АвторТема: SNP: Генотек vs Атлас vs FTDNA  (Прочитано 595 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн iliakanАвтор темы

  • Сообщений: 44
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
SNP: Генотек vs Атлас vs FTDNA
« : 16 Октябрь 2021, 21:10:11 »
Интересно было бы узнать отличия в raw-результатах тестирования Atlas/Генотек/FTDNA.

Пока что вот - в прошлом году на черной пятнице купил по большим скидкам Атлас и Генотек, сделал тесты и экспортнул raw data.

Дальше сравнил их при помощи https://vcftools.github.io/.

Из Генотек в VCF, а из Атласа прислали сразу несколько разных форматов. Уж не знаю, правильный ли я выбрал для сравнения =)

Вот такая команда была запущена:
> ./vcftools --vcf hg4092.vcf --diff 8908-9150.sorted.GRCh37.vcf --diff-site-discordance

А вот результат:
> Found 613423 sites common to both files.
> Found 22008 sites only in main file.
> Found 43460 sites only in second file.

То есть, выходит в Генотеке в общем больше снипов, причем 43 тысячи чисто свои? А в атласе 22 тысячи чисто свои?

P.S. Чукча программист, не генетик, мог неправильно запустить команду, сравнить неправильные экспорты, и ваще что угодно, просьба тапки не бросать, а объяснить.

Оффлайн iliakanАвтор темы

  • Сообщений: 44
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
Re: SNP: Генотек vs Атлас vs FTDNA
« Ответ #1 : 16 Октябрь 2021, 22:25:30 »
Некоторая предыстория - в том, что я загрузил данные из Атлас в FTDNA.

После чего в другой теме этого форума прочитал, что чип в Атлас больше заточен на медицину, и по считываемым raw-данным сильно отличается от чипа FTDNA, поэтому для поисков родственников подходит хуже, чем тест в самом FTDNA.

Вместе с тем, в поддержке Атлас меня уверили, что разницы почти нет. В Генотек мне сказали то же самое об их тесте.

Решил сравнить, проверить, насколько реально результаты различаются.

Оффлайн iliakanАвтор темы

  • Сообщений: 44
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
Re: SNP: Генотек vs Атлас vs FTDNA
« Ответ #2 : 17 Октябрь 2021, 01:02:38 »
Спасибо, пока что пытаюсь разобраться с этими, буду рад ответу от знающих людей: правильно ли я понял ситуацию?

Насколько влияет ли это отличие, если оно есть, на поиск родственников?

Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1185
  • Страна: ru
  • Рейтинг +117/-4
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Re: SNP: Генотек vs Атлас vs FTDNA
« Ответ #3 : 04 Июль 2022, 01:00:11 »
Почем тесты то брали? Что есть "большие скидки" в рублях? ::)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.