АвторТема: дДНК древнего жителя Беларуси 11-13 век (Pfrengle 2021)  (Прочитано 735 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 1492
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1934/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Вчера вышла статья про древние геномы возбудителя проказы:

https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-021-01120-2/

Mycobacterium leprae diversity and population dynamics in medieval Europe from novel ancient genomes

    Saskia Pfrengle, Judith Neukamm, Meriam Guellil, Marcel Keller, Martyna Molak, Charlotte Avanzi, Alena Kushniarevich, Núria Montes, Gunnar U. Neumann, Ella Reiter, Rezeda I. Tukhbatova, Nataliya Y. Berezina, Alexandra P. Buzhilova, Dmitry S. Korobov, Stian Suppersberger Hamre, Vitor M. J. Matos, Maria T. Ferreira, Laura González-Garrido, Sofia N. Wasterlain, Célia Lopes, Ana Luisa Santos, Nathalie Antunes-Ferreira, Vitória Duarte, Ana Maria Silva, Linda Melo, Natasa Sarkic, Lehti Saag, Kristiina Tambets, Philippe Busso, Stewart T. Cole, Alexei Avlasovich, Charlotte A. Roberts, Alison Sheridan, Craig Cessford, John Robb, Johannes Krause, Christiana L. Scheib, Sarah A. Inskip & Verena J. Schuenemann -Show fewer authors

BMC Biology volume 19, Article number: 220 (2021) Cite this article

Abstract

Background

Hansen’s disease (leprosy), widespread in medieval Europe, is today mainly prevalent in tropical and subtropical regions with around 200,000 new cases reported annually. Despite its long history and appearance in historical records, its origins and past dissemination patterns are still widely unknown. Applying ancient DNA approaches to its major causative agent, Mycobacterium leprae, can significantly improve our understanding of the disease’s complex history. Previous studies have identified a high genetic continuity of the pathogen over the last 1500 years and the existence of at least four M. leprae lineages in some parts of Europe since the Early Medieval period.

Results

Here, we reconstructed 19 ancient M. leprae genomes to further investigate M. leprae’s genetic variation in Europe, with a dedicated focus on bacterial genomes from previously unstudied regions (Belarus, Iberia, Russia, Scotland), from multiple sites in a single region (Cambridgeshire, England), and from two Iberian leprosaria. Overall, our data confirm the existence of similar phylogeographic patterns across Europe, including high diversity in leprosaria. Further, we identified a new genotype in Belarus. By doubling the number of complete ancient M. leprae genomes, our results improve our knowledge of the past phylogeography of M. leprae and reveal a particularly high M. leprae diversity in European medieval leprosaria.

Conclusions

Our findings allow us to detect similar patterns of strain diversity across Europe with branch 3 as the most common branch and the leprosaria as centers for high diversity. The higher resolution of our phylogeny tree also refined our understanding of the interspecies transfer between red squirrels and humans pointing to a late antique/early medieval transmission. Furthermore, with our new estimates on the past population diversity of M. leprae, we gained first insights into the disease’s global history in relation to major historic events such as the Roman expansion or the beginning of the regular transatlantic long distance trade. In summary, our findings highlight how studying ancient M. leprae genomes worldwide improves our understanding of leprosy’s global history and can contribute to current models of M. leprae’s worldwide dissemination, including interspecies transmissions.


Аннотация

Справочная информация

Болезнь Гансена (проказа), широко распространенная в средневековой Европе, сегодня в основном распространена в тропических и субтропических регионах, где ежегодно регистрируется около 200 000 новых случаев. Несмотря на долгую историю этого заболевания и его появление в исторических записях, его происхождение и характер распространения в прошлом до сих пор широко неизвестны. Применение древних ДНК-подходов к основному возбудителю болезни, Mycobacterium leprae, может значительно улучшить наше понимание сложной истории болезни. Предыдущие исследования выявили высокую генетическую преемственность возбудителя за последние 1500 лет и существование по крайней мере четырех линий M. leprae в некоторых частях Европы начиная с периода раннего средневековья.

Результаты

Здесь мы реконструировали 19 древних геномов M. leprae для дальнейшего изучения генетической изменчивости M. leprae в Европе, уделяя особое внимание геномам бактерий из ранее неизученных регионов (Беларусь, Иберия, Россия, Шотландия), из нескольких мест в одном регионе (Кембриджшир, Англия) и из двух иберийских лепрозориев. В целом, наши данные подтверждают существование сходных филогеографических моделей по всей Европе, включая высокое разнообразие в лепрозориях. Кроме того, мы выявили новый генотип в Беларуси. Удвоив количество полных древних геномов M. leprae, наши результаты улучшают наши знания о филогеографии M. leprae в прошлом и показывают особенно высокое разнообразие M. leprae в европейских средневековых лепрозориях.

Выводы

Полученные нами результаты позволяют выявить сходную картину разнообразия штаммов по всей Европе с ветвью 3 как наиболее распространенной ветвью и лепрозориями как центрами высокого разнообразия. Более высокое разрешение нашего филогенетического дерева также уточнило наше понимание межвидовой передачи между рыжими белками и людьми, указывая на позднеантичную/раннесредневековую передачу. Кроме того, благодаря нашим новым оценкам популяционного разнообразия M. leprae в прошлом, мы впервые получили представление о глобальной истории болезни в связи с такими крупными историческими событиями, как римская экспансия или начало регулярной трансатлантической торговли на большие расстояния. В целом, наши результаты показывают, как изучение древних геномов M. leprae по всему миру улучшает наше понимание глобальной истории проказы и может внести вклад в современные модели распространения M. leprae по всему миру, включая межвидовые передачи.

Переведено с помощью www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)


Среди исследованных оказался древний житель Беларуси из под Быхова в Могилёвской области, и его геном секвенировали вместе с геномом возбудителя проказы. В самой статье результаты человеческой ДНК не обсуждаются, но некоторые данные есть в дополнительных материалах.
« Последнее редактирование: 08 Октябрь 2021, 19:26:21 от rozenblatt »

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 1492
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1934/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
В комментариях у Davidski уже обсуждают результаты:

https://eurogenes.blogspot.com/2021/09/the-genetic-origin-and-legacy-of.html?showComment=1633565380401#c1643638144542620009

Оффлайн Andvari

  • Сообщений: 307
  • Страна: ru
  • Рейтинг +147/-1
  • Y-ДНК: R1a - Y10802 (predicted)
В итоге так и не решили есть у него еврейские предки или нет.
Зато человека в кургане похоронили, да и похож был на местного.

Оффлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 1492
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1934/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
В итоге так и не решили есть у него еврейские предки или нет.
Зато человека в кургане похоронили, да и похож был на местного.

Ну тут всё таки статья про микробов. Я так думаю про анализ человеческой ДНК будет отдельная статья, и там будет больше геномов из Беларуси.

Оффлайн 19986

  • Сообщений: 154
  • Страна: us
  • Рейтинг +121/-1
  • Y-ДНК: I1 > M253 > L22 > S19986/Y3603 > S9318* (Нижегородская обл.)
  • мтДНК: J1c2* (Ивановская обл.)
Образец BEL024 происходит из кургана N96 Студенского некрополя 10-12 вв. н.э., у села Студенка Быховского района Могилевского р-на. Раскопки вёл в 2015 году Алексей Авласович. Археологическая датировка кургана затруднена из-за отсутствия керамических венцов сосудов. Однако погребальный обряд и наличие круглой керамики позволяют предположить, что курган был стерт не ранее конца 10-го или начала 11-го века н.э.

Материал скелета исследовал Владимир Шипилло. Череп (с нижней челюстью) принадлежал мужчине 25-30 лет. Для черепа характерен неразвитый рельеф с относительно наклонным лбом; большие значения продольного и малые значения поперечного диаметров черепа; выраженный долихокранический (черепной указатель = 72 мм); средние значения индекса носа (57,8 мм); средние значения орбитального индекса (77,5 мм). Череп имел яйцевидную форму. Лицо было ортогональным (индекс выступа лица = 91,9 мм). Рост человека был рассчитан с использованием формул Пирсона и Ли, примененных к правой бедренной кости, и составляет 162,09 см.

Некрополь Студенка относится к эпохе Древней Руси. Могильник кургана находится на левом берегу реки Греза (правый приток реки Друть), в 1,5 км к северо-востоку от деревни Студенки (Глухский район Быховской области, Могилёвский район). Некрополь состоит из 107 полусферических курганов округлой формы. Высота курганов варьировалась от 0,4–2,8 м и диаметром 5–16 м. Почти половина курганов имеет следы нарушений разной степени тяжести, например, из-за вандализма или эксплуатация дороги, пересекающей некрополь.

Курган 96 расположен в юго-восточной части некрополя. Его высота 1,24 м, длина по линии север-юг 8,09 м, по линии восток-запад - 6,31 м. Ширина кромки 0,7 м. Насыпь полусферической формы, вытянутой по линии север-юг. Тело кургана состоит из желтого песка с примесями золы и угля; нижняя яма с пеплом (ashbin) была найдена в 1,15 м от вершины насыпи и имела толщину 2-9 см. В кургане находилось погребальное захоронение на уровне нижней ямы с пеплом. Хотя скелет был нарушен корневой системой деревьев, можно было увидеть, что череп находился в восточном конце захоронения, позвонки и ребра в центре, а кости ног в западная часть указывает на то, что тело ориентировано головой на восток. По обе стороны черепа обнаружены семнадцать фрагментов керамического горшка. Анализ структуры кургана позволяет реконструировать погребальный обряд: тело было погребено в уровень горизонта; перед положением тела место захоронения ритуально очищали огнем, тело с головой, ориентированной на восток, помещалось в центре места; курган высотой 60-65 см был создан над телом; на этом уровне совершались поминки и курган был увеличен до окончательной высоты

Оффлайн maxmalk

  • Сообщений: 116
  • Страна: ru
  • Рейтинг +63/-0
  • Y-ДНК: I1>L1248>Y20842>BY86574
  • мтДНК: U4d2
Если правильно понял, образцу BEL024 определили гаплогруппу J2b1-Y22075. Весьма неожиданно, преобладают арабы и прочие переднеазиаты. Хотя там есть молодая балканская подветка.
https://anthrogenica.com/showthread.php?8066-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(DISCUSSION-ONLY)&p=806396&viewfull=1#post806396

Онлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4131/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Если правильно понял, образцу BEL024 определили гаплогруппу J2b1-Y22075. Весьма неожиданно, преобладают арабы и прочие переднеазиаты. Хотя там есть молодая балканская подветка.
https://anthrogenica.com/showthread.php?8066-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(DISCUSSION-ONLY)&p=806396&viewfull=1#post806396

В J2b1-Y22075 время ближайшего общего предка 5200 (5900<->4600) лет. У меня с кавказцами и у моего троюродного брата с армянами и арабами по времени даже меньше получается.)

Хотя, непонятно, конечно, где там дальше в Y22075 идёт его линия.

Наверное пойдёт для коллекции Fire по поводу прихода славян с Ближнего Востока.)

В итоге так и не решили есть у него еврейские предки или нет.
Зато человека в кургане похоронили, да и похож был на местного.

В сравнении с современными популяциями вроде же получился похожим на славян (UPD: правда, не знаю, насколько близки/далеки эти дистанции):

Target: BEL_Med:BEL024

Distance: 2.3981% / 0.02398085 | R4P

45.2 Lithuanian_VA
32.8 Lithuanian_PZ
13.0 Sardinian
9.0 Iranian_Jew

Target: BEL_Med:BEL024

Distance: 2.2369% / 0.02236853 | R3P

70.0 VK2020_RUS_Kurevanikha_VA
15.4 HUN_MBA_Vatya_o
14.6 TUR_Isparta_EBA

Distance to: BEL_Med:BEL024

0.03000806 Polish
0.03214068 Ukrainian
0.03326294 Russian_Belgorod
0.03381929 Sorb_Niederlausitz
0.03459315 Russian_Voronez
0.03491293 Slovakian
0.03492143 Cossack_Ukrainian
0.03554188 Czech
0.03694423 Russian_Smolensk
0.03859452 Russian_Orel
0.03905598 Belarusian
0.03923154 Slovenian
0.03970207 Russian_Kursk
0.03982605 Russian_Kaluga
0.04049733 Moldovan_o
0.04155490 German_East
0.04212003 Croatian
0.04344640 Hungarian
0.04396186 Lithuanian_PA
0.04492072 Russian_Ryazan
0.04570262 Lithuanian_VA
0.04670745 Russian_Pskov
0.04766362 Polish_Kashubian
0.04898071 Russian_Tver
0.04943327 Bosnian
« Последнее редактирование: 12 Октябрь 2021, 13:55:29 от Yaroslav »

Онлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17469
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4131/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Если правильно понял, образцу BEL024 определили гаплогруппу J2b1-Y22075. Весьма неожиданно, преобладают арабы и прочие переднеазиаты. Хотя там есть молодая балканская подветка.

Кстати, дядю Мишу Темоша забыли (Mich Glitch), с мужской предковой линией с территории современной Винницкой области.

Он же тоже J2b1, только J2b1-PF7321.

У него с арабами было 5700 (6400<->5100) лет, а сейчас, судя по версии Live, появился сириец из мухофазы Хама, у которого нашли 26 приватов с Михаилом, образовав таким образом субклад J2b1-FT73408.

Дождался-таки заю © :)
« Последнее редактирование: 12 Октябрь 2021, 14:02:30 от Yaroslav »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
В итоге так и не решили есть у него еврейские предки или нет.
Зато человека в кургане похоронили, да и похож был на местного.
На первый взгляд всё прозрачно - такая комбинация при суммировании компонентов хорошо попадает к "северным славянам". Вот если бы показало "славяне плюс евреи" то да, можно было бы предполагать еврейских предков. Но ведь другие стороны неправильные, с чего именно эта должна быть правильной? Просто модель разложила средиземноморский компонент славян на EEF и ближневосточников. Полагаю так. Этот подход мне кажется самым согласующимся с "бритвой Оккама".

Куреваниха это конечно западный славянин смешанный с балтами, вероятно с пруссами, но конечно возможно что с местными балтами сдвинутыми к финнам, а самое вероятное и с теми и другими по женским линиям.

Target: VK2020_RUS_Kurevanikha_VA:VK160
Distance: 1.2436% / 0.01243602
26.0   Lithuanian_PZ
19.8   Lithuanian_RA
19.6   Slovakian
10.2   Polish
6.4   Lithuanian_VZ
5.4   Finnish_East
5.2   Mordovian
2.8   Danish
2.4   Latvian
2.2   Lithuanian_SZ
Не проще ли предположить обычного кривича - славянина с балтийской примесью?
Дело в том, что алгоритмы раскладки на многих предков любят цепляться за любые "шероховатости" прочтения, когда результат немного отклонён в ту или иную сторону, и давать максимальное количество максимально удалённых составляющих. Это хорошо заметно даже при экспериментах на современных геномах, а у древней ДНК таких шероховатостей особенно много из-за плохого прочтения и временных изменений. Литовцы плюс словаки и поляки плюс финны - ну что-то нужное в среднем и будет, как и показал PCA.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.