Генофонд Литвы на фоне Европы и Западной Сибири

[Yaroslav]

По выборкам сначала не обратил внимания, что собственно русских образцов там всего шесть - четверо помечены, как южные русские (и на PCA они все уехали к финнам), двое - как центральые русские. В общем, ни о чём.

Вот меня как раз с самого начала именно PCA и заинтересовал - почему на нём эти четверо южных русских уехали к финнам, прямо как питерцы на праздниках?)

Я конечно же не разбираюсь в принципах и механизмах построения PCA, но, исходя из всех предыдущих данных, разве они не должны быть от финнов на достаточно далёком расстоянии, даже если их всего четверо?

Там, правда, рядом и один словак оказался. Словаков вообще растянуло в шпагате между умными и красивыми финнами и саамами.) Вытянутость на PCA - это же уровень генетического разнообразия, насколько я понимаю? Не ожидал такого от словаков.)

Нашёл только одного центрального русского, он оказался генетически близким с поляком.

[Srkz]

Там, правда, рядом и один словак оказался. Словаков вообще растянуло в шпагате между умными и красивыми финнами и саамами.) Вытянутость на PCA - это же уровень генетического разнообразия, насколько я понимаю? Не ожидал такого от словаков.)

SK - это кольские саамы, у них так и должно быть. Но с русскими по-дурацки получилось.
Выборки заявлены отсюда

To study genetic variation in broader geographical and historical context, we merged our genotyping data with the genome wide SNP data
obtained from Kushniarevich et al. (2015) [13] and from Tambets et al. (2018) [12].

А там, вроде бы, из южных русских лишь знакомые нам Воронеж, Курск, Орёл. Но почему взяли только четырех человек из пятнадцати? Хотя как ни отбирай, финнов там нет. А украинцев вообще всех исключили. В общем, странно. Не знаю, последствия ли это игр с настройками (возможно, "литовский компонент" иначе не выделялся), чья-то ошибка с геномами, или действительно задумывался выпад в адрес русских. Как по мне, любой из вариантов идёт в минус лишь самим авторам статьи.

[Eugene]

В общем, странно. Не знаю, последствия ли это игр с настройками (возможно, "литовский компонент" иначе не выделялся), чья-то ошибка с геномами, или действительно задумывался выпад в адрес русских. Как по мне, любой из вариантов идёт в минус лишь самим авторам статьи.

Я думаю это не может быть выпад)
Ну, в чем он заключался бы?
В том что южные русские ближе к финнам?) ну, а если бы вместо финнов были к примеру казахи, или греки? То выпада не было бы?
Просто какое недоразумение, коих полно во всех статья. Авторы кстати помимо PCA нигде об этом не выкладывают выводов.

[Srkz]

Я думаю это не может быть выпад)
Ну, в чем он заключался бы?
В том что южные русские ближе к финнам?)

Так это эмоционально заряженная тема для многих. И по Admixture тоже "ханто-саамский сдвиг" нарисован. Мне-то что, не первая странная статья и не последняя Для меня скорее тема заряжена в противоположном смысле - неприятно, когда о предках-финнах говорят, как о чём-то плохом. Но зачем их рисовать, когда их нет.

[Eugene]

Я думаю это не может быть выпад)
Ну, в чем он заключался бы?
В том что южные русские ближе к финнам?)

Так это эмоционально заряженная тема для многих. И по Admixture тоже "ханто-саамский сдвиг" нарисован. Мне-то что, не первая странная статья и не последняя Для меня скорее тема заряжена в противоположном смысле - неприятно, когда о предках-финнах говорят, как о чём-то плохом. Но зачем их рисовать, когда их нет.

Я бы не поверил, что это выпад даже если бы статья была от украинских генетиков.
От литовских и подавно.
Я скорее поверю, что никто статью толком не читал и не рецензировал, потому что всем пофиг)

[Srkz]

Я скорее поверю, что никто статью толком не читал и не рецензировал, потому что всем пофиг)

Возможно

[Eugene]

Ой не знаю.  Юг России це Украина? Любой латыш знает?

Вы об Ukranian_Belgorod? Так это могут быть украинцы из под Белгорода, они там есть, ну или по крайней мере были по самоидентификации, а не по принадлежности к гражданства Украины.

А в статье сабжа про южных русских ни слова нет.
Они только только на PCA, и они или это - тоже вопрос. Может это другой народ с юга России примеру из Калмыкии, как вариант. Никто ж не знает, все честно говорят что не знают, но при этом выводы почему то делают...

[Valery]

Ой не знаю.  Юг России це Украина? Любой латыш знает?

Вы об Ukranian_Belgorod? Так это могут быть украинцы из под Белгорода, они там есть, ну или по крайней мере были по самоидентификации, а не по принадлежности к гражданства Украины.

Если на плоте наш образец, то это действительно украинцы Белгородской области. У нас все точно.

[Srkz]

А в статье сабжа про южных русских ни слова нет.
Они только только на PCA, и они или это - тоже вопрос. Может это другой народ с юга России примеру из Калмыкии, как вариант. Никто ж не знает, все честно говорят что не знают, но при этом выводы почему то делают...

Всё там есть

We
identified the close genetic proximity of Lithuanians to neighboring populations (Latvians,
Estonians, Belarusians) and in part with West Slavs (Poles, Slovaks, and Slovenians),
however, with particular genetic distinctiveness. The Lithuanians overlap with these
populations only in one extreme. South Russians were differentiated from the rest of the
samples, positioning in the vicinity of Finns and Saami from the Kola Peninsula according
to their demographic history.

[Eugene]

Всё там есть

We
identified the close genetic proximity of Lithuanians to neighboring populations (Latvians,
Estonians, Belarusians) and in part with West Slavs (Poles, Slovaks, and Slovenians),
however, with particular genetic distinctiveness. The Lithuanians overlap with these
populations only in one extreme. South Russians were differentiated from the rest of the
samples, positioning in the vicinity of Finns and Saami from the Kola Peninsula according
to their demographic history.

Ну, тогда надо просто узнать кто там скрывает под South Russians, что так вышло.
Какая выборка. Ну, не могли же они просто нарисовать плот.
Может проекция неудачная.
В любом случае, то что для кого то финны могут быть оскорбительны - это их проблема.
В сухом остатке статья просто не корректная, и не надо эмоций на пустом месте.

[Yaroslav]

SK - это кольские саамы

Да? Какая разница? ©



Ясно, а я было Sk за словаков принял. Тогда вопрос снимается.

А там, вроде бы, из южных русских лишь знакомые нам Воронеж, Курск, Орёл. Но почему взяли только четырех человек из пятнадцати? Хотя как ни отбирай, финнов там нет. А украинцев вообще всех исключили. В общем, странно. Не знаю, последствия ли это игр с настройками (возможно, "литовский компонент" иначе не выделялся), чья-то ошибка с геномами, или действительно задумывался выпад в адрес русских.

Меня интересует чисто технический вопрос. Если PCA для четверых русских южан даёт такой результат — это значит, что среди них просто были люди северного или смешанного происхождения? Или же попытки выделить литовский компонент могли так покарёжить результаты — но для PCA разве такое возможно?

Ничего не имею против финнов. Если бы на их месте оказались упомянутые выше казахи или греки, это так же меня бы заинтересовало.

Не удивился, если бы на месте южных русских на обсуждаемом PCA оказались бы русские северные. Хотя, емнип от финнов они по-моему тоже далековаты, а близки к вепсам и корелам, отсутствующим на этом PCA. Финны же вроде как вообще отдрейфовавшие, поэтому отличаются от соседей?

Почему и интересно стало, если этих «южан» поместить например на Ваше PCA, как они разместятся там?

По идее, если это полногеномники, то знающие люди могут посмотреть (при наличии доступа), что там за южные русские образцы.

[Srkz]

Меня интересует чисто технический вопрос. Если PCA для четверых русских южан даёт такой результат — это значит, что среди них просто были люди северного или смешанного происхождения? Или же попытки выделить литовский компонент могли так покарёжить результаты — но для PCA разве такое возможно?

Понятия не имею, что они там сделали ) Может, протестировали дачный посёлок пенсионеров-переселенцев из Сыктывкара в Краснодарский край. Но заявлены-то обычные образцы.

[Yaroslav]

Понятия не имею, что они там сделали ) Может, протестировали дачный посёлок пенсионеров-переселенцев из Сыктывкара в Краснодарский край. Но заявлены-то обычные образцы.

Ясно, спасибо! Значит, дело скорее всего в происхождении заявленных образцов.

Всё-таки пока что PCA мне нравятся больше и по-моему смотрятся понагляднее, чем все эти Admixture с их непонятными для многих процентами выведенных предковых компонентов «сибирских лесорубов», «сицилийских мафиози» и «бруклинских менеджеров».