Вчера вышла статья про древние геномы возбудителя проказы:
https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-021-01120-2/Mycobacterium leprae diversity and population dynamics in medieval Europe from novel ancient genomes Saskia Pfrengle, Judith Neukamm, Meriam Guellil, Marcel Keller, Martyna Molak, Charlotte Avanzi, Alena Kushniarevich, Núria Montes, Gunnar U. Neumann, Ella Reiter, Rezeda I. Tukhbatova, Nataliya Y. Berezina, Alexandra P. Buzhilova, Dmitry S. Korobov, Stian Suppersberger Hamre, Vitor M. J. Matos, Maria T. Ferreira, Laura González-Garrido, Sofia N. Wasterlain, Célia Lopes, Ana Luisa Santos, Nathalie Antunes-Ferreira, Vitória Duarte, Ana Maria Silva, Linda Melo, Natasa Sarkic, Lehti Saag, Kristiina Tambets, Philippe Busso, Stewart T. Cole, Alexei Avlasovich, Charlotte A. Roberts, Alison Sheridan, Craig Cessford, John Robb, Johannes Krause, Christiana L. Scheib, Sarah A. Inskip & Verena J. Schuenemann -Show fewer authors
BMC Biology volume 19, Article number: 220 (2021) Cite this article
Abstract
Background
Hansen’s disease (leprosy), widespread in medieval Europe, is today mainly prevalent in tropical and subtropical regions with around 200,000 new cases reported annually. Despite its long history and appearance in historical records, its origins and past dissemination patterns are still widely unknown. Applying ancient DNA approaches to its major causative agent, Mycobacterium leprae, can significantly improve our understanding of the disease’s complex history. Previous studies have identified a high genetic continuity of the pathogen over the last 1500 years and the existence of at least four M. leprae lineages in some parts of Europe since the Early Medieval period.
Results
Here, we reconstructed 19 ancient M. leprae genomes to further investigate M. leprae’s genetic variation in Europe, with a dedicated focus on bacterial genomes from previously unstudied regions (Belarus, Iberia, Russia, Scotland), from multiple sites in a single region (Cambridgeshire, England), and from two Iberian leprosaria. Overall, our data confirm the existence of similar phylogeographic patterns across Europe, including high diversity in leprosaria. Further, we identified a new genotype in Belarus. By doubling the number of complete ancient M. leprae genomes, our results improve our knowledge of the past phylogeography of M. leprae and reveal a particularly high M. leprae diversity in European medieval leprosaria.
Conclusions
Our findings allow us to detect similar patterns of strain diversity across Europe with branch 3 as the most common branch and the leprosaria as centers for high diversity. The higher resolution of our phylogeny tree also refined our understanding of the interspecies transfer between red squirrels and humans pointing to a late antique/early medieval transmission. Furthermore, with our new estimates on the past population diversity of M. leprae, we gained first insights into the disease’s global history in relation to major historic events such as the Roman expansion or the beginning of the regular transatlantic long distance trade. In summary, our findings highlight how studying ancient M. leprae genomes worldwide improves our understanding of leprosy’s global history and can contribute to current models of M. leprae’s worldwide dissemination, including interspecies transmissions.
Аннотация
Справочная информация
Болезнь Гансена (проказа), широко распространенная в средневековой Европе, сегодня в основном распространена в тропических и субтропических регионах, где ежегодно регистрируется около 200 000 новых случаев. Несмотря на долгую историю этого заболевания и его появление в исторических записях, его происхождение и характер распространения в прошлом до сих пор широко неизвестны. Применение древних ДНК-подходов к основному возбудителю болезни, Mycobacterium leprae, может значительно улучшить наше понимание сложной истории болезни. Предыдущие исследования выявили высокую генетическую преемственность возбудителя за последние 1500 лет и существование по крайней мере четырех линий M. leprae в некоторых частях Европы начиная с периода раннего средневековья.
Результаты
Здесь мы реконструировали 19 древних геномов M. leprae для дальнейшего изучения генетической изменчивости M. leprae в Европе, уделяя особое внимание геномам бактерий из ранее неизученных регионов (Беларусь, Иберия, Россия, Шотландия), из нескольких мест в одном регионе (Кембриджшир, Англия) и из двух иберийских лепрозориев. В целом, наши данные подтверждают существование сходных филогеографических моделей по всей Европе, включая высокое разнообразие в лепрозориях. Кроме того, мы выявили новый генотип в Беларуси. Удвоив количество полных древних геномов M. leprae, наши результаты улучшают наши знания о филогеографии M. leprae в прошлом и показывают особенно высокое разнообразие M. leprae в европейских средневековых лепрозориях.
Выводы
Полученные нами результаты позволяют выявить сходную картину разнообразия штаммов по всей Европе с ветвью 3 как наиболее распространенной ветвью и лепрозориями как центрами высокого разнообразия. Более высокое разрешение нашего филогенетического дерева также уточнило наше понимание межвидовой передачи между рыжими белками и людьми, указывая на позднеантичную/раннесредневековую передачу. Кроме того, благодаря нашим новым оценкам популяционного разнообразия M. leprae в прошлом, мы впервые получили представление о глобальной истории болезни в связи с такими крупными историческими событиями, как римская экспансия или начало регулярной трансатлантической торговли на большие расстояния. В целом, наши результаты показывают, как изучение древних геномов M. leprae по всему миру улучшает наше понимание глобальной истории проказы и может внести вклад в современные модели распространения M. leprae по всему миру, включая межвидовые передачи.
Переведено с помощью
www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)
Среди исследованных оказался древний житель Беларуси из под Быхова в Могилёвской области, и его геном секвенировали вместе с геномом возбудителя проказы. В самой статье результаты человеческой ДНК не обсуждаются, но некоторые данные есть в дополнительных материалах.