривая на графике)?

Гуглится только такое:
Цитировать
на основе анализа проб крови матери и слюны отца полностью реконструировать наследственный материал будущего ребенка и проверить его на наличие... моногенных заболеваний.
Руководитель проекта Джей Шендью (Jay Shendure), профессор генетики Вашингтонского университета в Сиэтле

2) Кластер-тул MH сейчас 2 отдельных результата выдаёт для двух братьев. Можно ли улучшить кластер-тул, если научить выдавать объединённый результат? Что-то подобное уже где-то реализовано?
« Последнее редактирование: 21 Декабрь 2021, 05:05:20 от R1a1a1b1a2a1 »

Оффлайн mavra3

  • Сообщений: 327
  • Страна: ua
  • Рейтинг +77/-0
В начале года прошла новость, что появился новый инструмент, позволяющий восстанавливать геном родителя по геномам 3 детей. Без ссылок, названий и ключевых слов, поэтому не смог нагуглить подробности.

 Что-то подобное уже где-то реализовано?
gedmatch.com   Lazarus
@The Lazarus program generates 'pseudo-DNA kits' based on segments in common with your matches. These 'pseudo-DNA kits' can then be used as a surrogate for a common ancestor in other tests on this site. Segments are included for matching segments found between kits in group1 and group2. On the other hand, segments found to match between kits in group0 and group2 are removed, to help reduce the effects of endogamy. The resulting combination creates the final kit.@

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.